Hi Berk,<div><br></div><div>Thanks for your reply. I&#39;ve filed a redmine issue.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Wouter</div><div><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 22, 2013 at 12:28 PM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hess@kth.se" target="_blank">hess@kth.se</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div>Hi,<br>
      <br>
      This looks mainly like a bug, but could also partially be a
      feature.<br>
      In practice most force fields have atom types with unique masses,
      so it doesn&#39;t matter.<br>
      But this format currently gives the false impression that you
      could change the mass.<br>
      <br>
      Could you file a redmine issue?<br>
      <br>
      Cheers,<br>
      <br>
      Berk<div><div class="h5"><br>
      <br>
      On 03/21/2013 05:24 PM, Wouter Boomsma wrote:<br>
    </div></div></div><div><div class="h5">
    <blockquote type="cite">
      
      <div>Hi,</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I&#39;m in the process of implementing a parser for gromacs
        topology </div>
      <div>files, and have a question about the aminoacids.n.tdb and </div>
      <div>aminoacids.c.tdb type files. In the Gromacs parser, it seems </div>
      <div>that when specifying a rule like this:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">[
          NH3+ ]<br>
          [ replace ]<br>
           N        N     NH3             14.0027 -0.3<br>
           CA       CA    CT1             12.011  0.21<br>
           HA       HA    HB              1.008    0.10<br>
          [ Add ]<br>
           3       4       H       N       CA      C<br>
                   HC      1.008   0.33    -1<br>
          [ delete ]<br>
           HN</blockquote>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>The mass specification - for instance the 14.0027, is not</div>
      <div>used in the generation of the topology file, in contrast to</div>
      <div>the charge value. I&#39;m a little uncertain whether this is a</div>
      <div>feature or a bug. Does anyone have any insight in this</div>
      <div>matter?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Code wise, the responsible lines are in the pdb2top.c file, </div>
      <div>in the name2type function:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>            at-&gt;atom[i].type =
          restp[resind].atom[j].type;</div>
        <div>            at-&gt;atom[i].q    = restp[resind].atom[j].q;</div>
        <div>            at-&gt;atom[i].m    =
          get_atomtype_massA(restp[resind].atom[j].type,</div>
        <div>                                                  atype);</div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>At this point in the code restp[resind].atom[j].m actually</div>
      <div>contains the modified mass, but this is not copied to the</div>
      <div>&quot;at&quot; object, which is later written to the topology file. </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks,</div>
      <div>Wouter</div>
      <div><br>
      </div>
      <br clear="all">
      <div><br>
      </div>
      <div style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"></div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">

Wouter Boomsma</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Postdoc</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">

Structural Biology and NMR Laboratory (SBINLAB)</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Department of Biology</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">

University of Copenhagen</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><div>Ole Maaløes Vej 5</div><div>DK-2200 Copenhagen N, Denmark</div><div>E-mail: <a href="mailto:wb@bio.ku.dk" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">wb@bio.ku.dk</a></div>

</div>
</div>