<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>
<div>
<div>If we were able to make the changes we want then the viral would be correct for what we need it for</div>
<div><br>
</div>
<div>We applied the freezing over restraints because the restraints make other calculations substantially more difficult but we might have to revisit that train of thought.</div>
<div><br>
</div>
<div>Adam</div>
<div>
<div>----------------------------------------------------------</div>
<div>Adam Hardy</div>
<div>PhD Student</div>
<div>School of Engineering and Physical Sciences</div>
<div>Heriot Watt University</div>
<div>Edinburgh, EH14 4AS</div>
<div>Phone: &#43;441314513074</div>
<div>ah259@hw.ac.uk</div>
<div>----------------------------------------------------------</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span>&lt;<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se">gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se</a>&gt; on behalf of Berk Hess &lt;<a href="mailto:hess@kth.se">hess@kth.se</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Reply-To: </span>&quot;<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Thursday, 25 June 2015 16:12<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>&quot;<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [gmx-developers] Modifying the shifted part of the viral<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<div class="moz-cite-prefix">Hi,<br>
<br>
This can not be achieved easily.<br>
But in most cases the virial becomes meaningless when you freeze particles.<br>
You might get meaningful results when you use (tight) position restraints instead. Then you even have the option to scale the COM of a tube along with pressure scaling, if you want.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Berk<br>
<br>
On 06/25/2015 04:53 PM, Hardy, Adam wrote:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:D1B1D466.6B82%25ah259@hw.ac.uk" type="cite">
<div>
<div>Dear All,</div>
<div><br>
</div>
<div>I am simulating carbon nanotubes in solvent, approximating the tubes as rigid cylinders using the freeze group function to hold the CNT atoms in place.</div>
<div><br>
</div>
<div>To do this correctly I need to modify the virial. I have already excluded the solid (frozen) groups from the virial calculation but now what I require is to exclude the shifted part of the virial calculation (second part of equation B.11 in the gromacs
 manual) for only the solid/fluid interactions.&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>My initial assessment is that it may be easier to calculate this contribution after the fact and subtract this from the total virial. The difficulty I find is that in the part of the code where the virial is calculated the forces have already been summed
 up on each atom and I donít see any way to access the pairwise forces which I believe are necessary to do what I want. Iíve looked at non-bonded force calculations in the source code and it frankly scares the hell out of me so I wouldnít even know where to
 start.</div>
<div><br>
</div>
<div>I am assuming there are no functions within the code already that might allow me to do this.</div>
<div><br>
</div>
<div>Can anyone give me any suggestions? I guess ideally I would be looking to find some sort of data structure which contains all the pair-wise forces at some point and I can work from there. Does this exist?</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Many thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Adam</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div>
<div>----------------------------------------------------------</div>
<div>Adam Hardy</div>
<div>PhD Student</div>
<div>School of Engineering and Physical Sciences</div>
<div>Heriot Watt University</div>
<div>Edinburgh, EH14 4AS</div>
<div>Phone: &#43;441314513074</div>
<div><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:ah259@hw.ac.uk">ah259@hw.ac.uk</a></div>
<div>----------------------------------------------------------</div>
</div>
<br>
<br>
<br>
<font face="arial,helvetica" size="-1">We invite research leaders and ambitious early career researchers to join us in leading and driving research in key inter-disciplinary themes. Please see
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.hw.ac.uk/researchleaders">www.hw.ac.uk/researchleaders</a> for further information and how to apply.
</font><br>
<br>
<font face="arial,helvetica" size="-2">Heriot-Watt University is a Scottish charity registered under charity number SC000278.
<br>
</font><br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <br>
</blockquote>
<br>
</div>
</div>
</span>
<br>
<br><br>
<font face="arial,helvetica" size="-1">
We invite research leaders and ambitious early career researchers to 
join us in leading and driving research in key inter-disciplinary themes. 
Please see www.hw.ac.uk/researchleaders for further information and how 
to apply. 
</font>
<br><br>
<font face="arial,helvetica" size="-2">
Heriot-Watt University is a Scottish charity registered under charity number SC000278.
<br>
</font>
</body>
</html>