<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>
<div>Dear All,</div>
<div><br>
</div>
<div>I am simulating carbon nanotubes in solvent, approximating the tubes as rigid cylinders using the freeze group function to hold the CNT atoms in place.</div>
<div><br>
</div>
<div>To do this correctly I need to modify the virial. I have already excluded the solid (frozen) groups from the virial calculation but now what I require is to exclude the shifted part of the virial calculation (second part of equation B.11 in the gromacs
 manual) for only the solid/fluid interactions.&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>My initial assessment is that it may be easier to calculate this contribution after the fact and subtract this from the total virial. The difficulty I find is that in the part of the code where the virial is calculated the forces have already been summed
 up on each atom and I donít see any way to access the pairwise forces which I believe are necessary to do what I want. Iíve looked at non-bonded force calculations in the source code and it frankly scares the hell out of me so I wouldnít even know where to
 start.</div>
<div><br>
</div>
<div>I am assuming there are no functions within the code already that might allow me to do this.</div>
<div><br>
</div>
<div>Can anyone give me any suggestions? I guess ideally I would be looking to find some sort of data structure which contains all the pair-wise forces at some point and I can work from there. Does this exist?</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Many thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Adam</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div>
<div>----------------------------------------------------------</div>
<div>Adam Hardy</div>
<div>PhD Student</div>
<div>School of Engineering and Physical Sciences</div>
<div>Heriot Watt University</div>
<div>Edinburgh, EH14 4AS</div>
<div>Phone: &#43;441314513074</div>
<div>ah259@hw.ac.uk</div>
<div>----------------------------------------------------------</div>
</div>
<br>
<br><br>
<font face="arial,helvetica" size="-1">
We invite research leaders and ambitious early career researchers to 
join us in leading and driving research in key inter-disciplinary themes. 
Please see www.hw.ac.uk/researchleaders for further information and how 
to apply. 
</font>
<br><br>
<font face="arial,helvetica" size="-2">
Heriot-Watt University is a Scottish charity registered under charity number SC000278.
<br>
</font>
</body>
</html>