<div dir="ltr">Hi Carlo,<div><br></div><div>Your hardware looks almost to identical to my macbook, and for me it works without problems. </div><div><br></div><div>Could you</div><div><br></div><div>1) Confirm that the header file in question is present in <span style="font-size:12.800000190734863px">/Users/carlo/Codes/gromacs-</span><wbr style="font-size:12.800000190734863px"><span style="font-size:12.800000190734863px">2018/exe/share/gromacs/opencl</span></div><div><span style="font-size:12.800000190734863px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.800000190734863px">2) Try compiling without MPI - this is the only obvious setup difference I can see from what I tried. </span></div><div><span style="font-size:12.800000190734863px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.800000190734863px">Cheers,</span></div><div><span style="font-size:12.800000190734863px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.800000190734863px">Erik</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 11, 2018 at 12:16 PM, Carlo Camilloni <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">carlo.camilloni@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
First of all once again congratulations for the new gromacs!<br>
I have just compiled it on my MacBook Pro with OpenCL and after running the regtests I got this single failing test;<br>
BTW there is this weird output always: &#39;No option -multi’<br>
                       :-) GROMACS - gmx mdrun, 2018 (-:<br>
                            GROMACS is written by:<br>
     Emile Apol      Rossen Apostolov  Herman J.C. Berendsen    Par Bjelkmar<br>
 Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra    Gerrit Groenhof<br>
 Christoph Junghans   Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen Dimitrios Karkoulis<br>
    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner      Per Larsson<br>
  Justin A. Lemkul    Viveca Lindahl    Magnus Lundborg   Pieter Meulenhoff<br>
   Erik Marklund      Teemu Murtola       Szilard Pall       Sander Pronk<br>
   Roland Schulz     Alexey Shvetsov     Michael Shirts     Alfons Sijbers<br>
   Peter Tieleman    Teemu Virolainen  Christian Wennberg    Maarten Wolf<br>
                           and the project leaders:<br>
        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel<br>
Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>
Copyright (c) 2001-2017, The GROMACS development team at<br>
Uppsala University, Stockholm University and<br>
the Royal Institute of Technology, Sweden.<br>
check out <a href="http://www.gromacs.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>
GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it<br>
under the terms of the GNU Lesser General Public License<br>
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1<br>
of the License, or (at your option) any later version.<br>
GROMACS:      gmx mdrun, version 2018<br>
Executable:   /Users/carlo/Codes/gromacs-<wbr>2018/exe/bin/gmx_mpi<br>
Data prefix:  /Users/carlo/Codes/gromacs-<wbr>2018/exe<br>
Working dir:  /Users/carlo/Codes/gromacs-<wbr>2018/build/tests/<wbr>regressiontests-2018/complex/<wbr>orientation-restraints<br>
Command line:<br>
  gmx_mpi mdrun -notunepme<br>
Reading file topol.tpr, VERSION 2018 (single precision)<br>
Changing nstlist from 10 to 100, rlist from 2 to 2<br>
No option -multi<br>
Using 1 MPI process<br>
1 GPU auto-selected for this run.<br>
Mapping of GPU IDs to the 1 GPU task in the 1 rank on this node:<br>
Compilation of source file /Users/carlo/Codes/gromacs-<wbr>2018/exe/share/gromacs/opencl/<a href="http://nbnxn_ocl_kernels.cl" rel="noreferrer" target="_blank"><wbr>nbnxn_ocl_kernels.cl</a> failed!<br>
--------------LOG START---------------<br>
&lt;program source&gt;:80:10: fatal error: &#39;nbnxn_ocl_kernel_pruneonly.<wbr>clh&#39; file not found<br>
#include &quot;nbnxn_ocl_kernel_pruneonly.<wbr>clh&quot;<br>
---------------LOG END----------------<br>
Program:     gmx mdrun, version 2018<br>
Source file: src/gromacs/gpu_utils/ocl_<wbr>compiler.cpp (line 502)<br>
Function:    cl_program gmx::ocl::compileProgram(FILE *, const std::string &amp;, const std::string &amp;, cl_context, cl_device_id, ocl_vendor_id_t)<br>
Internal error (bug):<br>
Failed to compile NBNXN kernels for GPU #AMD Radeon Pro 460 Compute Engine<br>
  Could not build OpenCL program, error was CL_BUILD_PROGRAM_FAILURE<br>
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>
website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/<wbr>Documentation/Errors</a><br>
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD<br>
with errorcode 1.<br>
NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>
You may or may not see output from other processes, depending on<br>
exactly when Open MPI kills them.<br>
This is the configuration from md.log:<br>
  gmx_mpi mdrun -notunepme<br>
GROMACS version:    2018<br>
Precision:          single<br>
Memory model:       64 bit<br>
MPI library:        MPI<br>
OpenMP support:     disabled<br>
GPU support:        OpenCL<br>
SIMD instructions:  AVX2_256<br>
FFT library:        fftw-3.3.5-sse2-avx<br>
RDTSCP usage:       enabled<br>
TNG support:        enabled<br>
Hwloc support:      hwloc-1.11.0<br>
Tracing support:    disabled<br>
Built on:           2018-01-11 08:54:21<br>
Built by:           <a href="mailto:carlo@dhcp-162-244.celoria26-16000022-smfn_biodip.unimi.it">carlo@dhcp-162-244.celoria26-<wbr>16000022-smfn_biodip.unimi.it</a> [CMAKE]<br>
Build OS/arch:      Darwin 17.3.0 x86_64<br>
Build CPU vendor:   Intel<br>
Build CPU brand:    Intel(R) Core(TM) i7-6700HQ CPU @ 2.60GHz<br>
Build CPU family:   6   Model: 94   Stepping: 3<br>
Build CPU features: aes apic avx avx2 clfsh cmov cx8 cx16 f16c fma hle htt intel lahf mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm pdpe1gb popcnt pse rdrnd rdtscp rtm sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt x2apic<br>
C compiler:         /Applications/Xcode.app/<wbr>Contents/Developer/Toolchains/<wbr>XcodeDefault.xctoolchain/usr/<wbr>bin/cc AppleClang<br>
C compiler flags:    -march=core-avx2    -Wno-unknown-pragmas  -O3 -DNDEBUG<br>
C++ compiler:       /Applications/Xcode.app/<wbr>Contents/Developer/Toolchains/<wbr>XcodeDefault.xctoolchain/usr/<wbr>bin/c++ AppleClang<br>
C++ compiler flags:  -march=core-avx2    -std=c++11  -Wno-unknown-pragmas  -O3 -DNDEBUG<br>
OpenCL include dir: /System/Library/Frameworks/<wbr>OpenCL.framework<br>
OpenCL library:     /System/Library/Frameworks/<wbr>OPENCL.framework<br>
OpenCL version:     1.2<br>
Running on 1 node with total 8 cores, 8 logical cores, 1 compatible GPU<br>
Hardware detected on host <a href="http://dhcp-162-244.celoria26-16000022-smfn_biodip.unimi.it" rel="noreferrer" target="_blank">dhcp-162-244.celoria26-<wbr>16000022-smfn_biodip.unimi.it</a> (the node of MPI rank 0):<br>
  CPU info:<br>
    Vendor: Intel<br>
    Brand:  Intel(R) Core(TM) i7-6700HQ CPU @ 2.60GHz<br>
    Family: 6   Model: 94   Stepping: 3<br>
    Features: aes apic avx avx2 clfsh cmov cx8 cx16 f16c fma hle htt intel lahf mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm pdpe1gb popcnt pse rdrnd rdtscp rtm sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt x2apic<br>
  Hardware topology: Only logical processor count<br>
  GPU info:<br>
    Number of GPUs detected: 2<br>
    #0: name: AMD Radeon Pro 460 Compute Engine, vendor: AMD, device version: OpenCL 1.2 , stat: compatible<br>
    #1: name: Intel(R) HD Graphics 530, vendor: Intel Inc., device version: OpenCL 1.2 , stat: incompatible<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Gromacs Developers mailing list<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/<wbr>Support/Mailing_Lists/GMX-<wbr>developers_List</a> before posting!<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/<wbr>Support/Mailing_Lists</a><br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/<wbr>mailman/listinfo/gromacs.org_<wbr>gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@<wbr>gromacs.org</a>.</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@dbb.su.se" target="_blank">erik.lindahl@dbb.su.se</a>&gt;</div><div>Professor of Biophysics, Dept. Biochemistry &amp; Biophysics, Stockholm University</div><div>Science for Life Laboratory, Box 1031, 17121 Solna, Sweden</div></div></div></div></div></div></div></div></div>