[gmx-users] PRODRG alpha version

[David van der Spoel]

Hoi Daan,

Ik zag je mail, een beetje laat misschien, maar het zou misschien handiger
zijn als je invoer voor pdb2gmx genereerde. pdb2gmx genereert van een
lijst bindingen alle hoeken en dihedrals en 1-4s, en checkt ook ringen
voor correcte 1-4s. Het enige dat pdb2gmx niet doet is impropers
genereren. Er zijn denk ik een aantal problemen in het
algorithme:
- Atoomtypes bepalen 
- Bindingen bepalen
- Protonatie bepalen
- Impropers zoeken
In principe heb je alles al opgelost, maar je hebt blijkbaar een schalings
probleem ergens, een buckyball is tenslotte maar 60 atomen. De vraag is
waar het probleem zit? Ik heb ergens een graaf algorithme om ringen etc.
op te sporen, dat zou voor jou ook bruikbaar moeten zijn...

Groeten, David.
________________________________________________________________________
Dr. David van der Spoel, 	Biomedical center, Dept. of Biochemistry
Husargatan 3, Box 576,  	75123 Uppsala, Sweden
phone:	46 18 471 4205		fax: 46 18 511 755
spoel at xray.bmc.uu.se	spoel at gromacs.org   http://zorn.bmc.uu.se/~spoel
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++