[gmx-users] Re: Charge groups II
Pedro Alexandre de Araujo Gomes Lapido Loureiro
paloureiro at biof.ufrj.br
Fri May 17 16:32:20 CEST 2002
> >No. I am using both the charges/charge groups from Chiu (Biophys. J. 69,
> 1230,
> >1995).
> Could you send me the itp or top file that breaks LINCS?
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
DPPC 3
[ atoms ]
#ifdef Ewald ;charges of Chiu (without charge groups)
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB
chargeB massB
1 CH3 1 DPPC C1 1 0.4 15.035 ; qtot 0.124
2 CH3 1 DPPC C2 2 0.4 15.035 ; qtot 0.248
3 CH3 1 DPPC C3 3 0.4 15.035 ; qtot 0.372
4 N 1 DPPC N4 4 -0.5 14.0067 ; qtot 0.376
5 CH2 1 DPPC C5 5 0.3 14.027 ; qtot 0.5
6 CH2 1 DPPC C6 6 0.4 14.027 ; qtot 0.5
7 OS 1 DPPC O7 7 -0.8 15.9994 ; qtot 0.32
8 P 1 DPPC P8 8 1.7 30.9738 ; qtot 0.82
9 OM 1 DPPC O9 9 -0.8 15.9994 ; qtot 0.5
10 OM 1 DPPC O10 10 -0.8 15.9994 ; qtot 0.18
11 OS 1 DPPC O11 11 -0.7 15.9994 ; qtot
-7.91624e-09
12 CH2 1 DPPC C12 12 0.4 14.027 ; qtot
-7.91624e-09
13 CH1 1 DPPC C13 13 0.3 13.019 ; qtot 0.1
14 OS 1 DPPC O14 14 -0.7 15.9994 ; qtot -0.08
15 C 1 DPPC C15 15 0.7 12.011 ; qtot 0.19
16 O 1 DPPC O16 16 -0.7 15.9994 ; qtot
-4.65661e-10
17 CP2 1 DPPC C17 17 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
18 CP2 1 DPPC C18 18 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
19 CP2 1 DPPC C19 19 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
20 CP2 1 DPPC C20 20 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
21 CP2 1 DPPC C21 21 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
22 CP2 1 DPPC C22 22 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
23 CP2 1 DPPC C23 23 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
24 CP2 1 DPPC C24 24 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
25 CP2 1 DPPC C25 25 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
26 CP2 1 DPPC C26 26 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
27 CP2 1 DPPC C27 27 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
28 CP2 1 DPPC C28 28 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
29 CP2 1 DPPC C29 29 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
30 CP2 1 DPPC C30 30 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
31 CP3 1 DPPC C31 31 0 15.035 ; qtot
-4.65661e-10
32 CH2 1 DPPC C32 32 0.5 14.027 ; qtot 0.1
33 OS 1 DPPC O33 33 -0.7 15.9994 ; qtot -0.08
34 C 1 DPPC C34 34 0.8 12.011 ; qtot 0.19
35 O 1 DPPC O35 35 -0.6 15.9994 ; qtot
6.98492e-09
36 CP2 1 DPPC C36 36 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
37 CP2 1 DPPC C37 37 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
38 CP2 1 DPPC C38 38 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
39 CP2 1 DPPC C39 39 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
40 CP2 1 DPPC C40 40 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
41 CP2 1 DPPC C41 41 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
42 CP2 1 DPPC C42 42 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
43 CP2 1 DPPC C43 43 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
44 CP2 1 DPPC C44 44 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
45 CP2 1 DPPC C45 45 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
46 CP2 1 DPPC C46 46 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
47 CP2 1 DPPC C47 47 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
48 CP2 1 DPPC C48 48 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
49 CP2 1 DPPC C49 49 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
50 CP3 1 DPPC C50 50 0 15.035 ; qtot
6.98492e-09
#else
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB
chargeB massB
; 1 CH3 1 DPPC C1 1 0.124 15.035 ; qtot 0.124
; 2 CH3 1 DPPC C2 1 0.124 15.035 ; qtot 0.248
; 3 CH3 1 DPPC C3 1 0.124 15.035 ; qtot 0.372
; 4 N 1 DPPC N4 1 0.004 14.0067 ; qtot 0.376
; 5 CH2 1 DPPC C5 1 0.124 14.027 ; qtot 0.5
; 6 CH2 1 DPPC C6 2 0 14.027 ; qtot 0.5
; 7 OS 1 DPPC O7 3 -0.18 15.9994 ; qtot 0.32
; 8 P 1 DPPC P8 3 0.5 30.9738 ; qtot 0.82
; 9 OM 1 DPPC O9 3 -0.32 15.9994 ; qtot 0.5
; 10 OM 1 DPPC O10 3 -0.32 15.9994 ; qtot 0.18
; 11 OS 1 DPPC O11 3 -0.18 15.9994 ; qtot
-7.91624e-09
; 12 CH2 1 DPPC C12 4 0 14.027 ; qtot
-7.91624e-09
; 13 CH1 1 DPPC C13 5 0.1 13.019 ; qtot 0.1
; 14 OS 1 DPPC O14 5 -0.18 15.9994 ; qtot -0.08
; 15 C 1 DPPC C15 5 0.27 12.011 ; qtot 0.19
; 16 O 1 DPPC O16 5 -0.19 15.9994 ; qtot
-4.65661e-10
; 17 CP2 1 DPPC C17 6 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 18 CP2 1 DPPC C18 7 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 19 CP2 1 DPPC C19 8 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 20 CP2 1 DPPC C20 9 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 21 CP2 1 DPPC C21 10 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 22 CP2 1 DPPC C22 11 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 23 CP2 1 DPPC C23 12 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 24 CP2 1 DPPC C24 13 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 25 CP2 1 DPPC C25 14 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 26 CP2 1 DPPC C26 15 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 27 CP2 1 DPPC C27 16 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 28 CP2 1 DPPC C28 17 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 29 CP2 1 DPPC C29 18 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 30 CP2 1 DPPC C30 19 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
; 31 CP3 1 DPPC C31 20 0 15.035 ; qtot
-4.65661e-10
; 32 CH2 1 DPPC C32 21 0.1 14.027 ; qtot 0.1
; 33 OS 1 DPPC O33 21 -0.18 15.9994 ; qtot -0.08
; 34 C 1 DPPC C34 21 0.27 12.011 ; qtot 0.19
; 35 O 1 DPPC O35 21 -0.19 15.9994 ; qtot
6.98492e-09
; 36 CP2 1 DPPC C36 22 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 37 CP2 1 DPPC C37 23 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 38 CP2 1 DPPC C38 24 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 39 CP2 1 DPPC C39 25 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 40 CP2 1 DPPC C40 26 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 41 CP2 1 DPPC C41 27 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 42 CP2 1 DPPC C42 28 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 43 CP2 1 DPPC C43 29 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 44 CP2 1 DPPC C44 30 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 45 CP2 1 DPPC C45 31 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 46 CP2 1 DPPC C46 32 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 47 CP2 1 DPPC C47 33 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 48 CP2 1 DPPC C48 34 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 49 CP2 1 DPPC C49 35 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
; 50 CP3 1 DPPC C50 36 0 15.035 ; qtot
6.98492e-09
;#endif
;#ifdef Chiu; charges of Chiu (with charge groups)
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB
chargeB massB
1 CH3 1 DPPC C1 1 0.4 15.035 ; qtot 0.124
2 CH3 1 DPPC C2 1 0.4 15.035 ; qtot 0.248
3 CH3 1 DPPC C3 1 0.4 15.035 ; qtot 0.372
4 N 1 DPPC N4 1 -0.5 14.0067 ; qtot 0.376
5 CH2 1 DPPC C5 1 0.3 14.027 ; qtot 0.5
6 CH2 1 DPPC C6 1 0.4 14.027 ; qtot 0.5
7 OS 1 DPPC O7 1 -0.8 15.9994 ; qtot 0.32
8 P 1 DPPC P8 1 1.7 30.9738 ; qtot 0.82
9 OM 1 DPPC O9 1 -0.8 15.9994 ; qtot 0.5
10 OM 1 DPPC O10 1 -0.8 15.9994 ; qtot 0.18
11 OS 1 DPPC O11 1 -0.7 15.9994 ; qtot
-7.91624e-09
12 CH2 1 DPPC C12 2 0.4 14.027 ; qtot
-7.91624e-09
13 CH1 1 DPPC C13 2 0.3 13.019 ; qtot 0.1
14 OS 1 DPPC O14 2 -0.7 15.9994 ; qtot -0.08
15 C 1 DPPC C15 2 0.7 12.011 ; qtot 0.19
16 O 1 DPPC O16 2 -0.7 15.9994 ; qtot
-4.65661e-10
17 CP2 1 DPPC C17 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
18 CP2 1 DPPC C18 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
19 CP2 1 DPPC C19 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
20 CP2 1 DPPC C20 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
21 CP2 1 DPPC C21 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
22 CP2 1 DPPC C22 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
23 CP2 1 DPPC C23 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
24 CP2 1 DPPC C24 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
25 CP2 1 DPPC C25 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
26 CP2 1 DPPC C26 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
27 CP2 1 DPPC C27 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
28 CP2 1 DPPC C28 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
29 CP2 1 DPPC C29 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
30 CP2 1 DPPC C30 3 0 14.027 ; qtot
-4.65661e-10
31 CP3 1 DPPC C31 3 0 15.035 ; qtot
-4.65661e-10
32 CH2 1 DPPC C32 4 0.5 14.027 ; qtot 0.1
33 OS 1 DPPC O33 4 -0.7 15.9994 ; qtot -0.08
34 C 1 DPPC C34 4 0.8 12.011 ; qtot 0.19
35 O 1 DPPC O35 4 -0.6 15.9994 ; qtot
6.98492e-09
36 CP2 1 DPPC C36 5 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
37 CP2 1 DPPC C37 6 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
38 CP2 1 DPPC C38 7 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
39 CP2 1 DPPC C39 8 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
40 CP2 1 DPPC C40 9 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
41 CP2 1 DPPC C41 10 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
42 CP2 1 DPPC C42 11 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
43 CP2 1 DPPC C43 12 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
44 CP2 1 DPPC C44 13 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
45 CP2 1 DPPC C45 14 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
46 CP2 1 DPPC C46 15 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
47 CP2 1 DPPC C47 16 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
48 CP2 1 DPPC C48 17 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
49 CP2 1 DPPC C49 18 0 14.027 ; qtot
6.98492e-09
50 CP3 1 DPPC C50 19 0 15.035 ; qtot
6.98492e-09
#endif
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Pedro Alexandre Lapido Loureiro
Laboratório de Física Biológica
Instituto de Biofísica
UFRJ
Brasil
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