[gmx-users] charges

[Alexandre Suman de Araujo]

Ola Luciane.

Vi em sua resposta que vc usou o Prodrg ne??? E nao conseguiu o que queria
ne??? Isso é um problema mesmo... eu estou tentando simular algumas pequenas
moleculas com o Gromacs e estou passando um aperto danado... o PRODRG (DRG
de droga mesmo.. hehehehe... aquilo é uma droga) nao associa as cargas e
alem disso tira os hidrogenios... complicado. QQ coisa que eu puder ajudar,
apesar da minha pouquissima experiencia, pode perguntar.

[]'s
Alexandre Suman de Araujo
----- Original Message -----
From: "Luciane Vieira de Mello" <mello at cenargen.embrapa.br>
To: <gmx-users at gromacs.org>
Sent: Friday, October 18, 2002 7:57 AM
Subject: [gmx-users] charges


>
> Hello,
>
> I want to run a MD for a protein and its ligand. However, the ligand
> topology is not available on gromacs.
>  So, I would like to know the easiest way to calculate atomic charges for
> small molecules?
>
> thanks
>
>
>
+-------------------------------------------------------------------------+
> |                  Dra. Luciane Vieira de Mello Rigden
|
> | e-mail: mello at cenargen.embrapa.br
|
> | Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia
|
> | Parque Estacao Biologica           |  http://www.cenargen.embrapa.br
|
> | PqEB - Final - Av. W3 Norte        |  Phone:  +55 (61)448-4741
|
> | 70770-900, Brasilia-D.F.-BRAZIL    |  Fax:    +55 (61)340-3658
|
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>
>
>
> _______________________________________________
> gmx-users mailing list
> gmx-users at gromacs.org
> http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
> www interface or send it to gmx-users-request at gromacs.org.
>