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[Marcos Villarreal]

Hola Pedro,

[moleculetype] define a una molecula por lo tanto si queres definir varias 
moleculas tenes que poner tantos [moleculetype] como moleculas quieras 
definir. Como DPPC.itp ya esta hecho creo que lo que podes hacer es definir a 
HAL en hal.itp y despues en el .top pones:
#include dppc.itp
#include hal.itp

[molecules]
DPPC 3
HAL  3

Espero que esto te ayude. Saludos,

Marcos
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Marcos Villarreal
Grupo de Biofisica
Departamento de Quimica Biologica - CIQUIBIC.
Universidad Nacional de Cordoba.
Cordoba. Argentina.
http://www.fcq.unc.edu.ar/ciquibic