[gmx-users] simulation problem whit lincs

[Osmany Guirola Cruz]

I am doing a simulation of system with one protein and a peptide
i do all steps necesary for the simulation(minimization, genion
,position restrain etc...) when i run the final step(MD) runs whitout
problem during some time.. these is the error
Step 161731, time 323.462 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 598.181541 (between atoms 245 and 253) rms 30.851655
bonds that rotated more than 30 degrees:
 atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
    228    230   71.1    0.1526   0.1637      0.1330
    230    231   89.9    0.1254   0.1791      0.1000
    230    232   93.9    0.1431   3.1038      0.1470
    232    233   55.3    0.1637   3.4467      0.1530
    232    241  166.2    0.5243  18.0264      0.1530
    233    234  142.6    0.1816   0.5641      0.1530
    234    235   63.4    0.1569   0.2542      0.1530
    235    236   38.4    0.1531   0.2049      0.1530
    241    242  167.2    0.7252  17.4063      0.1230
    241    243  174.9    2.5790  33.7894      0.1330
    243    244  174.5    2.9965  32.4020      0.1000
    243    245  178.2    5.9836  63.5208      0.1470
    245    246  169.7    6.5919  56.3915      0.1530
    245    253  179.0    7.9640  91.6748      0.1530
    246    247  168.4    2.6903   9.8748      0.1530
    247    248  164.5    5.1313  20.9254      0.1530
    248    249  172.3    6.8486  21.0018      0.1230
    248    250  169.4    6.8948  21.9502      0.1330
    250    251  116.6    1.2659  10.9623      0.1000
    250    252  121.4    1.0057  11.1177      0.1000
    253    254  174.8    4.7518  59.2405      0.1230
    253    255  177.1    5.0970  68.2804      0.1330
    255    256  169.2    1.4168  31.4833      0.1000
    255    257  170.7    1.6224  32.8697      0.1470
    257    258  161.4    0.3731  16.8051      0.1530
    257    266  178.5    0.4607  21.1382      0.1530
    258    259  141.7    0.2932   3.7214      0.1530
    259    260   52.3    0.2080   0.7846      0.1530
    260    261   62.1    0.1605   0.1708      0.1530
    261    262   71.1    0.1480   0.1571      0.1470
    262    263   47.3    0.1000   0.1444      0.1000
    262    264   46.5    0.1000   0.1433      0.1000
    262    265   43.5    0.0999   0.1388      0.1000
    266    267  168.8    0.2212   9.2796      0.1230
    266    268  168.9    0.2406   9.6550      0.1330
    268    269   62.6    0.1641   2.0107      0.1000
    268    270   41.4    0.2100   2.1612      0.1470
    270    271  125.0    0.1688   0.1061      0.1530
    271    272   41.6    0.1264   0.0824      0.1230
    271    273   64.9    0.1359   0.1026      0.1330
    273    274   34.5    0.1004   0.1255      0.1000
Constraint error in algorithm Lincs at step 161731

Step 161731  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.02208 1.02208
1.02208
Grid: -2147483648 x -2147483648 x -2147483648 cells