[gmx-users] A patch of opls-aa parameters for ester

[Li Daobing]

A patch of opls-aa parameters for ester

1.
*** old/ffoplsaanb.itp??2003-08-15 11:02:09.000000000 +0800
--- new/ffoplsaanb.itp??2003-09-01 16:44:07.000000000 +0800
***************
*** 357,363 ****
? ?opls_463 ? CA ? ? 12.01100 ? ? 0.140 ? ? ? A ? ?3.55000e-01 ?2.93076e-01
? ?opls_465 ? C_2 ? ?12.01100 ? ? 0.510 ? ? ? A ? ?3.75000e-01 ?4.39614e-01
? ?opls_466 ? O_2 ? ?15.99940 ? ?-0.430 ? ? ? A ? ?2.96000e-01 ?8.79228e-01
! ?opls_467 ? OS1 ? ?15.99940 ? ?-0.330 ? ? ? A ? ?3.00000e-01 ?7.11756e-01
? ?opls_468 ? CT ? ? 12.01100 ? ? 0.160 ? ? ? A ? ?3.50000e-01 ?2.76329e-01
? ?opls_469 ? HC ? ? ?1.00800 ? ? 0.030 ? ? ? A ? ?2.42000e-01 ?6.28020e-02
? ?opls_470 ? C ? ? ?12.01100 ? ? 0.635 ? ? ? A ? ?3.75000e-01 ?4.39614e-01
--- 357,363 ----
? ?opls_463 ? CA ? ? 12.01100 ? ? 0.140 ? ? ? A ? ?3.55000e-01 ?2.93076e-01
? ?opls_465 ? C_2 ? ?12.01100 ? ? 0.510 ? ? ? A ? ?3.75000e-01 ?4.39614e-01
? ?opls_466 ? O_2 ? ?15.99940 ? ?-0.430 ? ? ? A ? ?2.96000e-01 ?8.79228e-01
! ?opls_467 ? OS ? ? 15.99940 ? ?-0.330 ? ? ? A ? ?3.00000e-01 ?7.11756e-01
? ?opls_468 ? CT ? ? 12.01100 ? ? 0.160 ? ? ? A ? ?3.50000e-01 ?2.76329e-01
? ?opls_469 ? HC ? ? ?1.00800 ? ? 0.030 ? ? ? A ? ?2.42000e-01 ?6.28020e-02
? ?opls_470 ? C ? ? ?12.01100 ? ? 0.635 ? ? ? A ? ?3.75000e-01 ?4.39614e-01

in fact there is no OS1 type in ffoplsaabon.itp, so i change it to OS type


2.
*** old/ffoplsaabon.itp?2003-08-15 11:02:09.000000000 +0800
--- new/ffoplsaabon.itp?2003-09-01 19:09:31.000000000 +0800
***************
*** 40,45 ****
--- 40,46 ----
? ? C_3 ? NC ? ? ?1 ? ?0.13580 ? 382673.5 ? ; CYT
? ? C ? ? O ? ? ? 1 ? ?0.12290 ? 477295.2 ? ; URAGUA,CYT,AA
? ? C ? ? O_2 ? ? 1 ? ?0.12290 ? 477295.2 ? ; URAGUA,CYT,AA
+ ? C_2 ? O_2 ? ? 1 ? ?0.12290 ? 477295.2 ? ; esters
? ? C ? ? O_3 ? ? 1 ? ?0.12290 ? 477295.2 ? ; URAGUA,CYT,AA
? ? C ? ? O2 ? ? ?1 ? ?0.12500 ? 549308.2 ? ; GLU,ASP
? ? C_3 ? O2 ? ? ?1 ? ?0.12500 ? 549308.2 ? ; GLU,ASP
***************
*** 463,468 ****
--- 464,471 ----
? ? CT ? ? C ? ? ?O_2 ? ? 1 ? 120.400 ? ?669.888 ? ;
? ? CT ? ? C ? ? ?O_3 ? ? 1 ? 120.400 ? ?669.888 ? ;
? ? CT ? ? C_2 ? ?O_2 ? ? 1 ? 120.400 ? ?669.888 ? ;
+ ? CT ? ? C_2 ? ?OS ? ? ?1 ? 111.400 ? ?677.808 ? ; from oplsaa/tinker 4.0  
param
+ ? O_2 ? ?C_2 ? ?OS ? ? ?1 ? 123.400    694.544 ? ; -idem-
? ? CT_2 ? C ? ? ?O ? ? ? 1 ? 120.400 ? ?669.888 ? ;
? ? CT_2 ? C ? ? ?O_2 ? ? 1 ? 120.400 ? ?669.888 ? ;
? ? CT_2 ? C ? ? ?O_3 ? ? 1 ? 120.400 ? ?669.888 ? ;

add some missing parameters


3.
of course, you should add improper dihedral angle in your rtp or itp file
I add this one:

?[ impropers ]
? ? C_2 ? ?CT ? ?O_2 ? ?OS ? ?improper_O_C_X_Y


Li Daobing