[gmx-users] MDrun error
chandran karunakaran
ckaru2000 at yahoo.com
Sat Apr 16 20:31:58 CEST 2005
Dear GMX users,
I was doing molecular dynamics for a protein.
Although I do not get any fatal error during pdb2gmx,
grompp, I got the following error during MD run.
Would you kindly advice me what is the reason
for the following error. Thanks so much in
advance.
"Step 94733, time 189.466 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 151423.421875 (between atoms 1098 and 1099) rms
8244.083984
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint
length
152 154 36.7 0.1478 0.1720 0.1470
154 155 35.1 0.1538 0.1797 0.1530
154 162 36.0 0.1548 36.0248 0.1530
162 163 69.6 0.1252 36.0070 0.1230
162 164 179.6 0.1409 67.1787 0.1330
164 165 112.5 0.1050 33.2589 0.1000
164 166 70.0 0.1501 493.6138 0.1470
166 167 121.4 0.1694 450.2624 0.1530
166 169 85.4 0.1525 1809.3479 0.1530
167 168 135.4 0.1683 188.6819 0.1830
168 1101 64.1 0.1046 2338.8572 0.1046
169 170 98.0 0.1297 1842.3900 0.1230
169 171 100.7 0.1407 2324.5186 0.1330
171 172 90.6 0.1014 2746.3132 0.1000
171 173 89.5 0.1492 5758.5239 0.1470
173 174 91.8 0.1534 6116.7349 0.1530
173 181 92.0 0.1535 6898.7681 0.1530
174 175 92.2 0.1530 2656.1055 0.1530
175 176 98.9 0.1330 457.1870 0.1330
175 178 99.1 0.1330 466.2203 0.1330
176 177 102.4 0.0999 172.1548 0.1000
176 179 90.7 0.1328 198.0838 0.1330
178 180 101.8 0.1319 340.6376 0.1330
179 180 145.3 0.1314 115.4556 0.1330
180 1071 51.7 0.1965 155.3483 0.1980
181 182 91.1 0.1231 1236.8134 0.1230
181 183 87.1 0.1331 1364.7268 0.1330
183 184 90.8 0.1000 468.0527 0.1000
183 185 93.4 0.1470 674.0261 0.1470
185 186 81.0 0.1529 238.8998 0.1530
185 190 80.7 0.1529 245.6279 0.1530
186 187 84.7 0.1429 45.9060 0.1430
186 189 85.2 0.1529 45.5937 0.1530
187 188 70.3 0.0999 6.9236 0.1000
190 191 77.6 0.1229 35.6979 0.1230
190 192 76.1 0.1329 35.6305 0.1330
192 193 68.7 0.0999 10.0453 0.1000
192 194 53.5 0.1469 10.1110 0.1470
194 195 38.2 0.1529 0.2018 0.1530
194 198 36.5 0.1529 0.2007 0.1530
795 797 92.0 0.1469 0.2602 0.1470
797 798 91.9 0.1529 0.2663 0.1530
797 806 90.1 0.1529 5.0827 0.1530
806 807 90.5 0.1229 4.2655 0.1230
806 808 89.9 0.1329 4.9396 0.1330
808 809 91.1 0.0999 0.8342 0.1000
808 810 92.1 0.1469 0.9334 0.1470
810 811 88.4 0.1529 0.2659 0.1530
810 815 90.6 0.1529 0.2923 0.1530
833 834 90.0 0.1080 0.1946 0.1080
1071 1072 163.4 0.2218 380.9020 0.2090
1071 1073 170.9 0.2106 463.3175 0.2090
1071 1074 55.4 0.1997 5093.4751 0.2090
1071 1075 30.7 0.2091 134.0117 0.2090
1073 1091 117.6 0.1559 363.2591 0.1380
1074 1096 82.0 0.2085 4916.8774 0.1380
1074 1099 149.5 0.5473 16693.6895 0.1380
1075 1104 57.0 0.1643 1745.4530 0.1380
1075 1107 127.7 0.1402 213.1721 0.1380
1076 1077 126.7 0.1451 56.8129 0.1390
1076 1107 46.3 0.1408 13.3579 0.1390
1077 1078 170.4 0.1509 86.2819 0.1390
1078 1079 164.1 0.1436 9.6306 0.1390
1079 1080 166.8 0.1508 82.0937 0.1390
1080 1087 110.7 0.1440 69.8627 0.1390
1082 1083 51.8 0.1574 0.2728 0.1530
1087 1088 144.4 0.1451 38.8966 0.1390
1088 1089 110.8 0.1448 20.8869 0.1390
1089 1090 74.0 0.1429 10.1779 0.1390
1089 1092 65.3 0.1612 12.0281 0.1530
1090 1091 142.9 0.1791 37.5708 0.1390
1091 1095 47.6 0.0910 23.2136 0.1390
1095 1096 95.0 0.1230 711.3227 0.1390
1096 1097 57.1 0.1337 1252.8409 0.1390
1097 1098 160.0 0.0915 11373.4395 0.1390
1097 1100 160.7 0.4598 1961.7515 0.1530
1098 1099 148.3 0.7073 21047.9941 0.1390
1098 1101 146.3 0.1541 11788.6992 0.1390
1099 1103 160.5 0.5797 16180.4160 0.1390
1104 1105 115.1 0.1582 1747.1820 0.1390
1105 1106 122.1 0.1769 186.2893 0.1390
1105 1108 60.4 0.3255 181.9252 0.1530
1106 1109 61.2 0.1590 29.9085 0.1530
1109 1110 123.9 0.1528 3.5863 0.1530
1110 1111 34.1 0.1538 0.1951 0.1530
Warning: 1-4 interaction at distance larger than 1
These are ignored for the rest of the simulation
turn on -debug for more information
Step 94734, time 189.468 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 1690195.250000 (between atoms 1098 and 1099) rms
98459.140625
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint
length
140 144 31.8 0.1528 0.1920 0.1530
144 145 36.0 0.1228 0.1644 0.1230
144 146 64.3 0.1329 0.3055 0.1330
146 147 72.9 0.0999 0.2565 0.1000
146 148 131.9 0.1471 1.0972 0.1470
148 149 119.3 0.1530 1.0115 0.1530
148 150 40.5 0.1550 9.4538 0.1530
150 151 67.3 0.1251 9.0228 0.1230
150 152 163.7 0.1401 31.3822 0.1330
152 153 97.7 0.1060 23.2627 0.1000
152 154 52.5 0.1717 153.7338 0.1470
154 162 176.6 35.9709 378.6761 0.1530
155 156 172.3 0.1603 58.3634 0.1530
156 157 58.8 0.1543 18.6974 0.1530
157 158 136.1 0.1231 1.7392 0.1230
157 159 128.7 0.1331 1.6855 0.1330
159 160 61.3 0.1000 0.4501 0.1000
159 161 70.4 0.0999 0.4684 0.1000
162 163 179.9 35.9532 319.3271 0.1230
162 164 144.4 67.0782 390.6659 0.1330
164 165 116.6 33.2092 278.7764 0.1000
164 166 56.3 492.8753 568.5072 0.1470
166 167 43.1 449.5888 1876.3726 0.1530
166 169 85.0 1806.6410 2927.5103 0.1530
167 168 131.8 188.3996 8492.9805 0.1830
168 1101 159.1 2335.3582 66123.0859
2335.3582
169 170 88.1 1839.6338 3192.0476 0.1230
169 171 38.1 2321.0410 3606.8792 0.1330
171 172 88.4 2742.2043 3564.7595 0.1000
171 173 151.5 5749.9087 8279.7842 0.1470
173 174 147.9 6107.5840 7865.1929 0.1530
173 181 171.7 6888.4468 7909.9150 0.1530
174 175 83.0 2652.1318 5090.3506 0.1530
175 176 89.8 456.5030 2774.9646 0.1330
175 178 90.6 465.5228 3597.4185 0.1330
176 177 106.9 171.8972 803.4138 0.1000
176 179 125.1 197.7874 1792.5453 0.1330
178 180 173.6 340.1280 6538.5400 0.1330
179 180 147.5 115.2828 6294.9839 0.1330
180 1071 148.9 155.1159 12948.7891 0.1980
181 182 80.8 1234.9630 5968.0532 0.1230
181 183 114.0 1362.6851 5145.7241 0.1330
183 184 68.9 467.3524 924.8057 0.1000
183 185 152.1 673.0176 744.1672 0.1470
185 186 110.5 238.5424 989.6346 0.1530
185 190 109.9 245.2605 983.8807 0.1530
186 187 50.5 45.8373 217.2771 0.1430
186 189 53.2 45.5255 216.5174 0.1530
187 188 117.5 6.9133 12.7915 0.1000
190 191 57.5 35.6445 195.5946 0.1230
190 192 71.5 35.5772 195.2728 0.1330
192 193 157.4 10.0303 10.0662 0.1000
192 194 168.9 10.0959 7.3432 0.1470
194 195 71.2 0.2015 10.0600 0.1530
194 198 79.0 0.2004 10.7696 0.1530
195 196 107.6 0.1560 1.7004 0.1530
195 197 92.1 0.1561 2.4338 0.1530
198 199 113.2 0.1289 1.3711 0.1230
198 200 87.5 0.1394 1.4465 0.1330
200 201 80.2 0.1018 0.1982 0.1000
200 202 81.7 0.1487 0.3605 0.1470
202 203 65.1 0.1532 0.2160 0.1530
202 208 63.7 0.1531 0.2382 0.1530
203 204 32.9 0.1529 0.1854 0.1530
781 783 43.0 0.1468 0.2080 0.1470
783 784 62.1 0.1529 0.7675 0.1530
784 785 54.7 0.1229 0.7698 0.1230
784 786 88.1 0.1333 2.5151 0.1330
786 787 79.6 0.1004 1.9967 0.1000
786 788 70.6 0.1489 9.6571 0.1470
788 789 73.5 0.1548 9.7350 0.1530
788 793 92.7 0.1579 16.2873 0.1530
789 790 85.6 0.1431 2.5369 0.1430
789 792 86.0 0.1532 2.5033 0.1530
790 791 81.9 0.0999 0.4104 0.1000
793 794 86.9 0.1278 16.1610 0.1230
793 795 88.9 0.1156 378.1080 0.1330
795 796 90.6 0.0810 375.2675 0.1000
795 797 84.4 0.2598 227.2279 0.1470
797 798 85.3 0.2659 423.4482 0.1530
797 806 113.3 5.0751 474.3817 0.1530
798 799 93.3 0.1384 131.1765 0.1530
799 800 43.1 0.1555 8.8992 0.1530
800 801 101.2 0.1532 8.8086 0.1530
801 802 53.5 0.1469 0.7197 0.1470
802 803 117.7 0.0999 0.2604 0.1000
802 804 115.6 0.0999 0.2629 0.1000
802 805 116.7 0.0999 0.2598 0.1000
806 807 174.7 4.2591 187.4228 0.1230
806 808 165.5 4.9322 193.1881 0.1330
808 809 131.7 0.8330 14.1528 0.1000
808 810 81.1 0.9320 10.8245 0.1470
810 811 56.4 0.2655 0.2013 0.1530
810 815 66.0 0.2918 0.1982 0.1530
811 812 48.2 0.1350 0.1840 0.1530
815 816 91.7 0.1251 0.2110 0.1230
815 817 87.0 0.1361 0.2132 0.1330
833 834 70.5 0.1943 0.1054 0.1080
960 961 38.8 0.1528 0.1957 0.1530
961 962 89.7 0.1528 0.3392 0.1530
961 963 89.8 0.1528 0.4032 0.1530
1071 1072 104.0 380.3321 8300.0283 0.2090
1071 1073 111.1 462.6244 8697.5967 0.2090
1071 1074 164.8 5085.8550 83217.4453
0.2090
1071 1075 125.8 133.8112 18627.6660 0.2090
1072 1077 177.2 330.9375 3833.8328 0.1380
1072 1080 173.9 328.9824 4537.4443 0.1380
1073 1088 172.3 347.2386 4620.0728 0.1380
1073 1091 175.5 362.7157 4422.9526 0.1380
1074 1096 159.5 4909.5215 87947.5234
0.1380
1074 1099 171.0 16668.7129 202559.4063
0.1380
1075 1104 175.1 1742.8417 45923.8281
0.1380
1075 1107 141.7 212.8532 13589.9990 0.1380
1076 1077 158.5 56.7279 1501.5939 0.1390
1076 1107 167.8 13.3379 2807.5322 0.1390
1077 1078 177.6 86.1528 2476.1257 0.1390
1078 1079 165.4 9.6162 706.9697 0.1390
1078 1082 172.0 34.3338 1082.4541 0.1530
1079 1080 176.5 81.9709 3123.5176 0.1390
1079 1081 170.0 31.5517 996.4265 0.1530
1080 1087 171.5 69.7582 3505.2024 0.1390
1082 1083 30.8 0.2724 393.3155 0.1530
1083 1084 150.5 0.1816 119.8542 0.1530
1084 1086 40.8 0.1316 19.5958 0.1250
1087 1088 158.1 38.8384 2983.8921 0.1390
1088 1089 170.9 20.8557 2351.4014 0.1390
1089 1090 146.2 10.1627 446.2375 0.1390
1089 1092 131.5 12.0101 587.5493 0.1530
1090 1091 164.2 37.5146 2195.7236 0.1390
1090 1093 144.6 3.8872 712.0945 0.1390
1091 1095 158.9 23.1789 2011.1669 0.1390
1095 1096 83.1 710.2585 12970.8643 0.1390
1096 1097 165.7 1250.9667 36339.2031
0.1390
1097 1098 169.2 11356.4238 155253.1250
0.1390
1097 1100 151.1 1958.8165 56002.2500
0.1530
1098 1099 176.8 21016.5059 234937.2813
0.1390
1098 1101 168.6 11771.0625 167043.5781
0.1390
1099 1103 171.3 16156.2090 177406.7813
0.1390
1101 1102 155.7 3355.5293 70564.9844
0.1390
1103 1104 167.9 5486.2695 82564.8906
0.1390
1104 1105 176.5 1744.5680 48280.2539
0.1390
1105 1106 147.3 186.0106 16096.9707 0.1390
1105 1108 147.9 181.6530 15414.0010 0.1530
1106 1107 123.7 29.2875 3263.6433 0.1390
1106 1109 132.2 29.8638 3496.1343 0.1530
1109 1110 132.2 3.5809 476.6460 0.1530
1110 1111 147.4 0.1948 74.7922 0.1530
1111 1112 70.6 0.1324 11.6663 0.1250
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Step 94734 Warning: pressure scaling more than 1%,
mu: 370073 370073 370073
Warning: Only triclinic boxes with the first vector
parallel to the x-axis and t
he second vector in the xy-plane are supported.
Box (3x3):
Box[ 0]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Box[ 1]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Box[ 2]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Can not fix pbc.
Warning: Only triclinic boxes with the first vector
parallel to the x-axis and t
he second vector in the xy-plane are supported.
Box (3x3):
Box[ 0]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Box[ 1]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Box[ 2]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Can not fix pbc.
Warning: Only triclinic boxes with the first vector
parallel to the x-axis and t
he second vector in the xy-plane are supported.
Box (3x3):
Box[ 0]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Box[ 1]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Box[ 2]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Can not fix pbc.
Warning: Only triclinic boxes with the first vector
parallel to the x-axis and t
he second vector in the xy-plane are supported.
Box (3x3):
Box[ 0]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Box[ 1]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Box[ 2]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Can not fix pbc.
Warning: Only triclinic boxes with the first vector
parallel to the x-axis and t
he second vector in the xy-plane are supported.
Box (3x3):
Box[ 0]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Box[ 1]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Box[ 2]={1.#QNANe+000, 1.#QNANe+000,
1.#QNANe+000}
Can not fix pbc.
Fatal error: ci = -1 should be in 0 .. -1 [FILE
C:\source\gromacs-3.1.2\src\mdli
b\nsgrid.c, LINE 210]"
__________________________________
Do you Yahoo!?
Plan great trips with Yahoo! Travel: Now over 17,000 guides!
http://travel.yahoo.com/p-travelguide
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list