[gmx-users] grompp error

Rongliang Wu wurl04 at iccas.ac.cn
Fri Apr 7 07:04:00 CEST 2006


Hello, gmx-users,
i met with this error when using the grompp command in gromacs-3.3.1, which went well with gromacs-3.3:


Tried to execute: '/usr/bin/cpp  -I/export/home/wurl/software/gromacs/share/top  ao7.top > grompp1LQeAz'
The '/usr/bin/cpp' command is defined in the .mdp file
processing topology...
Cleaning up temporary file grompp1LQeAz
-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 3.3.1
Source code file: topio.c, line: 388

Fatal error:
Invalid order for directive moleculetype, file ""ao7.top"", line 13
-------------------------------------------------------

and top file is as follows:

;
;	File 'ao7.top' was generated
;	By user: wurl (1006)
;	On host: IBMWU
;	At date: Wed Apr  5 17:17:00 2006
;
;	This is your topology file
;	GROningen MAchine for Chemical Simulation
;
; Include forcefield parameters
#include "ffoplsaa.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein             3

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
     1   opls_135      1    AO7     CA      1      -0.18     12.011   ; qtot -0.18
     2   opls_140      1    AO7    HA1      1       0.06      1.008   ; qtot -0.12
     3   opls_140      1    AO7    HA2      1       0.06      1.008   ; qtot -0.06
     4   opls_140      1    AO7    HA3      1       0.06      1.008   ; qtot 0
     5   opls_136      1    AO7     CB      2      -0.12     12.011   ; qtot -0.12
     6   opls_140      1    AO7    HB1      2       0.06      1.008   ; qtot -0.06
     7   opls_140      1    AO7    HB2      2       0.06      1.008   ; qtot 0
     8   opls_136      1    AO7     CC      3      -0.12     12.011   ; qtot -0.12
     9   opls_140      1    AO7    HC1      3       0.06      1.008   ; qtot -0.06
    10   opls_140      1    AO7    HC2      3       0.06      1.008   ; qtot 0
    11   opls_136      1    AO7     CD      4      -0.12     12.011   ; qtot -0.12
    12   opls_140      1    AO7    HD1      4       0.06      1.008   ; qtot -0.06
    13   opls_140      1    AO7    HD2      4       0.06      1.008   ; qtot 0
    14   opls_136      1    AO7     CE      5      -0.12     12.011   ; qtot -0.12
    15   opls_140      1    AO7    HE1      5       0.06      1.008   ; qtot -0.06
    16   opls_140      1    AO7    HE2      5       0.06      1.008   ; qtot 0
    17   opls_136      1    AO7     CF      6      -0.12     12.011   ; qtot -0.12
    18   opls_140      1    AO7    HF1      6       0.06      1.008   ; qtot -0.06
    19   opls_140      1    AO7    HF2      6       0.06      1.008   ; qtot 0
    20   opls_136      1    AO7     CG      7      -0.12     12.011   ; qtot -0.12
    21   opls_140      1    AO7    HG1      7       0.06      1.008   ; qtot -0.06
    22   opls_140      1    AO7    HG2      7       0.06      1.008   ; qtot 0
    23   opls_136      1    AO7     CH      8      -0.12     12.011   ; qtot -0.12
    24   opls_140      1    AO7    HH1      8       0.06      1.008   ; qtot -0.06
    25   opls_140      1    AO7    HH2      8       0.06      1.008   ; qtot 0
    26   opls_136      1    AO7     CI      9      -0.12     12.011   ; qtot -0.12
    27   opls_140      1    AO7    HI1      9       0.06      1.008   ; qtot -0.06
    28   opls_140      1    AO7    HI2      9       0.06      1.008   ; qtot 0
    29   opls_136      1    AO7     CJ     10      -0.12     12.011   ; qtot -0.12
    30   opls_140      1    AO7    HJ1     10       0.06      1.008   ; qtot -0.06
    31   opls_140      1    AO7    HJ2     10       0.06      1.008   ; qtot 0
    32   opls_136      1    AO7     CK     11      -0.12     12.011   ; qtot -0.12
    33   opls_140      1    AO7    HK1     11       0.06      1.008   ; qtot -0.06
    34   opls_140      1    AO7    HK2     11       0.06      1.008   ; qtot 0
    35   opls_182      1    AO7     CL     12       0.14     12.011   ; qtot 0.14
    36   opls_185      1    AO7    HL1     12       0.03      1.008   ; qtot 0.17
    37   opls_185      1    AO7    HL2     12       0.03      1.008   ; qtot 0.2
    38   opls_180      1    AO7     O1     12       -0.4    15.9994   ; qtot -0.2
    39   opls_182      1    AO7     CM     12       0.14     12.011   ; qtot -0.06
    40   opls_185      1    AO7    HM1     12       0.03      1.008   ; qtot -0.03
    41   opls_185      1    AO7    HM2     12       0.03      1.008   ; qtot 0
    42   opls_182      1    AO7     CN     13       0.14     12.011   ; qtot 0.14
    43   opls_185      1    AO7    HN1     13       0.03      1.008   ; qtot 0.17
    44   opls_185      1    AO7    HN2     13       0.03      1.008   ; qtot 0.2
    45   opls_180      1    AO7     O2     13       -0.4    15.9994   ; qtot -0.2
    46   opls_182      1    AO7     CO     13       0.14     12.011   ; qtot -0.06
    47   opls_185      1    AO7    HO1     13       0.03      1.008   ; qtot -0.03
    48   opls_185      1    AO7    HO2     13       0.03      1.008   ; qtot 0
    49   opls_182      1    AO7     CP     14       0.14     12.011   ; qtot 0.14
    50   opls_185      1    AO7    HP1     14       0.03      1.008   ; qtot 0.17
    51   opls_185      1    AO7    HP2     14       0.03      1.008   ; qtot 0.2
    52   opls_180      1    AO7     O3     14       -0.4    15.9994   ; qtot -0.2
    53   opls_182      1    AO7     CQ     14       0.14     12.011   ; qtot -0.06
    54   opls_185      1    AO7    HQ1     14       0.03      1.008   ; qtot -0.03
    55   opls_185      1    AO7    HQ2     14       0.03      1.008   ; qtot 0
    56   opls_182      1    AO7     CR     15       0.14     12.011   ; qtot 0.14
    57   opls_185      1    AO7    HR1     15       0.03      1.008   ; qtot 0.17
    58   opls_185      1    AO7    HR2     15       0.03      1.008   ; qtot 0.2
    59   opls_180      1    AO7     O4     15       -0.4    15.9994   ; qtot -0.2
    60   opls_182      1    AO7     CS     15       0.14     12.011   ; qtot -0.06
    61   opls_185      1    AO7    HS1     15       0.03      1.008   ; qtot -0.03
    62   opls_185      1    AO7    HS2     15       0.03      1.008   ; qtot 0
    63   opls_182      1    AO7     CT     16       0.14     12.011   ; qtot 0.14
    64   opls_185      1    AO7    HT1     16       0.03      1.008   ; qtot 0.17
    65   opls_185      1    AO7    HT2     16       0.03      1.008   ; qtot 0.2
    66   opls_180      1    AO7     O5     16       -0.4    15.9994   ; qtot -0.2
    67   opls_182      1    AO7     CU     16       0.14     12.011   ; qtot -0.06
    68   opls_185      1    AO7    HU1     16       0.03      1.008   ; qtot -0.03
    69   opls_185      1    AO7    HU2     16       0.03      1.008   ; qtot 0
    70   opls_182      1    AO7     CV     17       0.14     12.011   ; qtot 0.14
    71   opls_185      1    AO7    HV1     17       0.03      1.008   ; qtot 0.17
    72   opls_185      1    AO7    HV2     17       0.03      1.008   ; qtot 0.2
    73   opls_180      1    AO7     O6     17       -0.4    15.9994   ; qtot -0.2
    74   opls_182      1    AO7     CW     17       0.14     12.011   ; qtot -0.06
    75   opls_185      1    AO7    HW1     17       0.03      1.008   ; qtot -0.03
    76   opls_185      1    AO7    HW2     17       0.03      1.008   ; qtot 0
    77   opls_173      1    AO7     CX     18      0.145     12.011   ; qtot 0.145
    78   opls_176      1    AO7    HX1     18       0.06      1.008   ; qtot 0.205
    79   opls_176      1    AO7    HX2     18       0.06      1.008   ; qtot 0.265
    80   opls_169      1    AO7     O7     18       -0.7    15.9994   ; qtot -0.435
    81   opls_170      1    AO7     H7     18      0.435      1.008   ; qtot 0

[ bonds ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
    1     2     1 
    1     3     1 
    1     4     1 
    1     5     1 
    5     6     1 
    5     7     1 
    5     8     1 
    8     9     1 
    8    10     1 
    8    11     1 
   11    12     1 
   11    13     1 
   11    14     1 
   14    15     1 
   14    16     1 
   14    17     1 
   17    18     1 
   17    19     1 
   17    20     1 
   20    21     1 
   20    22     1 
   20    23     1 
   23    24     1 
   23    25     1 
   23    26     1 
   26    27     1 
   26    28     1 
   26    29     1 
   29    30     1 
   29    31     1 
   29    32     1 
   32    33     1 
   32    34     1 
   32    35     1 
   35    36     1 
   35    37     1 
   35    38     1 
   38    39     1 
   39    40     1 
   39    41     1 
   39    42     1 
   42    43     1 
   42    44     1 
   42    45     1 
   45    46     1 
   46    47     1 
   46    48     1 
   46    49     1 
   49    50     1 
   49    51     1 
   49    52     1 
   52    53     1 
   53    54     1 
   53    55     1 
   53    56     1 
   56    57     1 
   56    58     1 
   56    59     1 
   59    60     1 
   60    61     1 
   60    62     1 
   60    63     1 
   63    64     1 
   63    65     1 
   63    66     1 
   66    67     1 
   67    68     1 
   67    69     1 
   67    70     1 
   70    71     1 
   70    72     1 
   70    73     1 
   73    74     1 
   74    75     1 
   74    76     1 
   74    77     1 
   77    78     1 
   77    79     1 
   77    80     1 
   80    81     1 

[ pairs ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
   29    38     1 
   30    33     1 
   30    34     1 
   30    35     1 
   31    33     1 
   31    34     1 
   31    35     1 
   32    39     1 
   33    36     1 
   33    37     1 
   33    38     1 
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   62    66     1 
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   76    79     1 
   76    80     1 
   78    81     1 
   79    81     1 

[ angles ]
;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3
    2     1     3     1 
    2     1     4     1 
    2     1     5     1 
    3     1     4     1 
    3     1     5     1 
    4     1     5     1 
    1     5     6     1 
    1     5     7     1 
    1     5     8     1 
    6     5     7     1 
    6     5     8     1 
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   15    14    17     1 
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   14    17    20     1 
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   72    70    73     1 
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   73    74    76     1 
   73    74    77     1 
   75    74    76     1 
   75    74    77     1 
   76    74    77     1 
   74    77    78     1 
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   74    77    80     1 
   78    77    79     1 
   78    77    80     1 
   79    77    80     1 
   77    80    81     1 

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
    2     1     5     6     3 
    2     1     5     7     3 
    2     1     5     8     3 
    3     1     5     6     3 
    3     1     5     7     3 
    3     1     5     8     3 
    4     1     5     6     3 
    4     1     5     7     3 
    4     1     5     8     3 
    1     5     8     9     3 
    1     5     8    10     3 
    1     5     8    11     3 
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    9     8    11    14     3 
   10     8    11    12     3 
   10     8    11    13     3 
   10     8    11    14     3 
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   76    74    77    79     3 
   76    74    77    80     3 
   74    77    80    81     3 
   78    77    80    81     3 
   79    77    80    81     3 

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "spc.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"

[ system ]
; Name
GROningen MAchine for Chemical Simulation

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein             1

i also met with the same problem using gromacs-3.2

why?


Regards

Thanks
 				

        Rongliang Wu
        wurl04 at iccas.ac.cn
          2006-04-07


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