[gmx-users] grompp error
Rongliang Wu
wurl04 at iccas.ac.cn
Fri Apr 7 07:04:00 CEST 2006
Hello, gmx-users，
i met with this error when using the grompp command in gromacs-3.3.1, which went well with gromacs-3.3:
Tried to execute: '/usr/bin/cpp -I/export/home/wurl/software/gromacs/share/top ao7.top > grompp1LQeAz'
The '/usr/bin/cpp' command is defined in the .mdp file
processing topology...
Cleaning up temporary file grompp1LQeAz
-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 3.3.1
Source code file: topio.c, line: 388
Fatal error:
Invalid order for directive moleculetype, file ""ao7.top"", line 13
-------------------------------------------------------
and top file is as follows:
;
; File 'ao7.top' was generated
; By user: wurl (1006)
; On host: IBMWU
; At date: Wed Apr 5 17:17:00 2006
;
; This is your topology file
; GROningen MAchine for Chemical Simulation
;
; Include forcefield parameters
#include "ffoplsaa.itp"
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
Protein 3
[ atoms ]
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
1 opls_135 1 AO7 CA 1 -0.18 12.011 ; qtot -0.18
2 opls_140 1 AO7 HA1 1 0.06 1.008 ; qtot -0.12
3 opls_140 1 AO7 HA2 1 0.06 1.008 ; qtot -0.06
4 opls_140 1 AO7 HA3 1 0.06 1.008 ; qtot 0
5 opls_136 1 AO7 CB 2 -0.12 12.011 ; qtot -0.12
6 opls_140 1 AO7 HB1 2 0.06 1.008 ; qtot -0.06
7 opls_140 1 AO7 HB2 2 0.06 1.008 ; qtot 0
8 opls_136 1 AO7 CC 3 -0.12 12.011 ; qtot -0.12
9 opls_140 1 AO7 HC1 3 0.06 1.008 ; qtot -0.06
10 opls_140 1 AO7 HC2 3 0.06 1.008 ; qtot 0
11 opls_136 1 AO7 CD 4 -0.12 12.011 ; qtot -0.12
12 opls_140 1 AO7 HD1 4 0.06 1.008 ; qtot -0.06
13 opls_140 1 AO7 HD2 4 0.06 1.008 ; qtot 0
14 opls_136 1 AO7 CE 5 -0.12 12.011 ; qtot -0.12
15 opls_140 1 AO7 HE1 5 0.06 1.008 ; qtot -0.06
16 opls_140 1 AO7 HE2 5 0.06 1.008 ; qtot 0
17 opls_136 1 AO7 CF 6 -0.12 12.011 ; qtot -0.12
18 opls_140 1 AO7 HF1 6 0.06 1.008 ; qtot -0.06
19 opls_140 1 AO7 HF2 6 0.06 1.008 ; qtot 0
20 opls_136 1 AO7 CG 7 -0.12 12.011 ; qtot -0.12
21 opls_140 1 AO7 HG1 7 0.06 1.008 ; qtot -0.06
22 opls_140 1 AO7 HG2 7 0.06 1.008 ; qtot 0
23 opls_136 1 AO7 CH 8 -0.12 12.011 ; qtot -0.12
24 opls_140 1 AO7 HH1 8 0.06 1.008 ; qtot -0.06
25 opls_140 1 AO7 HH2 8 0.06 1.008 ; qtot 0
26 opls_136 1 AO7 CI 9 -0.12 12.011 ; qtot -0.12
27 opls_140 1 AO7 HI1 9 0.06 1.008 ; qtot -0.06
28 opls_140 1 AO7 HI2 9 0.06 1.008 ; qtot 0
29 opls_136 1 AO7 CJ 10 -0.12 12.011 ; qtot -0.12
30 opls_140 1 AO7 HJ1 10 0.06 1.008 ; qtot -0.06
31 opls_140 1 AO7 HJ2 10 0.06 1.008 ; qtot 0
32 opls_136 1 AO7 CK 11 -0.12 12.011 ; qtot -0.12
33 opls_140 1 AO7 HK1 11 0.06 1.008 ; qtot -0.06
34 opls_140 1 AO7 HK2 11 0.06 1.008 ; qtot 0
35 opls_182 1 AO7 CL 12 0.14 12.011 ; qtot 0.14
36 opls_185 1 AO7 HL1 12 0.03 1.008 ; qtot 0.17
37 opls_185 1 AO7 HL2 12 0.03 1.008 ; qtot 0.2
38 opls_180 1 AO7 O1 12 -0.4 15.9994 ; qtot -0.2
39 opls_182 1 AO7 CM 12 0.14 12.011 ; qtot -0.06
40 opls_185 1 AO7 HM1 12 0.03 1.008 ; qtot -0.03
41 opls_185 1 AO7 HM2 12 0.03 1.008 ; qtot 0
42 opls_182 1 AO7 CN 13 0.14 12.011 ; qtot 0.14
43 opls_185 1 AO7 HN1 13 0.03 1.008 ; qtot 0.17
44 opls_185 1 AO7 HN2 13 0.03 1.008 ; qtot 0.2
45 opls_180 1 AO7 O2 13 -0.4 15.9994 ; qtot -0.2
46 opls_182 1 AO7 CO 13 0.14 12.011 ; qtot -0.06
47 opls_185 1 AO7 HO1 13 0.03 1.008 ; qtot -0.03
48 opls_185 1 AO7 HO2 13 0.03 1.008 ; qtot 0
49 opls_182 1 AO7 CP 14 0.14 12.011 ; qtot 0.14
50 opls_185 1 AO7 HP1 14 0.03 1.008 ; qtot 0.17
51 opls_185 1 AO7 HP2 14 0.03 1.008 ; qtot 0.2
52 opls_180 1 AO7 O3 14 -0.4 15.9994 ; qtot -0.2
53 opls_182 1 AO7 CQ 14 0.14 12.011 ; qtot -0.06
54 opls_185 1 AO7 HQ1 14 0.03 1.008 ; qtot -0.03
55 opls_185 1 AO7 HQ2 14 0.03 1.008 ; qtot 0
56 opls_182 1 AO7 CR 15 0.14 12.011 ; qtot 0.14
57 opls_185 1 AO7 HR1 15 0.03 1.008 ; qtot 0.17
58 opls_185 1 AO7 HR2 15 0.03 1.008 ; qtot 0.2
59 opls_180 1 AO7 O4 15 -0.4 15.9994 ; qtot -0.2
60 opls_182 1 AO7 CS 15 0.14 12.011 ; qtot -0.06
61 opls_185 1 AO7 HS1 15 0.03 1.008 ; qtot -0.03
62 opls_185 1 AO7 HS2 15 0.03 1.008 ; qtot 0
63 opls_182 1 AO7 CT 16 0.14 12.011 ; qtot 0.14
64 opls_185 1 AO7 HT1 16 0.03 1.008 ; qtot 0.17
65 opls_185 1 AO7 HT2 16 0.03 1.008 ; qtot 0.2
66 opls_180 1 AO7 O5 16 -0.4 15.9994 ; qtot -0.2
67 opls_182 1 AO7 CU 16 0.14 12.011 ; qtot -0.06
68 opls_185 1 AO7 HU1 16 0.03 1.008 ; qtot -0.03
69 opls_185 1 AO7 HU2 16 0.03 1.008 ; qtot 0
70 opls_182 1 AO7 CV 17 0.14 12.011 ; qtot 0.14
71 opls_185 1 AO7 HV1 17 0.03 1.008 ; qtot 0.17
72 opls_185 1 AO7 HV2 17 0.03 1.008 ; qtot 0.2
73 opls_180 1 AO7 O6 17 -0.4 15.9994 ; qtot -0.2
74 opls_182 1 AO7 CW 17 0.14 12.011 ; qtot -0.06
75 opls_185 1 AO7 HW1 17 0.03 1.008 ; qtot -0.03
76 opls_185 1 AO7 HW2 17 0.03 1.008 ; qtot 0
77 opls_173 1 AO7 CX 18 0.145 12.011 ; qtot 0.145
78 opls_176 1 AO7 HX1 18 0.06 1.008 ; qtot 0.205
79 opls_176 1 AO7 HX2 18 0.06 1.008 ; qtot 0.265
80 opls_169 1 AO7 O7 18 -0.7 15.9994 ; qtot -0.435
81 opls_170 1 AO7 H7 18 0.435 1.008 ; qtot 0
[ bonds ]
; ai aj funct c0 c1 c2 c3
1 2 1
1 3 1
1 4 1
1 5 1
5 6 1
5 7 1
5 8 1
8 9 1
8 10 1
8 11 1
11 12 1
11 13 1
11 14 1
14 15 1
14 16 1
14 17 1
17 18 1
17 19 1
17 20 1
20 21 1
20 22 1
20 23 1
23 24 1
23 25 1
23 26 1
26 27 1
26 28 1
26 29 1
29 30 1
29 31 1
29 32 1
32 33 1
32 34 1
32 35 1
35 36 1
35 37 1
35 38 1
38 39 1
39 40 1
39 41 1
39 42 1
42 43 1
42 44 1
42 45 1
45 46 1
46 47 1
46 48 1
46 49 1
49 50 1
49 51 1
49 52 1
52 53 1
53 54 1
53 55 1
53 56 1
56 57 1
56 58 1
56 59 1
59 60 1
60 61 1
60 62 1
60 63 1
63 64 1
63 65 1
63 66 1
66 67 1
67 68 1
67 69 1
67 70 1
70 71 1
70 72 1
70 73 1
73 74 1
74 75 1
74 76 1
74 77 1
77 78 1
77 79 1
77 80 1
80 81 1
[ pairs ]
; ai aj funct c0 c1 c2 c3
29 38 1
30 33 1
30 34 1
30 35 1
31 33 1
31 34 1
31 35 1
32 39 1
33 36 1
33 37 1
33 38 1
34 36 1
34 37 1
34 38 1
35 40 1
35 41 1
35 42 1
36 39 1
37 39 1
38 43 1
38 44 1
38 45 1
39 46 1
40 43 1
40 44 1
40 45 1
41 43 1
41 44 1
41 45 1
42 47 1
42 48 1
42 49 1
43 46 1
44 46 1
45 50 1
45 51 1
45 52 1
46 53 1
47 50 1
47 51 1
47 52 1
48 50 1
48 51 1
48 52 1
49 54 1
49 55 1
49 56 1
50 53 1
51 53 1
52 57 1
52 58 1
52 59 1
53 60 1
54 57 1
54 58 1
54 59 1
55 57 1
55 58 1
55 59 1
56 61 1
56 62 1
56 63 1
57 60 1
58 60 1
59 64 1
59 65 1
59 66 1
60 67 1
61 64 1
61 65 1
61 66 1
62 64 1
62 65 1
62 66 1
63 68 1
63 69 1
63 70 1
64 67 1
65 67 1
66 71 1
66 72 1
66 73 1
67 74 1
68 71 1
68 72 1
68 73 1
69 71 1
69 72 1
69 73 1
70 75 1
70 76 1
70 77 1
71 74 1
72 74 1
73 78 1
73 79 1
73 80 1
74 81 1
75 78 1
75 79 1
75 80 1
76 78 1
76 79 1
76 80 1
78 81 1
79 81 1
[ angles ]
; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
2 1 3 1
2 1 4 1
2 1 5 1
3 1 4 1
3 1 5 1
4 1 5 1
1 5 6 1
1 5 7 1
1 5 8 1
6 5 7 1
6 5 8 1
7 5 8 1
5 8 9 1
5 8 10 1
5 8 11 1
9 8 10 1
9 8 11 1
10 8 11 1
8 11 12 1
8 11 13 1
8 11 14 1
12 11 13 1
12 11 14 1
13 11 14 1
11 14 15 1
11 14 16 1
11 14 17 1
15 14 16 1
15 14 17 1
16 14 17 1
14 17 18 1
14 17 19 1
14 17 20 1
18 17 19 1
18 17 20 1
19 17 20 1
17 20 21 1
17 20 22 1
17 20 23 1
21 20 22 1
21 20 23 1
22 20 23 1
20 23 24 1
20 23 25 1
20 23 26 1
24 23 25 1
24 23 26 1
25 23 26 1
23 26 27 1
23 26 28 1
23 26 29 1
27 26 28 1
27 26 29 1
28 26 29 1
26 29 30 1
26 29 31 1
26 29 32 1
30 29 31 1
30 29 32 1
31 29 32 1
29 32 33 1
29 32 34 1
29 32 35 1
33 32 34 1
33 32 35 1
34 32 35 1
32 35 36 1
32 35 37 1
32 35 38 1
36 35 37 1
36 35 38 1
37 35 38 1
35 38 39 1
38 39 40 1
38 39 41 1
38 39 42 1
40 39 41 1
40 39 42 1
41 39 42 1
39 42 43 1
39 42 44 1
39 42 45 1
43 42 44 1
43 42 45 1
44 42 45 1
42 45 46 1
45 46 47 1
45 46 48 1
45 46 49 1
47 46 48 1
47 46 49 1
48 46 49 1
46 49 50 1
46 49 51 1
46 49 52 1
50 49 51 1
50 49 52 1
51 49 52 1
49 52 53 1
52 53 54 1
52 53 55 1
52 53 56 1
54 53 55 1
54 53 56 1
55 53 56 1
53 56 57 1
53 56 58 1
53 56 59 1
57 56 58 1
57 56 59 1
58 56 59 1
56 59 60 1
59 60 61 1
59 60 62 1
59 60 63 1
61 60 62 1
61 60 63 1
62 60 63 1
60 63 64 1
60 63 65 1
60 63 66 1
64 63 65 1
64 63 66 1
65 63 66 1
63 66 67 1
66 67 68 1
66 67 69 1
66 67 70 1
68 67 69 1
68 67 70 1
69 67 70 1
67 70 71 1
67 70 72 1
67 70 73 1
71 70 72 1
71 70 73 1
72 70 73 1
70 73 74 1
73 74 75 1
73 74 76 1
73 74 77 1
75 74 76 1
75 74 77 1
76 74 77 1
74 77 78 1
74 77 79 1
74 77 80 1
78 77 79 1
78 77 80 1
79 77 80 1
77 80 81 1
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
2 1 5 6 3
2 1 5 7 3
2 1 5 8 3
3 1 5 6 3
3 1 5 7 3
3 1 5 8 3
4 1 5 6 3
4 1 5 7 3
4 1 5 8 3
1 5 8 9 3
1 5 8 10 3
1 5 8 11 3
6 5 8 9 3
6 5 8 10 3
6 5 8 11 3
7 5 8 9 3
7 5 8 10 3
7 5 8 11 3
5 8 11 12 3
5 8 11 13 3
5 8 11 14 3
9 8 11 12 3
9 8 11 13 3
9 8 11 14 3
10 8 11 12 3
10 8 11 13 3
10 8 11 14 3
8 11 14 15 3
8 11 14 16 3
8 11 14 17 3
12 11 14 15 3
12 11 14 16 3
12 11 14 17 3
13 11 14 15 3
13 11 14 16 3
13 11 14 17 3
11 14 17 18 3
11 14 17 19 3
11 14 17 20 3
15 14 17 18 3
15 14 17 19 3
15 14 17 20 3
16 14 17 18 3
16 14 17 19 3
16 14 17 20 3
14 17 20 21 3
14 17 20 22 3
14 17 20 23 3
18 17 20 21 3
18 17 20 22 3
18 17 20 23 3
19 17 20 21 3
19 17 20 22 3
19 17 20 23 3
17 20 23 24 3
17 20 23 25 3
17 20 23 26 3
21 20 23 24 3
21 20 23 25 3
21 20 23 26 3
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37 35 38 39 3
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38 39 42 45 3
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40 39 42 44 3
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41 39 42 43 3
41 39 42 44 3
41 39 42 45 3
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43 42 45 46 3
44 42 45 46 3
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42 45 46 49 3
45 46 49 50 3
45 46 49 51 3
45 46 49 52 3
47 46 49 50 3
47 46 49 51 3
47 46 49 52 3
48 46 49 50 3
48 46 49 51 3
48 46 49 52 3
46 49 52 53 3
50 49 52 53 3
51 49 52 53 3
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52 53 56 59 3
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54 53 56 58 3
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55 53 56 58 3
55 53 56 59 3
53 56 59 60 3
57 56 59 60 3
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56 59 60 61 3
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56 59 60 63 3
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59 60 63 65 3
59 60 63 66 3
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61 60 63 65 3
61 60 63 66 3
62 60 63 64 3
62 60 63 65 3
62 60 63 66 3
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64 63 66 67 3
65 63 66 67 3
63 66 67 68 3
63 66 67 69 3
63 66 67 70 3
66 67 70 71 3
66 67 70 72 3
66 67 70 73 3
68 67 70 71 3
68 67 70 72 3
68 67 70 73 3
69 67 70 71 3
69 67 70 72 3
69 67 70 73 3
67 70 73 74 3
71 70 73 74 3
72 70 73 74 3
70 73 74 75 3
70 73 74 76 3
70 73 74 77 3
73 74 77 78 3
73 74 77 79 3
73 74 77 80 3
75 74 77 78 3
75 74 77 79 3
75 74 77 80 3
76 74 77 78 3
76 74 77 79 3
76 74 77 80 3
74 77 80 81 3
78 77 80 81 3
79 77 80 81 3
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
; Include water topology
#include "spc.itp"
#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
; i funct fcx fcy fcz
1 1 1000 1000 1000
#endif
; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"
[ system ]
; Name
GROningen MAchine for Chemical Simulation
[ molecules ]
; Compound #mols
Protein 1
i also met with the same problem using gromacs-3.2
why?
Regards
Thanks
Rongliang Wu
wurl04 at iccas.ac.cn
2006-04-07
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list