[gmx-users] Segmentation fault
Mark Abraham
Mark.Abraham at anu.edu.au
Sat Dec 29 07:19:11 CET 2007
jahanshah ashkani wrote:
> Hi,
> Step -2, time -0.004 (ps) LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> max 1.349301 (between atoms 1113 and 1115) rms 0.035397
> bonds that rotated more than 30 degrees:
> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
> 1104 1106 58.3 0.1456 0.2551 0.1470
> 1106 1107 58.9 0.1530 0.2667 0.1530
> 1106 1111 64.3 0.1533 0.1159 0.1530
> 1111 1112 80.4 0.1231 0.1854 0.1230
> 1111 1113 41.2 0.4557 0.1995 0.1330
> 1113 1114 82.4 0.0996 0.0968 0.1000
> 1113 1115 80.8 0.1476 0.3453 0.1470
> 1115 1116 62.3 0.1531 0.2768 0.1530
> 1115 1119 77.7 0.1517 0.2741 0.1530
> 1116 1117 36.3 0.1423 0.1747 0.1430
> 1121 1122 80.7 0.0992 0.1188 0.1000
> 1121 1123 84.8 0.1477 0.2245 0.1470
> 1123 1124 44.6 0.1517 0.2118 0.1530
> 1123 1137 43.4 0.1521 0.2093 0.1530
>
> Step -1, time -0.002 (ps) LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> max 0.933924 (between atoms 1111 and 1113) rms 0.024333
> bonds that rotated more than 30 degrees:
> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
> 1106 1111 92.2 0.1159 0.1138 0.1530
> 1111 1112 53.2 0.1854 0.0685 0.1230
> 1111 1113 59.6 0.1995 0.2572 0.1330
> 1113 1114 91.9 0.0968 0.1353 0.1000
> 1113 1115 62.5 0.3453 0.2040 0.1470
> 1115 1116 38.8 0.2768 0.1783 0.1530
> 1115 1119 61.2 0.2741 0.2458 0.1530
> 1119 1120 78.7 0.1051 0.1090 0.1230
> 1121 1122 44.4 0.1188 0.1374 0.1000
> 1121 1123 52.0 0.2245 0.2043 0.1470
> 1123 1137 35.9 0.2093 0.1656 0.1530
> starting mdrun '? in water'
> 250000 steps, 500.0 ps.
>
>
> Back Off! I just backed up traj.trr to ./#traj.trr.5#
>
> Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> max 16002.615234 (between atoms 1113 and 1114) rms 421.562012
> bonds that rotated more than 30 degrees:
> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
> 161 162 63.3 0.1090 0.1092 0.1090
> 1087 1089 43.8 0.1470 0.2111 0.1470
> 1089 1090 41.6 0.1530 0.2121 0.1530
> 1089 1093 65.1 0.1530 0.6815 0.1530
> 1093 1094 57.4 0.1230 0.6487 0.1230
> 1093 1095 70.3 0.1332 7.4581 0.1330
> 1095 1096 63.4 0.1002 6.9145 0.1000
> 1095 1097 87.2 0.1477 38.1974 0.1470
> 1097 1098 87.4 0.1537 38.3103 0.1530
> 1097 1102 46.0 0.1563 93.5811 0.1530
> 1098 1099 74.2 0.1431 8.7328 0.1430
> 1098 1101 71.4 0.1531 8.6649 0.1530
> 1099 1100 73.2 0.1000 0.5716 0.1000
> 1102 1103 81.3 0.1266 123.2126 0.1230
> 1102 1104 101.3 0.1498 345.5438 0.1330
> 1104 1105 100.3 0.1138 339.2171 0.1000
> 1104 1106 73.4 0.2551 1196.1974 0.1470
> 1106 1107 73.8 0.2667 1298.7706 0.1530
> 1106 1111 115.0 0.1159 1137.4712 0.1530
> 1107 1108 156.6 0.1678 272.5244 0.1530
> 1108 1109 49.9 0.1545 96.5447 0.1530
> 1108 1110 81.5 0.1545 73.5228 0.1530
> 1111 1112 131.6 0.1854 528.7211 0.1230
> 1111 1113 80.4 0.1995 1840.3479 0.1330
> 1113 1114 93.7 0.0968 1600.3616 0.1000
> 1113 1115 89.2 0.3453 1596.2660 0.1470
> 1115 1116 89.7 0.2768 128.4722 0.1530
> 1115 1119 94.4 0.2741 131.9932 0.1530
> 1116 1117 90.0 0.1747 50.8581 0.1430
> 1117 1118 72.9 0.1024 0.8743 0.1000
> 1121 1122 176.1 0.1188 9.3235 0.1000
> 1121 1123 149.0 0.2245 5.8261 0.1470
> 1123 1124 120.6 0.2118 1.7661 0.1530
> 1123 1137 44.0 0.2093 2.3012 0.1530
> 1137 1138 86.5 0.1271 0.6245 0.1230
> 1137 1139 154.1 0.1377 0.5616 0.1330
> 2720 2721 35.4 0.1090 0.1090 0.1090
> Segmentation fault
Check out http://wiki.gromacs.org/index.php/Errors#LINCS_warnings
> and my *.mdp file was:
> tc-grps = Protein SOL NA+
> tau_t = 0.1 0.1 0.1
> ref_t = 300 300 300
See http://wiki.gromacs.org/index.php/Thermostats#What_Not_To_Do
Mark
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list