[gmx-users] [Fwd: Problem with Position restrained dynamics]
David van der Spoel
spoel at xray.bmc.uu.se
Tue Jul 24 15:56:09 CEST 2007
-------- Original Message --------
Subject: Problem with Position restrained dynamics
Date: Tue, 24 Jul 2007 19:19:39 +0530
From: E BHARATHY <ebharathy at nicholaspiramal.co.in>
Reply-To: CHANDRIKA RAO <chandrika at nicholaspiramal.co.in>
To: spoel at xray.bmc.uu.se, spoel at gromacs.org
Dear Dr. David,
When i prepared my position restrained dynamics MD, grompp generated
/ Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.3#/
/ WARNING 1 [file pr.mdp, line unknown]:/
/ Unknown left-hand warnings in parameter file/
Ignoring this warning i proceeded with mdrun, but i get the following
LINCS warning and the mdrun stopped after 3 steps,
/Reading file BHE_pr.tpr, VERSION 3.2.1 (double precision)/
/Step -2, time -0.004 (ps) LINCS WARNING/
/relative constraint deviation after LINCS:/
/max 5.438731 (between atoms 1409 and 1411) rms 0.183862/
/bonds that rotated more than 30 degrees:/
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
351 353 45.3 0.1470 0.2035 0.1470
353 354 44.8 0.1527 0.2102 0.1530
353 358 88.8 0.1522 0.6581 0.1530
358 359 90.6 0.1235 0.6533 0.1230
358 360 69.1 0.9572 0.2125 0.1330
360 361 83.8 0.1459 0.3229 0.1470
360 364 86.7 0.1470 0.2723 0.1470
361 362 87.8 0.1535 0.3006 0.1530
361 365 86.3 0.1533 0.3244 0.1530
362 363 33.8 0.1492 0.1845 0.1530
363 364 63.5 0.1519 0.2408 0.1530
365 366 43.4 0.1232 0.1761 0.1230
365 367 43.7 0.1322 0.1936 0.1330
1398 1400 34.3 0.1330 0.1667 0.1330
1400 1401 35.5 0.1000 0.1264 0.1000
1400 1402 74.3 0.1459 0.2455 0.1470
1402 1403 72.4 0.1527 0.2581 0.1530
1402 1407 87.6 0.1528 0.4993 0.1530
1403 1404 31.8 0.1527 0.1819 0.1530
1407 1408 75.3 0.1233 0.3703 0.1230
1407 1409 59.0 1.4762 0.2682 0.1330
1409 1410 85.4 0.1000 0.5318 0.1000
1409 1411 86.6 0.1456 0.9465 0.1470
1411 1412 87.0 0.1542 0.3245 0.1530
1411 1415 85.7 0.1524 0.3132 0.1530
1412 1413 46.7 0.1522 0.2173 0.1530
1412 1414 46.8 0.1522 0.2173 0.1530
1415 1416 43.2 0.1229 0.1716 0.1230
1415 1417 44.0 0.1329 0.1895 0.1330
Step -1, time -0.002 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 4.981362 (between atoms 1407 and 1409) rms 0.158363
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
349 351 48.0 0.1389 0.1960 0.1330
351 352 60.5 0.1050 0.1654 0.1000
351 353 82.6 0.2035 0.2253 0.1470
353 354 31.0 0.2102 0.1212 0.1530
353 358 70.1 0.6581 0.2914 0.1530
358 359 58.1 0.6533 0.1681 0.1230
358 360 89.3 0.2125 0.5601 0.1330
360 361 52.6 0.3229 0.1774 0.1470
360 364 38.6 0.2723 0.1725 0.1470
361 365 33.5 0.3244 0.1558 0.1530
363 364 31.9 0.2408 0.1652 0.1530
365 366 39.9 0.1761 0.1259 0.1230
365 367 30.2 0.1936 0.1339 0.1330
1400 1401 30.9 0.1264 0.1176 0.1000
1400 1402 91.5 0.2455 0.1722 0.1470
1402 1403 86.8 0.2581 0.2602 0.1530
1402 1407 83.7 0.4993 0.3445 0.1530
1403 1404 34.9 0.1819 0.1934 0.1530
1407 1408 99.0 0.3703 0.2981 0.1230
1407 1409 85.0 0.2682 0.7955 0.1330
1409 1410 94.6 0.5318 0.5383 0.1000
1409 1411 97.9 0.9465 0.4059 0.1470
1411 1412 99.4 0.3245 0.4953 0.1530
1411 1415 101.3 0.3132 0.4529 0.1530
starting mdrun 'Protein in water'
10000 steps, 20.0 ps.
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 2208362281238.123047 (between atoms 1412 and 1414) rms
86602981113.120758
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
338 340 37.2 0.1474 0.1896 0.1470
340 341 37.2 0.1534 0.1973 0.1530
340 349 130.0 0.1547 0.3181 0.1530
349 350 111.2 0.1248 0.3527 0.1230
349 351 100.2 0.1389 1.0017 0.1330
351 352 94.3 0.1050 1.1293 0.1000
351 353 106.7 0.2035 4.9906 0.1470
353 354 72.1 0.2102 5.2153 0.1530
353 358 90.0 0.6581 112.0247 0.1530
354 355 40.4 0.1582 0.4880 0.1530
354 356 84.5 0.1580 0.8889 0.1530
355 357 74.3 0.1538 0.6744 0.1530
358 359 88.8 0.6533 112.4646 0.1230
358 360 92.0 0.2125 293.1553 0.1330
360 361 91.4 0.3229 407.4667 0.1470
360 364 91.5 0.2723 228.5065 0.1470
361 362 116.3 0.3006 112.5732 0.1530
361 365 91.2 0.3244 603.0641 0.1530
362 363 95.3 0.1845 140.1335 0.1530
363 364 95.1 0.2408 324.4305 0.1530
365 366 86.8 0.1761 521.2930 0.1230
365 367 91.2 0.1936 539.5733 0.1330
367 368 90.5 0.1131 112.8240 0.1000
367 369 158.3 0.1607 41.0058 0.1470
369 370 95.4 0.1555 70.2614 0.1530
369 373 98.7 0.1558 61.5882 0.1530
370 371 100.7 0.1434 18.4630 0.1430
371 372 96.1 0.1001 2.6652 0.1000
373 374 113.0 0.1238 27.1017 0.1230
373 375 104.8 0.1337 29.1245 0.1330
375 376 110.5 0.1002 4.3252 0.1000
375 377 105.4 0.1471 4.5519 0.1470
377 378 116.1 0.1530 0.7526 0.1530
377 382 108.9 0.1530 0.7656 0.1530
378 379 39.3 0.1430 0.1891 0.1430
378 381 37.7 0.1530 0.1974 0.1530
382 383 30.3 0.1230 0.1560 0.1230
382 384 43.2 0.1330 0.1981 0.1330
384 386 31.2 0.1470 0.0691 0.1470
386 387 89.6 0.1530 0.3309 0.1530
386 388 44.4 0.1530 0.1234 0.1530
1395 1397 58.8 0.1481 263588228.5813 0.1470
1397 1398 166.7 0.1580 1168749196.5525 0.1530
1398 1399 99.3 0.1283 920227291.1931 0.1230
1398 1400 41.1 0.1667 3414077350.5992 0.1330
1400 1401 72.1 0.1264 2907535261.4971 0.1000
1400 1402 161.3 0.2455 12003477454.3049 0.1470
1402 1403 161.6 0.2581 15578553181.2022 0.1530
1402 1407 72.9 0.4993 110339533056.5518 0.1530
1403 1404 35.0 0.1819 7644877858.7052 0.1530
1404 1405 175.5 0.1556 2025022532.3433 0.1530
1404 1406 78.5 0.1557 1196018052.2235 0.1530
1407 1408 60.3 0.3703 77621061787.6762 0.1230
1407 1409 96.5 0.2682 279773868495.2628 0.1330
1409 1410 82.4 0.5318 171315951864.0257 0.1000
1409 1411 84.7 0.9465 132935986375.6152 0.1470
1411 1412 89.4 0.3245 323878344424.4109 0.1530
1411 1415 82.5 0.3132 213195396980.5549 0.1530
1412 1413 86.4 0.2173 140492677288.5962 0.1530
1412 1414 91.8 0.2173 337879429029.5858 0.1530
1415 1416 85.2 0.1716 58879600997.7487 0.1230
1415 1417 96.1 0.1895 60258743065.4201 0.1330
1417 1418 93.0 0.1135 11798766583.8284 0.1000
1417 1419 169.5 0.1615 7562977767.4215 0.1470
1419 1420 111.2 0.1552 3669360582.3636 0.1530
1419 1424 102.2 0.1554 4171410178.9704 0.1530
1420 1421 109.5 0.1434 1349832283.2463 0.1430
1420 1423 117.1 0.1534 1349832283.2487 0.1530
1421 1422 45.7 0.1001 0.1456 0.1000
1424 1425 121.6 0.1237 614133938.5929 0.1230
1424 1426 118.7 0.1336 614133938.5645 0.1330
1426 1427 42.7 0.1001 0.1487 0.1000
1426 1428 40.3 0.1471 0.2038 0.1470
1576 1577 43.3 0.1080 0.1081 0.1080
/Wrote pdb files with previous and current coordinates/
/MPI process rank 0 (n0, p14495) caught a SIGSEGV./
Could you please explain why do i get this kind of warnings and why the
job is terminated?
Your help in this regard will greatly help us.
Thanks and regards,
E. Bharathy, M.S.(Pharm)
Junior Research Scientist,
Cheminformatics department,
Mumbai .
--
David van der Spoel, Ph.D.
Molec. Biophys. group, Dept. of Cell & Molec. Biol., Uppsala University.
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: +46184714205. Fax: +4618511755.
spoel at xray.bmc.uu.se spoel at gromacs.org http://folding.bmc.uu.se
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list