[gmx-users] problem with distance restraints
map110+ at pitt.edu
map110+ at pitt.edu
Sun Nov 23 00:19:39 CET 2008
Dear All,
I am a new GROMACS user hoping to implement distance restraints on a
peptide fragment so that given any starting conformation of the peptide,
after 1 ns, the peptide will adopt the helical conformation. I'm starting
with a coil conformation and I have added distance restraints to the
topology file (atom pairs within a cutoff of 0.55 nm).
[distance_restraints]
;ai aj type index type' low up1 up2 fac
1 13 1 0 1 0.35 0.40 0.45 1.0
1 15 1 1 1 0.47 0.52 0.57 1.0
1 16 1 2 1 0.53 0.58 0.63 1.0
1 19 1 3 1 0.47 0.52 0.57 1.0
1 13 1 4 1 0.37 0.42 0.47 1.0
1 15 1 5 1 0.47 0.52 0.57 1.0
1 16 1 6 1 0.51 0.56 0.61 1.0
1 19 1 7 1 0.43 0.48 0.53 1.0
5 13 1 8 1 0.24 0.29 0.34 1.0
5 15 1 9 1 0.38 0.43 0.48 1.0
5 20 1 10 1 0.48 0.53 0.58 1.0
5 16 1 11 1 0.47 0.52 0.57 1.0
5 17 1 12 1 0.50 0.55 0.60 1.0
5 19 1 13 1 0.45 0.50 0.55 1.0
11 13 1 14 1 0.13 0.18 0.23 1.0
11 15 1 15 1 0.24 0.29 0.34 1.0
11 20 1 16 1 0.36 0.41 0.46 1.0
11 21 1 17 1 0.46 0.51 0.56 1.0
11 16 1 18 1 0.34 0.39 0.44 1.0
11 17 1 19 1 0.40 0.45 0.50 1.0
11 19 1 20 1 0.34 0.39 0.44 1.0
12 13 1 21 1 0.21 0.26 0.31 1.0
12 15 1 22 1 0.25 0.30 0.35 1.0
12 20 1 23 1 0.38 0.43 0.48 1.0
12 21 1 24 1 0.46 0.51 0.56 1.0
12 16 1 25 1 0.35 0.40 0.45 1.0
12 17 1 26 1 0.45 0.50 0.55 1.0
12 19 1 27 1 0.33 0.38 0.43 1.0
6 13 1 28 1 0.34 0.39 0.44 1.0
6 15 1 29 1 0.47 0.52 0.57 1.0
6 20 1 30 1 0.53 0.58 0.63 1.0
7 13 1 31 1 0.46 0.51 0.56 1.0
5 22 1 32 1 0.47 0.52 0.57 1.0
11 22 1 33 1 0.38 0.43 0.48 1.0
11 24 1 34 1 0.52 0.57 0.62 1.0
12 22 1 35 1 0.44 0.49 0.54 1.0
6 22 1 36 1 0.51 0.56 0.61 1.0
5 39 1 37 1 0.52 0.57 0.62 1.0
5 42 1 38 1 0.51 0.56 0.61 1.0
5 43 1 39 1 0.51 0.56 0.61 1.0
11 39 1 40 1 0.48 0.53 0.58 1.0
11 42 1 41 1 0.53 0.58 0.63 1.0
12 39 1 42 1 0.53 0.58 0.63 1.0
6 39 1 43 1 0.49 0.54 0.59 1.0
6 41 1 44 1 0.51 0.56 0.61 1.0
6 46 1 45 1 0.54 0.59 0.64 1.0
6 42 1 46 1 0.42 0.47 0.52 1.0
6 43 1 47 1 0.44 0.49 0.54 1.0
7 42 1 48 1 0.43 0.48 0.53 1.0
7 43 1 49 1 0.42 0.47 0.52 1.0
8 41 1 50 1 0.54 0.59 0.64 1.0
8 42 1 51 1 0.40 0.45 0.50 1.0
8 43 1 52 1 0.42 0.47 0.52 1.0
9 41 1 53 1 0.50 0.55 0.60 1.0
9 45 1 54 1 0.52 0.57 0.62 1.0
9 46 1 55 1 0.51 0.56 0.61 1.0
9 42 1 56 1 0.37 0.42 0.47 1.0
9 43 1 57 1 0.43 0.48 0.53 1.0
10 42 1 58 1 0.47 0.52 0.57 1.0
10 43 1 59 1 0.46 0.51 0.56 1.0
6 85 1 60 1 0.52 0.57 0.62 1.0
7 85 1 61 1 0.53 0.58 0.63 1.0
8 84 1 62 1 0.51 0.56 0.61 1.0
8 85 1 63 1 0.41 0.46 0.51 1.0
9 65 1 64 1 0.49 0.54 0.59 1.0
9 67 1 65 1 0.49 0.54 0.59 1.0
9 84 1 66 1 0.40 0.45 0.50 1.0
9 85 1 67 1 0.29 0.34 0.39 1.0
9 68 1 68 1 0.49 0.54 0.59 1.0
10 84 1 69 1 0.54 0.59 0.64 1.0
10 85 1 70 1 0.46 0.51 0.56 1.0
10 68 1 71 1 0.52 0.57 0.62 1.0
9 86 1 72 1 0.49 0.54 0.59 1.0
9 88 1 73 1 0.48 0.53 0.58 1.0
9 97 1 74 1 0.53 0.58 0.63 1.0
8 99 1 75 1 0.54 0.59 0.64 1.0
8 102 1 76 1 0.55 0.60 0.65 1.0
8 103 1 77 1 0.53 0.58 0.63 1.0
8 104 1 78 1 0.51 0.56 0.61 1.0
9 99 1 79 1 0.46 0.51 0.56 1.0
9 102 1 80 1 0.53 0.58 0.63 1.0
9 103 1 81 1 0.51 0.56 0.61 1.0
9 104 1 82 1 0.53 0.58 0.63 1.0
10 103 1 83 1 0.50 0.55 0.60 1.0
10 104 1 84 1 0.46 0.51 0.56 1.0
1 111 1 85 1 0.54 0.59 0.64 1.0
1 113 1 86 1 0.49 0.54 0.59 1.0
1 111 1 87 1 0.47 0.52 0.57 1.0
1 112 1 88 1 0.51 0.56 0.61 1.0
1 113 1 89 1 0.45 0.50 0.55 1.0
1 120 1 90 1 0.44 0.49 0.54 1.0
1 121 1 91 1 0.44 0.49 0.54 1.0
1 117 1 92 1 0.51 0.56 0.61 1.0
1 119 1 93 1 0.49 0.54 0.59 1.0
1 120 1 94 1 0.36 0.41 0.46 1.0
1 121 1 95 1 0.36 0.41 0.46 1.0
5 120 1 96 1 0.46 0.51 0.56 1.0
5 121 1 97 1 0.49 0.54 0.59 1.0
11 119 1 98 1 0.52 0.57 0.62 1.0
11 120 1 99 1 0.41 0.46 0.51 1.0
11 121 1 100 1 0.48 0.53 0.58 1.0
12 117 1 101 1 0.53 0.58 0.63 1.0
12 118 1 102 1 0.54 0.59 0.64 1.0
12 119 1 103 1 0.41 0.46 0.51 1.0
12 120 1 104 1 0.31 0.36 0.41 1.0
12 121 1 105 1 0.40 0.45 0.50 1.0
6 120 1 106 1 0.45 0.50 0.55 1.0
6 121 1 107 1 0.48 0.53 0.58 1.0
13 22 1 108 1 0.26 0.31 0.36 1.0
13 24 1 109 1 0.41 0.46 0.51 1.0
13 37 1 110 1 0.47 0.52 0.57 1.0
13 25 1 111 1 0.49 0.54 0.59 1.0
13 26 1 112 1 0.51 0.56 0.61 1.0
13 27 1 113 1 0.48 0.53 0.58 1.0
15 22 1 114 1 0.24 0.29 0.34 1.0
15 24 1 115 1 0.38 0.43 0.48 1.0
15 37 1 116 1 0.47 0.52 0.57 1.0
15 25 1 117 1 0.47 0.52 0.57 1.0
15 26 1 118 1 0.47 0.52 0.57 1.0
15 27 1 119 1 0.46 0.51 0.56 1.0
15 29 1 120 1 0.54 0.59 0.64 1.0
15 31 1 121 1 0.52 0.57 0.62 1.0
20 22 1 122 1 0.13 0.18 0.23 1.0
20 24 1 123 1 0.24 0.29 0.34 1.0
20 37 1 124 1 0.35 0.40 0.45 1.0
20 38 1 125 1 0.47 0.52 0.57 1.0
20 25 1 126 1 0.35 0.40 0.45 1.0
20 26 1 127 1 0.36 0.41 0.46 1.0
20 27 1 128 1 0.39 0.44 0.49 1.0
20 29 1 129 1 0.42 0.47 0.52 1.0
20 31 1 130 1 0.47 0.52 0.57 1.0
20 33 1 131 1 0.50 0.55 0.60 1.0
20 35 1 132 1 0.52 0.57 0.62 1.0
21 22 1 133 1 0.22 0.27 0.32 1.0
21 24 1 134 1 0.27 0.32 0.37 1.0
21 37 1 135 1 0.38 0.43 0.48 1.0
21 38 1 136 1 0.49 0.54 0.59 1.0
21 25 1 137 1 0.38 0.43 0.48 1.0
21 26 1 138 1 0.38 0.43 0.48 1.0
21 27 1 139 1 0.44 0.49 0.54 1.0
21 29 1 140 1 0.40 0.45 0.50 1.0
21 31 1 141 1 0.50 0.55 0.60 1.0
21 33 1 142 1 0.47 0.52 0.57 1.0
21 35 1 143 1 0.52 0.57 0.62 1.0
16 22 1 144 1 0.34 0.39 0.44 1.0
16 24 1 145 1 0.46 0.51 0.56 1.0
16 25 1 146 1 0.52 0.57 0.62 1.0
16 26 1 147 1 0.47 0.52 0.57 1.0
16 27 1 148 1 0.43 0.48 0.53 1.0
16 29 1 149 1 0.53 0.58 0.63 1.0
16 31 1 150 1 0.45 0.50 0.55 1.0
16 33 1 151 1 0.54 0.59 0.64 1.0
16 35 1 152 1 0.51 0.56 0.61 1.0
17 22 1 153 1 0.33 0.38 0.43 1.0
17 24 1 154 1 0.44 0.49 0.54 1.0
17 25 1 155 1 0.45 0.50 0.55 1.0
17 26 1 156 1 0.38 0.43 0.48 1.0
17 27 1 157 1 0.31 0.36 0.41 1.0
17 29 1 158 1 0.45 0.50 0.55 1.0
17 31 1 159 1 0.32 0.37 0.42 1.0
17 33 1 160 1 0.46 0.51 0.56 1.0
17 35 1 161 1 0.40 0.45 0.50 1.0
19 22 1 162 1 0.47 0.52 0.57 1.0
19 27 1 163 1 0.55 0.60 0.65 1.0
13 39 1 164 1 0.42 0.47 0.52 1.0
13 41 1 165 1 0.54 0.59 0.64 1.0
13 42 1 166 1 0.53 0.58 0.63 1.0
13 43 1 167 1 0.53 0.58 0.63 1.0
15 39 1 168 1 0.44 0.49 0.54 1.0
20 39 1 169 1 0.35 0.40 0.45 1.0
20 41 1 170 1 0.49 0.54 0.59 1.0
20 45 1 171 1 0.54 0.59 0.64 1.0
20 46 1 172 1 0.50 0.55 0.60 1.0
21 39 1 173 1 0.40 0.45 0.50 1.0
21 41 1 174 1 0.53 0.58 0.63 1.0
21 46 1 175 1 0.51 0.56 0.61 1.0
13 120 1 176 1 0.52 0.57 0.62 1.0
15 120 1 177 1 0.54 0.59 0.64 1.0
22 39 1 178 1 0.27 0.32 0.37 1.0
22 41 1 179 1 0.41 0.46 0.51 1.0
22 45 1 180 1 0.49 0.54 0.59 1.0
22 46 1 181 1 0.48 0.53 0.58 1.0
22 42 1 182 1 0.47 0.52 0.57 1.0
22 43 1 183 1 0.47 0.52 0.57 1.0
24 39 1 184 1 0.24 0.29 0.34 1.0
24 41 1 185 1 0.38 0.43 0.48 1.0
24 45 1 186 1 0.47 0.52 0.57 1.0
24 46 1 187 1 0.48 0.53 0.58 1.0
24 42 1 188 1 0.47 0.52 0.57 1.0
24 43 1 189 1 0.47 0.52 0.57 1.0
37 39 1 190 1 0.13 0.18 0.23 1.0
37 41 1 191 1 0.24 0.29 0.34 1.0
37 45 1 192 1 0.34 0.39 0.44 1.0
37 46 1 193 1 0.39 0.44 0.49 1.0
37 42 1 194 1 0.35 0.40 0.45 1.0
37 43 1 195 1 0.36 0.41 0.46 1.0
38 39 1 196 1 0.21 0.26 0.31 1.0
38 41 1 197 1 0.25 0.30 0.35 1.0
38 45 1 198 1 0.36 0.41 0.46 1.0
38 46 1 199 1 0.43 0.48 0.53 1.0
38 42 1 200 1 0.37 0.42 0.47 1.0
38 43 1 201 1 0.37 0.42 0.47 1.0
25 39 1 202 1 0.36 0.41 0.46 1.0
25 41 1 203 1 0.48 0.53 0.58 1.0
25 43 1 204 1 0.53 0.58 0.63 1.0
26 39 1 205 1 0.49 0.54 0.59 1.0
37 47 1 206 1 0.43 0.48 0.53 1.0
38 47 1 207 1 0.41 0.46 0.51 1.0
38 49 1 208 1 0.54 0.59 0.64 1.0
38 52 1 209 1 0.55 0.60 0.65 1.0
39 47 1 210 1 0.36 0.41 0.46 1.0
39 49 1 211 1 0.48 0.53 0.58 1.0
39 50 1 212 1 0.54 0.59 0.64 1.0
41 47 1 213 1 0.24 0.29 0.34 1.0
41 49 1 214 1 0.38 0.43 0.48 1.0
41 54 1 215 1 0.48 0.53 0.58 1.0
41 50 1 216 1 0.46 0.51 0.56 1.0
41 51 1 217 1 0.51 0.56 0.61 1.0
41 52 1 218 1 0.48 0.53 0.58 1.0
45 47 1 219 1 0.13 0.18 0.23 1.0
45 49 1 220 1 0.24 0.29 0.34 1.0
45 54 1 221 1 0.36 0.41 0.46 1.0
45 55 1 222 1 0.48 0.53 0.58 1.0
45 50 1 223 1 0.34 0.39 0.44 1.0
45 51 1 224 1 0.41 0.46 0.51 1.0
45 52 1 225 1 0.41 0.46 0.51 1.0
45 53 1 226 1 0.51 0.56 0.61 1.0
46 47 1 227 1 0.22 0.27 0.32 1.0
46 49 1 228 1 0.27 0.32 0.37 1.0
46 54 1 229 1 0.40 0.45 0.50 1.0
46 55 1 230 1 0.50 0.55 0.60 1.0
46 50 1 231 1 0.36 0.41 0.46 1.0
46 51 1 232 1 0.47 0.52 0.57 1.0
46 52 1 233 1 0.49 0.54 0.59 1.0
42 47 1 234 1 0.33 0.38 0.43 1.0
42 49 1 235 1 0.46 0.51 0.56 1.0
42 54 1 236 1 0.52 0.57 0.62 1.0
43 47 1 237 1 0.45 0.50 0.55 1.0
41 56 1 238 1 0.46 0.51 0.56 1.0
45 56 1 239 1 0.37 0.42 0.47 1.0
45 58 1 240 1 0.51 0.56 0.61 1.0
46 56 1 241 1 0.43 0.48 0.53 1.0
42 56 1 242 1 0.46 0.51 0.56 1.0
45 65 1 243 1 0.53 0.58 0.63 1.0
45 85 1 244 1 0.52 0.57 0.62 1.0
46 85 1 245 1 0.50 0.55 0.60 1.0
42 65 1 246 1 0.54 0.59 0.64 1.0
42 85 1 247 1 0.50 0.55 0.60 1.0
45 92 1 248 1 0.50 0.55 0.60 1.0
45 93 1 249 1 0.43 0.48 0.53 1.0
46 91 1 250 1 0.46 0.51 0.56 1.0
46 92 1 251 1 0.40 0.45 0.50 1.0
46 93 1 252 1 0.31 0.36 0.41 1.0
47 56 1 253 1 0.27 0.32 0.37 1.0
47 58 1 254 1 0.41 0.46 0.51 1.0
47 63 1 255 1 0.49 0.54 0.59 1.0
47 59 1 256 1 0.47 0.52 0.57 1.0
47 60 1 257 1 0.48 0.53 0.58 1.0
49 56 1 258 1 0.24 0.29 0.34 1.0
49 58 1 259 1 0.38 0.43 0.48 1.0
49 63 1 260 1 0.46 0.51 0.56 1.0
49 64 1 261 1 0.55 0.60 0.65 1.0
49 59 1 262 1 0.48 0.53 0.58 1.0
49 60 1 263 1 0.50 0.55 0.60 1.0
54 56 1 264 1 0.13 0.18 0.23 1.0
54 58 1 265 1 0.24 0.29 0.34 1.0
54 63 1 266 1 0.32 0.37 0.42 1.0
54 64 1 267 1 0.41 0.46 0.51 1.0
54 59 1 268 1 0.36 0.41 0.46 1.0
54 60 1 269 1 0.40 0.45 0.50 1.0
54 61 1 270 1 0.55 0.60 0.65 1.0
54 62 1 271 1 0.44 0.49 0.54 1.0
55 56 1 272 1 0.21 0.26 0.31 1.0
55 58 1 273 1 0.25 0.30 0.35 1.0
55 63 1 274 1 0.32 0.37 0.42 1.0
55 64 1 275 1 0.37 0.42 0.47 1.0
55 59 1 276 1 0.39 0.44 0.49 1.0
55 60 1 277 1 0.44 0.49 0.54 1.0
55 62 1 278 1 0.44 0.49 0.54 1.0
50 56 1 279 1 0.36 0.41 0.46 1.0
50 58 1 280 1 0.48 0.53 0.58 1.0
51 56 1 281 1 0.38 0.43 0.48 1.0
51 58 1 282 1 0.48 0.53 0.58 1.0
51 59 1 283 1 0.55 0.60 0.65 1.0
51 60 1 284 1 0.50 0.55 0.60 1.0
51 62 1 285 1 0.50 0.55 0.60 1.0
52 56 1 286 1 0.31 0.36 0.41 1.0
52 58 1 287 1 0.40 0.45 0.50 1.0
52 63 1 288 1 0.54 0.59 0.64 1.0
52 59 1 289 1 0.45 0.50 0.55 1.0
52 60 1 290 1 0.38 0.43 0.48 1.0
52 61 1 291 1 0.50 0.55 0.60 1.0
52 62 1 292 1 0.39 0.44 0.49 1.0
53 56 1 293 1 0.50 0.55 0.60 1.0
47 65 1 294 1 0.48 0.53 0.58 1.0
47 85 1 295 1 0.54 0.59 0.64 1.0
49 65 1 296 1 0.46 0.51 0.56 1.0
49 85 1 297 1 0.54 0.59 0.64 1.0
54 65 1 298 1 0.36 0.41 0.46 1.0
54 67 1 299 1 0.49 0.54 0.59 1.0
54 84 1 300 1 0.52 0.57 0.62 1.0
54 85 1 301 1 0.52 0.57 0.62 1.0
55 65 1 302 1 0.39 0.44 0.49 1.0
55 67 1 303 1 0.51 0.56 0.61 1.0
47 92 1 304 1 0.52 0.57 0.62 1.0
47 93 1 305 1 0.47 0.52 0.57 1.0
49 91 1 306 1 0.52 0.57 0.62 1.0
49 92 1 307 1 0.43 0.48 0.53 1.0
49 93 1 308 1 0.41 0.46 0.51 1.0
54 92 1 309 1 0.48 0.53 0.58 1.0
54 93 1 310 1 0.51 0.56 0.61 1.0
55 92 1 311 1 0.51 0.56 0.61 1.0
50 92 1 312 1 0.49 0.54 0.59 1.0
50 93 1 313 1 0.46 0.51 0.56 1.0
56 65 1 314 1 0.28 0.33 0.38 1.0
56 67 1 315 1 0.42 0.47 0.52 1.0
56 84 1 316 1 0.47 0.52 0.57 1.0
56 85 1 317 1 0.48 0.53 0.58 1.0
56 68 1 318 1 0.52 0.57 0.62 1.0
56 69 1 319 1 0.54 0.59 0.64 1.0
56 70 1 320 1 0.52 0.57 0.62 1.0
58 65 1 321 1 0.24 0.29 0.34 1.0
58 67 1 322 1 0.38 0.43 0.48 1.0
58 84 1 323 1 0.48 0.53 0.58 1.0
58 85 1 324 1 0.52 0.57 0.62 1.0
58 68 1 325 1 0.46 0.51 0.56 1.0
58 69 1 326 1 0.46 0.51 0.56 1.0
58 70 1 327 1 0.42 0.47 0.52 1.0
58 72 1 328 1 0.54 0.59 0.64 1.0
58 73 1 329 1 0.49 0.54 0.59 1.0
63 65 1 330 1 0.13 0.18 0.23 1.0
63 67 1 331 1 0.24 0.29 0.34 1.0
63 84 1 332 1 0.36 0.41 0.46 1.0
63 85 1 333 1 0.42 0.47 0.52 1.0
63 68 1 334 1 0.33 0.38 0.43 1.0
63 69 1 335 1 0.34 0.39 0.44 1.0
63 70 1 336 1 0.35 0.40 0.45 1.0
63 72 1 337 1 0.42 0.47 0.52 1.0
63 73 1 338 1 0.43 0.48 0.53 1.0
63 75 1 339 1 0.47 0.52 0.57 1.0
63 76 1 340 1 0.50 0.55 0.60 1.0
64 65 1 341 1 0.22 0.27 0.32 1.0
64 67 1 342 1 0.27 0.32 0.37 1.0
64 84 1 343 1 0.40 0.45 0.50 1.0
64 85 1 344 1 0.49 0.54 0.59 1.0
64 68 1 345 1 0.35 0.40 0.45 1.0
64 69 1 346 1 0.33 0.38 0.43 1.0
64 70 1 347 1 0.36 0.41 0.46 1.0
64 72 1 348 1 0.37 0.42 0.47 1.0
64 73 1 349 1 0.41 0.46 0.51 1.0
64 75 1 350 1 0.42 0.47 0.52 1.0
64 76 1 351 1 0.44 0.49 0.54 1.0
64 78 1 352 1 0.51 0.56 0.61 1.0
64 80 1 353 1 0.52 0.57 0.62 1.0
59 65 1 354 1 0.31 0.36 0.41 1.0
59 67 1 355 1 0.45 0.50 0.55 1.0
59 68 1 356 1 0.48 0.53 0.58 1.0
59 69 1 357 1 0.44 0.49 0.54 1.0
59 70 1 358 1 0.37 0.42 0.47 1.0
59 72 1 359 1 0.54 0.59 0.64 1.0
59 73 1 360 1 0.43 0.48 0.53 1.0
59 75 1 361 1 0.52 0.57 0.62 1.0
60 65 1 362 1 0.46 0.51 0.56 1.0
60 70 1 363 1 0.50 0.55 0.60 1.0
60 73 1 364 1 0.54 0.59 0.64 1.0
61 65 1 365 1 0.55 0.60 0.65 1.0
61 70 1 366 1 0.51 0.56 0.61 1.0
61 73 1 367 1 0.54 0.59 0.64 1.0
62 65 1 368 1 0.54 0.59 0.64 1.0
63 86 1 369 1 0.44 0.49 0.54 1.0
64 86 1 370 1 0.46 0.51 0.56 1.0
65 86 1 371 1 0.35 0.40 0.45 1.0
65 88 1 372 1 0.48 0.53 0.58 1.0
65 90 1 373 1 0.52 0.57 0.62 1.0
65 91 1 374 1 0.55 0.60 0.65 1.0
67 86 1 375 1 0.24 0.29 0.34 1.0
67 88 1 376 1 0.38 0.43 0.48 1.0
67 97 1 377 1 0.47 0.52 0.57 1.0
67 98 1 378 1 0.53 0.58 0.63 1.0
67 89 1 379 1 0.48 0.53 0.58 1.0
67 90 1 380 1 0.48 0.53 0.58 1.0
67 91 1 381 1 0.53 0.58 0.63 1.0
84 86 1 382 1 0.13 0.18 0.23 1.0
84 88 1 383 1 0.24 0.29 0.34 1.0
84 97 1 384 1 0.34 0.39 0.44 1.0
84 98 1 385 1 0.42 0.47 0.52 1.0
84 89 1 386 1 0.35 0.40 0.45 1.0
84 90 1 387 1 0.38 0.43 0.48 1.0
84 91 1 388 1 0.41 0.46 0.51 1.0
84 92 1 389 1 0.50 0.55 0.60 1.0
85 86 1 390 1 0.21 0.26 0.31 1.0
85 88 1 391 1 0.25 0.30 0.35 1.0
85 97 1 392 1 0.35 0.40 0.45 1.0
85 98 1 393 1 0.46 0.51 0.56 1.0
85 89 1 394 1 0.38 0.43 0.48 1.0
85 90 1 395 1 0.39 0.44 0.49 1.0
85 91 1 396 1 0.38 0.43 0.48 1.0
85 92 1 397 1 0.48 0.53 0.58 1.0
85 93 1 398 1 0.53 0.58 0.63 1.0
68 86 1 399 1 0.33 0.38 0.43 1.0
68 88 1 400 1 0.46 0.51 0.56 1.0
68 97 1 401 1 0.50 0.55 0.60 1.0
69 86 1 402 1 0.46 0.51 0.56 1.0
72 86 1 403 1 0.53 0.58 0.63 1.0
76 86 1 404 1 0.52 0.57 0.62 1.0
67 99 1 405 1 0.51 0.56 0.61 1.0
84 99 1 406 1 0.38 0.43 0.48 1.0
84 101 1 407 1 0.51 0.56 0.61 1.0
84 103 1 408 1 0.51 0.56 0.61 1.0
85 99 1 409 1 0.36 0.41 0.46 1.0
85 101 1 410 1 0.50 0.55 0.60 1.0
85 102 1 411 1 0.53 0.58 0.63 1.0
85 103 1 412 1 0.50 0.55 0.60 1.0
68 99 1 413 1 0.52 0.57 0.62 1.0
68 103 1 414 1 0.50 0.55 0.60 1.0
68 105 1 415 1 0.53 0.58 0.63 1.0
85 123 1 416 1 0.55 0.60 0.65 1.0
86 99 1 417 1 0.33 0.38 0.43 1.0
86 101 1 418 1 0.46 0.51 0.56 1.0
86 102 1 419 1 0.53 0.58 0.63 1.0
86 103 1 420 1 0.51 0.56 0.61 1.0
86 105 1 421 1 0.54 0.59 0.64 1.0
88 99 1 422 1 0.24 0.29 0.34 1.0
88 101 1 423 1 0.38 0.43 0.48 1.0
88 106 1 424 1 0.46 0.51 0.56 1.0
88 107 1 425 1 0.53 0.58 0.63 1.0
88 102 1 426 1 0.48 0.53 0.58 1.0
88 103 1 427 1 0.50 0.55 0.60 1.0
88 105 1 428 1 0.55 0.60 0.65 1.0
97 99 1 429 1 0.13 0.18 0.23 1.0
97 101 1 430 1 0.24 0.29 0.34 1.0
97 106 1 431 1 0.33 0.38 0.43 1.0
97 107 1 432 1 0.39 0.44 0.49 1.0
97 102 1 433 1 0.36 0.41 0.46 1.0
97 103 1 434 1 0.40 0.45 0.50 1.0
97 104 1 435 1 0.54 0.59 0.64 1.0
97 105 1 436 1 0.43 0.48 0.53 1.0
98 99 1 437 1 0.22 0.27 0.32 1.0
98 101 1 438 1 0.27 0.32 0.37 1.0
98 106 1 439 1 0.35 0.40 0.45 1.0
98 107 1 440 1 0.38 0.43 0.48 1.0
98 102 1 441 1 0.40 0.45 0.50 1.0
98 103 1 442 1 0.44 0.49 0.54 1.0
98 105 1 443 1 0.43 0.48 0.53 1.0
89 99 1 444 1 0.36 0.41 0.46 1.0
89 101 1 445 1 0.48 0.53 0.58 1.0
89 106 1 446 1 0.53 0.58 0.63 1.0
90 99 1 447 1 0.49 0.54 0.59 1.0
91 99 1 448 1 0.51 0.56 0.61 1.0
88 108 1 449 1 0.51 0.56 0.61 1.0
97 108 1 450 1 0.40 0.45 0.50 1.0
97 110 1 451 1 0.52 0.57 0.62 1.0
97 115 1 452 1 0.52 0.57 0.62 1.0
98 108 1 453 1 0.45 0.50 0.55 1.0
86 123 1 454 1 0.52 0.57 0.62 1.0
88 122 1 455 1 0.50 0.55 0.60 1.0
88 123 1 456 1 0.38 0.43 0.48 1.0
97 117 1 457 1 0.54 0.59 0.64 1.0
97 122 1 458 1 0.51 0.56 0.61 1.0
97 123 1 459 1 0.39 0.44 0.49 1.0
98 123 1 460 1 0.44 0.49 0.54 1.0
89 122 1 461 1 0.46 0.51 0.56 1.0
89 123 1 462 1 0.34 0.39 0.44 1.0
90 122 1 463 1 0.50 0.55 0.60 1.0
90 123 1 464 1 0.40 0.45 0.50 1.0
91 122 1 465 1 0.45 0.50 0.55 1.0
91 123 1 466 1 0.36 0.41 0.46 1.0
91 120 1 467 1 0.55 0.60 0.65 1.0
92 123 1 468 1 0.48 0.53 0.58 1.0
93 123 1 469 1 0.52 0.57 0.62 1.0
88 126 1 470 1 0.54 0.59 0.64 1.0
88 132 1 471 1 0.53 0.58 0.63 1.0
89 124 1 472 1 0.49 0.54 0.59 1.0
89 126 1 473 1 0.43 0.48 0.53 1.0
89 132 1 474 1 0.41 0.46 0.51 1.0
89 133 1 475 1 0.46 0.51 0.56 1.0
89 127 1 476 1 0.55 0.60 0.65 1.0
90 124 1 477 1 0.53 0.58 0.63 1.0
90 126 1 478 1 0.44 0.49 0.54 1.0
90 132 1 479 1 0.37 0.42 0.47 1.0
90 133 1 480 1 0.41 0.46 0.51 1.0
91 124 1 481 1 0.48 0.53 0.58 1.0
91 126 1 482 1 0.43 0.48 0.53 1.0
91 132 1 483 1 0.33 0.38 0.43 1.0
91 133 1 484 1 0.32 0.37 0.42 1.0
92 126 1 485 1 0.51 0.56 0.61 1.0
92 132 1 486 1 0.38 0.43 0.48 1.0
92 133 1 487 1 0.34 0.39 0.44 1.0
93 132 1 488 1 0.42 0.47 0.52 1.0
93 133 1 489 1 0.34 0.39 0.44 1.0
88 134 1 490 1 0.54 0.59 0.64 1.0
88 137 1 491 1 0.53 0.58 0.63 1.0
89 134 1 492 1 0.40 0.45 0.50 1.0
89 136 1 493 1 0.45 0.50 0.55 1.0
89 137 1 494 1 0.41 0.46 0.51 1.0
89 138 1 495 1 0.45 0.50 0.55 1.0
89 139 1 496 1 0.49 0.54 0.59 1.0
89 140 1 497 1 0.49 0.54 0.59 1.0
90 134 1 498 1 0.33 0.38 0.43 1.0
90 136 1 499 1 0.34 0.39 0.44 1.0
90 143 1 500 1 0.49 0.54 0.59 1.0
90 137 1 501 1 0.28 0.33 0.38 1.0
90 138 1 502 1 0.34 0.39 0.44 1.0
90 139 1 503 1 0.41 0.46 0.51 1.0
90 140 1 504 1 0.39 0.44 0.49 1.0
91 134 1 505 1 0.33 0.38 0.43 1.0
91 136 1 506 1 0.32 0.37 0.42 1.0
91 143 1 507 1 0.47 0.52 0.57 1.0
91 137 1 508 1 0.30 0.35 0.40 1.0
91 138 1 509 1 0.42 0.47 0.52 1.0
91 139 1 510 1 0.49 0.54 0.59 1.0
91 140 1 511 1 0.48 0.53 0.58 1.0
92 134 1 512 1 0.35 0.40 0.45 1.0
92 136 1 513 1 0.27 0.32 0.37 1.0
92 143 1 514 1 0.40 0.45 0.50 1.0
92 137 1 515 1 0.25 0.30 0.35 1.0
92 138 1 516 1 0.39 0.44 0.49 1.0
92 139 1 517 1 0.48 0.53 0.58 1.0
92 140 1 518 1 0.45 0.50 0.55 1.0
92 140 1 519 1 0.51 0.56 0.61 1.0
93 134 1 520 1 0.43 0.48 0.53 1.0
93 136 1 521 1 0.35 0.40 0.45 1.0
93 143 1 522 1 0.45 0.50 0.55 1.0
93 137 1 523 1 0.37 0.42 0.47 1.0
93 138 1 524 1 0.52 0.57 0.62 1.0
99 108 1 525 1 0.30 0.35 0.40 1.0
99 110 1 526 1 0.43 0.48 0.53 1.0
99 115 1 527 1 0.46 0.51 0.56 1.0
99 116 1 528 1 0.52 0.57 0.62 1.0
99 111 1 529 1 0.53 0.58 0.63 1.0
101 108 1 530 1 0.24 0.29 0.34 1.0
101 110 1 531 1 0.38 0.43 0.48 1.0
101 115 1 532 1 0.45 0.50 0.55 1.0
101 116 1 533 1 0.50 0.55 0.60 1.0
101 111 1 534 1 0.49 0.54 0.59 1.0
101 112 1 535 1 0.52 0.57 0.62 1.0
106 108 1 536 1 0.13 0.18 0.23 1.0
106 110 1 537 1 0.24 0.29 0.34 1.0
106 115 1 538 1 0.31 0.36 0.41 1.0
106 116 1 539 1 0.36 0.41 0.46 1.0
106 111 1 540 1 0.37 0.42 0.47 1.0
106 112 1 541 1 0.42 0.47 0.52 1.0
106 114 1 542 1 0.46 0.51 0.56 1.0
107 108 1 543 1 0.21 0.26 0.31 1.0
107 110 1 544 1 0.25 0.30 0.35 1.0
107 115 1 545 1 0.30 0.35 0.40 1.0
107 116 1 546 1 0.31 0.36 0.41 1.0
107 111 1 547 1 0.40 0.45 0.50 1.0
107 112 1 548 1 0.46 0.51 0.56 1.0
107 114 1 549 1 0.47 0.52 0.57 1.0
102 108 1 550 1 0.29 0.34 0.39 1.0
102 110 1 551 1 0.43 0.48 0.53 1.0
102 115 1 552 1 0.53 0.58 0.63 1.0
102 111 1 553 1 0.49 0.54 0.59 1.0
102 112 1 554 1 0.48 0.53 0.58 1.0
102 114 1 555 1 0.54 0.59 0.64 1.0
103 108 1 556 1 0.44 0.49 0.54 1.0
104 108 1 557 1 0.52 0.57 0.62 1.0
105 108 1 558 1 0.52 0.57 0.62 1.0
99 117 1 559 1 0.48 0.53 0.58 1.0
99 122 1 560 1 0.51 0.56 0.61 1.0
99 123 1 561 1 0.41 0.46 0.51 1.0
99 121 1 562 1 0.49 0.54 0.59 1.0
101 117 1 563 1 0.50 0.55 0.60 1.0
101 123 1 564 1 0.49 0.54 0.59 1.0
101 121 1 565 1 0.52 0.57 0.62 1.0
106 117 1 566 1 0.39 0.44 0.49 1.0
106 118 1 567 1 0.51 0.56 0.61 1.0
106 122 1 568 1 0.49 0.54 0.59 1.0
106 123 1 569 1 0.44 0.49 0.54 1.0
106 121 1 570 1 0.44 0.49 0.54 1.0
107 117 1 571 1 0.41 0.46 0.51 1.0
107 118 1 572 1 0.51 0.56 0.61 1.0
107 122 1 573 1 0.50 0.55 0.60 1.0
107 123 1 574 1 0.46 0.51 0.56 1.0
107 121 1 575 1 0.49 0.54 0.59 1.0
108 117 1 576 1 0.31 0.36 0.41 1.0
108 118 1 577 1 0.44 0.49 0.54 1.0
108 122 1 578 1 0.46 0.51 0.56 1.0
108 123 1 579 1 0.43 0.48 0.53 1.0
108 119 1 580 1 0.52 0.57 0.62 1.0
108 120 1 581 1 0.46 0.51 0.56 1.0
108 121 1 582 1 0.33 0.38 0.43 1.0
110 117 1 583 1 0.24 0.29 0.34 1.0
110 118 1 584 1 0.38 0.43 0.48 1.0
110 122 1 585 1 0.44 0.49 0.54 1.0
110 123 1 586 1 0.45 0.50 0.55 1.0
110 119 1 587 1 0.48 0.53 0.58 1.0
110 120 1 588 1 0.44 0.49 0.54 1.0
110 121 1 589 1 0.30 0.35 0.40 1.0
115 117 1 590 1 0.13 0.18 0.23 1.0
115 118 1 591 1 0.24 0.29 0.34 1.0
115 122 1 592 1 0.31 0.36 0.41 1.0
115 123 1 593 1 0.34 0.39 0.44 1.0
115 119 1 594 1 0.36 0.41 0.46 1.0
115 120 1 595 1 0.36 0.41 0.46 1.0
115 121 1 596 1 0.26 0.31 0.36 1.0
116 117 1 597 1 0.22 0.27 0.32 1.0
116 118 1 598 1 0.27 0.32 0.37 1.0
116 122 1 599 1 0.30 0.35 0.40 1.0
116 123 1 600 1 0.35 0.40 0.45 1.0
116 119 1 601 1 0.41 0.46 0.51 1.0
116 120 1 602 1 0.45 0.50 0.55 1.0
116 121 1 603 1 0.37 0.42 0.47 1.0
111 117 1 604 1 0.28 0.33 0.38 1.0
111 118 1 605 1 0.42 0.47 0.52 1.0
111 122 1 606 1 0.52 0.57 0.62 1.0
111 123 1 607 1 0.54 0.59 0.64 1.0
111 119 1 608 1 0.48 0.53 0.58 1.0
111 120 1 609 1 0.42 0.47 0.52 1.0
111 121 1 610 1 0.27 0.32 0.37 1.0
112 117 1 611 1 0.43 0.48 0.53 1.0
112 120 1 612 1 0.55 0.60 0.65 1.0
112 121 1 613 1 0.40 0.45 0.50 1.0
113 117 1 614 1 0.51 0.56 0.61 1.0
113 121 1 615 1 0.45 0.50 0.55 1.0
114 117 1 616 1 0.52 0.57 0.62 1.0
114 121 1 617 1 0.52 0.57 0.62 1.0
115 124 1 618 1 0.41 0.46 0.51 1.0
115 126 1 619 1 0.51 0.56 0.61 1.0
116 124 1 620 1 0.37 0.42 0.47 1.0
116 126 1 621 1 0.47 0.52 0.57 1.0
116 127 1 622 1 0.54 0.59 0.64 1.0
116 128 1 623 1 0.50 0.55 0.60 1.0
117 124 1 624 1 0.36 0.41 0.46 1.0
117 126 1 625 1 0.48 0.53 0.58 1.0
117 133 1 626 1 0.53 0.58 0.63 1.0
118 124 1 627 1 0.24 0.29 0.34 1.0
118 126 1 628 1 0.38 0.43 0.48 1.0
118 132 1 629 1 0.45 0.50 0.55 1.0
118 133 1 630 1 0.42 0.47 0.52 1.0
118 127 1 631 1 0.49 0.54 0.59 1.0
118 128 1 632 1 0.51 0.56 0.61 1.0
122 124 1 633 1 0.13 0.18 0.23 1.0
122 126 1 634 1 0.24 0.29 0.34 1.0
122 132 1 635 1 0.31 0.36 0.41 1.0
122 133 1 636 1 0.31 0.36 0.41 1.0
122 127 1 637 1 0.37 0.42 0.47 1.0
122 128 1 638 1 0.41 0.46 0.51 1.0
123 124 1 639 1 0.21 0.26 0.31 1.0
123 126 1 640 1 0.25 0.30 0.35 1.0
123 132 1 641 1 0.30 0.35 0.40 1.0
123 133 1 642 1 0.32 0.37 0.42 1.0
123 127 1 643 1 0.40 0.45 0.50 1.0
123 128 1 644 1 0.45 0.50 0.55 1.0
119 124 1 645 1 0.33 0.38 0.43 1.0
119 126 1 646 1 0.46 0.51 0.56 1.0
119 132 1 647 1 0.48 0.53 0.58 1.0
119 133 1 648 1 0.42 0.47 0.52 1.0
120 124 1 649 1 0.43 0.48 0.53 1.0
120 126 1 650 1 0.54 0.59 0.64 1.0
120 133 1 651 1 0.48 0.53 0.58 1.0
121 124 1 652 1 0.47 0.52 0.57 1.0
122 134 1 653 1 0.43 0.48 0.53 1.0
122 136 1 654 1 0.54 0.59 0.64 1.0
123 134 1 655 1 0.40 0.45 0.50 1.0
123 136 1 656 1 0.50 0.55 0.60 1.0
124 134 1 657 1 0.37 0.42 0.47 1.0
124 136 1 658 1 0.49 0.54 0.59 1.0
126 134 1 659 1 0.24 0.29 0.34 1.0
126 136 1 660 1 0.38 0.43 0.48 1.0
126 143 1 661 1 0.46 0.51 0.56 1.0
126 137 1 662 1 0.48 0.53 0.58 1.0
126 138 1 663 1 0.52 0.57 0.62 1.0
126 139 1 664 1 0.47 0.52 0.57 1.0
126 139 1 665 1 0.45 0.50 0.55 1.0
132 134 1 666 1 0.13 0.18 0.23 1.0
132 136 1 667 1 0.24 0.29 0.34 1.0
132 143 1 668 1 0.34 0.39 0.44 1.0
132 137 1 669 1 0.36 0.41 0.46 1.0
132 138 1 670 1 0.43 0.48 0.53 1.0
132 139 1 671 1 0.41 0.46 0.51 1.0
132 140 1 672 1 0.55 0.60 0.65 1.0
132 140 1 673 1 0.35 0.40 0.45 1.0
133 134 1 674 1 0.22 0.27 0.32 1.0
133 136 1 675 1 0.27 0.32 0.37 1.0
133 143 1 676 1 0.36 0.41 0.46 1.0
133 137 1 677 1 0.39 0.44 0.49 1.0
133 138 1 678 1 0.49 0.54 0.59 1.0
133 139 1 679 1 0.49 0.54 0.59 1.0
133 139 1 680 1 0.40 0.45 0.50 1.0
127 134 1 681 1 0.30 0.35 0.40 1.0
127 136 1 682 1 0.43 0.48 0.53 1.0
127 143 1 683 1 0.47 0.52 0.57 1.0
127 137 1 684 1 0.54 0.59 0.64 1.0
127 138 1 685 1 0.55 0.60 0.65 1.0
127 139 1 686 1 0.47 0.52 0.57 1.0
127 139 1 687 1 0.41 0.46 0.51 1.0
128 134 1 688 1 0.44 0.49 0.54 1.0
128 134 1 689 1 0.55 0.60 0.65 1.0
129 134 1 690 1 0.53 0.58 0.63 1.0
130 134 1 691 1 0.55 0.60 0.65 1.0
130 134 1 692 1 0.54 0.59 0.64 1.0
>From the mailing list archives, it seems that the distance I want to
restrain the atoms to should be in the low column while the up1 and up2
values are being arbitrarily assigned. I have run several simulations with
different up1 and up2 values and in this case, up1 is +0.05 and up2 +0.10.
However, none of the simulations have been able to change the conformation
of the peptide fragment to the desired form. So, it seems that my distance
restraints aren't working properly.
I'm using the GROMOS force field and the spc water model. I'm also running
the parallelized version of mdrun.
Does anyone have any suggestions/comments?
Thanks for your help in advance!
Maria
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list