[gmx-users] Re: Binary mixture

[Justin A. Lemkul]

Abhishek Banerjee wrote:
> Hi all,
>                  Thanks a lot for your reply. Actually I will tell you 
> the problem. I want a binary mixture of DMF and methanol. Then I want to 
> study the self diffusion coefficient as function of mole fraction of ant 
> of the component. Now I got a reference about DMF. They used CS2 model 
> with six interaction sites of DMF. So I took all the parameters and 
> wrote a separate itp file.
> #ifdef _FF_OPLS
> [ atomtypes ]
> ;type    mass    charge       ptype          sigma          epsilon
>  CH3     15.0350   0.280        A            3.80000e-01    8.00000e+01
>   N      14.0067  -0.570        A            3.20000e-01    8.00000e+01
>   C      12.0110   0.570        A            3.70000e-01    5.00000e+01
>   O      15.9994  -0.500        A            2.96000e-01    1.00000e+02
>   H       1.0008   0.060        A            2.20000e-01    8.00000e+00
> #endif
> [ moleculetype ]
> ; Name nrexcl
> DMF      3
> #ifdef _FF_OPLS
> [ atoms ]
> ;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge
>      1       CH3     1  DMF      C1     1    0.280
>      2         N     1  DMF       N     1   -0.570
>      3       CH3     1  DMF      C2     1    0.280
>      4         C     1  DMF       C     1    0.570
>      5         O     1  DMF       O     1   -0.500
>      6         H     1  DMF       H     1    0.060
> #endif
> 
> "dmf.itp" 42L, 1288C
> 
> Now my question is how do i make a solvent box of DMF with this itp 
> file. Plz help

An .itp file contains parameters, not coordinates, so you cannot use it to 
create your box.  You need a coordinate file.  Aside from that, I gave you some 
ideas about the commands you need to generate a mixture using genbox in the last 
post.

-Justin

> thanx
> abhishek
> 
> 
> 
> 
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Justin A. Lemkul
Ph.D. Candidate
ICTAS Doctoral Scholar
Department of Biochemistry
Virginia Tech
Blacksburg, VA
jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin

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