[gmx-users] Re: Binary mixture
Justin A. Lemkul
jalemkul at vt.edu
Tue Sep 1 15:50:18 CEST 2009
Abhishek Banerjee wrote:
> hi,
> Actually I checked what you told me to do. I used genbox -ci
> DMF.pdb -box 10 10 10 -nmol 100. Then I am getting a random box. I am
You are specifying a 10-nm cubic box (1000 nm^3 volume), so certainly 100
molecules will not fill it.
-Justin
> sending u the screenshots of it. PDB i got from PRODRG server. Thanx for
> you help.
> Thanks
> abhishek
>
> --- On *Tue, 1/9/09, Justin A. Lemkul /<jalemkul at vt.edu>/* wrote:
>
>
> From: Justin A. Lemkul <jalemkul at vt.edu>
> Subject: Re: Binary mixture
> To: "Abhishek Banerjee" <a.banerjee at ymail.com>
> Cc: gmx-users at gromacs.org
> Date: Tuesday, 1 September, 2009, 12:54 PM
>
>
>
> Abhishek Banerjee wrote:
> > Hi all,
> > Thanks a lot for your reply. Actually I will
> tell you the problem. I want a binary mixture of DMF and methanol.
> Then I want to study the self diffusion coefficient as function of
> mole fraction of ant of the component. Now I got a reference about
> DMF. They used CS2 model with six interaction sites of DMF. So I
> took all the parameters and wrote a separate itp file.
> > #ifdef _FF_OPLS
> > [ atomtypes ]
> > ;type mass charge ptype sigma epsilon
> > CH3 15.0350 0.280 A 3.80000e-01
> 8.00000e+01
> > N 14.0067 -0.570 A 3.20000e-01
> 8.00000e+01
> > C 12.0110 0.570 A 3.70000e-01
> 5.00000e+01
> > O 15.9994 -0.500 A 2.96000e-01
> 1.00000e+02
> > H 1.0008 0.060 A 2.20000e-01
> 8.00000e+00
> > #endif
> > [ moleculetype ]
> > ; Name nrexcl
> > DMF 3
> > #ifdef _FF_OPLS
> > [ atoms ]
> > ; nr type resnr resid atom cgnr charge
> > 1 CH3 1 DMF C1 1 0.280
> > 2 N 1 DMF N 1 -0.570
> > 3 CH3 1 DMF C2 1 0.280
> > 4 C 1 DMF C 1 0.570
> > 5 O 1 DMF O 1 -0.500
> > 6 H 1 DMF H 1 0.060
> > #endif
> >
> > "dmf.itp" 42L, 1288C
> >
> > Now my question is how do i make a solvent box of DMF with this
> itp file. Plz help
>
> An .itp file contains parameters, not coordinates, so you cannot use
> it to create your box. You need a coordinate file. Aside from
> that, I gave you some ideas about the commands you need to generate
> a mixture using genbox in the last post.
>
> -Justin
>
> > thanx
> > abhishek
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
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> Justin A. Lemkul
> Ph.D. Candidate
> ICTAS Doctoral Scholar
> Department of Biochemistry
> Virginia Tech
> Blacksburg, VA
> jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080
> http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin
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Justin A. Lemkul
Ph.D. Candidate
ICTAS Doctoral Scholar
Department of Biochemistry
Virginia Tech
Blacksburg, VA
jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin
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