[gmx-users] Gromacs 4.0.4 - Pull.pdo File

[Berk Hess]

Unfortunately the manual was made before these lines where removed
from the mdrun help text.

Berk

Date: Wed, 2 Sep 2009 12:40:23 -0400
Subject: Re: [gmx-users] Gromacs 4.0.4 - Pull.pdo File
From: vhariharan2.gromacs at gmail.com
To: gmx-users at gromacs.org

Hello,

Thanks for the info.á The information on page 280 of the GROMACS v4 manual making reference to the -pi -po -pd -pn options is what mislead me.á Thanks again!

--Venk

On Wed, Sep 2, 2009 at 9:50 AM, aherz <alexander.herz at mytum.de> wrote:

Hi,



in gromacs 4 the pulling commands are part of the mdp file so copy the

contents of your ppa file into your mdp file.



Alex



V Hariharan schrieb:

> Hello,

>

> My .mdp file, .ppa file and mdrun command are provided below. áAfter

> running a constraint simulation, I am not getting a .pdo file output

> with the forces between two groups I've specified in my .ppa file. áI

> have set a value for nstfout in the .mdp file (as shown), and used the

> -pd option in the mdrun command. áAnything I'm not seeing/doing

> correctly? Since I've already run the simulation without getting a

> .pdo output, is there any command to extract that data without

> re-reunning the simulation? áAll suggestions are appreciated! Thanks.

>

>

>

> *.MDP FILE*

>

> title á á á á á á= MD Simulation

> cpp á á á á á á= /lib/cpp

> constraints á á á á= none

> integrator á á á á= md

> dt á á á á á á= 0.002

> nsteps á á á á á á= 50000

> nstcomm á á á á á á=

> nstxout á á á á á á= 200

> nstxtcout á á á á= 200

> nstvout á á á á á á= 0

> nstfout á á á á á á= 1

> nstlist á á á á á á= 10

> ns_type á á á á á á= grid

> rlist á á á á á á= 1.0

> coulombtype á á á á= PME

> rcoulomb á á á á=

> vdwtype á á á á á á= cut-off

> rvdw á á á á á á=

> fourierspacing á á á á=

> fourier_nx á á á á=

> fourier_ny á á á á=

> fourier_nz á á á á=

> pme_order á á á á=

> ewald_rtol á á á á=

> optimize_fft á á á á= yes

> pbc á á á á á á= xyz

>

> ; Berendsen Temperature Coupling

> tcoupl á á á á á á= berendsen

> tc-grps á á á á á á= protein non-protein

> tau_t á á á á á á= 0.1 0.1

> ref_t á á á á á á= 300 300

>

> ; Parinello-Rahman Pressure Coupling

> pcoupl á á á á á á= Parrinello-Rahman

> pcoupltype á á á á= isotropic

> tau_p á á á á á á= 1.0

> compressibility á á á á= 4.5e-5

> ref_p á á á á á á= 1.0

>

> ; Generate Velocities

> gen_vel á á á á á á= yes

> gen_temp á á á á= 300.0

> gen_seed á á á á= 173529

>

> *.PPA FILE*

>

> title á á á á á á= Pull Parameters for 3BPAdelDAL

> pull á á á á á á= constraint

> pull_geometry á á á á= distance

> pull_dim á á á á= Y Y Y

> pull_group0 á á á á= CTerminus

> pull_group1 á á á á= NTerminus

>

> *MDRUN COMMAND*

>

> mdrun -s md.tpr -pi pull.ppa -pn index.ndx -x md_traj.xtc -po

> kifpull.ppa -pd pull.pdo -o md.trr -c kif_md.pdb -e md.edr -g md.log

> ------------------------------------------------------------------------

>

> _______________________________________________

> gmx-users mailing list á ágmx-users at gromacs.org

> http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users

> Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!

> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the

> www interface or send it to gmx-users-request at gromacs.org.

> Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php



_______________________________________________

gmx-users mailing list á ágmx-users at gromacs.org

http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users

Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the

www interface or send it to gmx-users-request at gromacs.org.

Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php



_________________________________________________________________
Express yourself instantly with MSN Messenger! Download today it's FREE!
http://messenger.msn.click-url.com/go/onm00200471ave/direct/01/
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/attachments/20090902/be9c4dbf/attachment.html>