[gmx-users] 64-bit gromacs-4.0.7 for Mac OSX
J. Rui Rodrigues
joaquim.rodrigues at estg.ipleiria.pt
Wed Apr 28 21:22:51 CEST 2010
Hi,
So, there is something going wrong here...
My machine: Mac OS X 10.5.8 with 2 x 3.2 GHz Quad-Core Intel Xeon
--> Compilation of gromacs against fftw3 libs installed with fink (installed in /sw/; no 64-bit libs) goes fine, but results in 32-bit binaries:
tar xvzf gromacs-4.0.7.tar.gz ; cd gromacs-4.0.7
./configure CPPFLAGS=-I/sw/include LDFLAGS=-L/sw/lib --prefix=/usr/local/gromacs407 --program-suffix=407
make
sudo make install
file /usr/local/gromacs407/bin/grompp407
/usr/local/gromacs407/bin/grompp407: Mach-O executable i386
After removing the gromacs-4.0.7 folder and also /usr/local/gromacs407, I tried to compile gromacs against 64-bit fftw libs:
--> Compilation of fftw3 64bit (installed in /usr/local/):
tar xvzf fftw-3.2.2.tar.gz; cd fftw-3.2.2
./configure --enable-float CFLAGS=-m64
make
sudo make install
--> Compilation of gromacs against 64-bit fftw libs
tar xvzf gromacs-4.0.7.tar.gz ; cd gromacs-4.0.7
./configure CPPFLAGS=-I/usr/local/include LDFLAGS=-L/usr/local/lib --prefix=/usr/local/gromacs407 --program-suffix=407
make
This gives an error (see below). I don't see what I am doing wrong.
Please note that compilation of gromacs-4.0.5 against these 64bit fftw libs is OK.
Do you have any suggestion?
Thanks for your time,
Rui Rodrigues
Output from make:
=================
(...)
/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=link cc -O3 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused -funroll-all-loops -L/usr/local/lib -
framework Accelerate -o grompp grompp.o libgmxpreprocess.la ../mdlib/libmd.la ../gmxlib/libgmx.la -lxml2 -L/usr/X11/lib -lfftw3f -lm -lSM -lICE -lX11
cc -O3 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused -funroll-all-loops -framework Accelerate -o grompp grompp.o -L/usr/local/lib
./.libs/libgmxpreprocess.a -L/usr/X11/lib ../mdlib/.libs/libmd.a /Users/jrui/Desktop/gromacs-4.0.7/src/gmxlib/.libs/libgmx.a ../gmxlib/.libs/libgmx.a
/usr/lib/libxml2.dylib -lpthread -lz -licucore /usr/local/lib/libfftw3f.a -lm /usr/X11/lib/libSM.6.dylib /usr/X11/lib/libICE.6.dylib /usr/X11/lib/libX11.6.dylib
/usr/X11/lib/libXau.6.dylib /usr/X11/lib/libXdmcp.6.dylib
ld warning: in /usr/local/lib/libfftw3f.a, file is not of required architecture
Undefined symbols:
"_fftwf_execute_dft", referenced from:
_gmx_fft_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_free", referenced from:
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_execute_dft_c2r", referenced from:
_gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_1d", referenced from:
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_2d", referenced from:
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_3d", referenced from:
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_execute_dft_r2c", referenced from:
_gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_r2c_1d", referenced from:
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_r2c_2d", referenced from:
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_r2c_3d", referenced from:
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_c2r_1d", referenced from:
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_c2r_2d", referenced from:
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_c2r_3d", referenced from:
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_malloc", referenced from:
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_destroy_plan", referenced from:
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
ld: symbol(s) not found
collect2: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [grompp] Error 1
make[2]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: *** [all] Error 2
make: *** [all-recursive] Error 1
On Wed, 28 Apr 2010 13:35:31 -0400, Justin A. Lemkul wrote
> J. Rui Rodrigues wrote:
> > Dear all,
> >
> > With gromacs-4.0.5, one had the possibility to compile a 64-bit version of gromacs for Mac OS X using configure --
> > enable-apple-64bit. This was even suggested by configure to improve performance.
> > With gromacs-4.0.7, the option --enable-apple-64bit of configure has disappeared and configure no longer
> > suggests to compile in 64-bit. Is this no longer recommended for Mac OSX?
>
> This feature is auto-detected in version 4.0.7:
>
> http://www.gromacs.org/About_Gromacs/Release_Notes/Revisions_in_4.0
>
> -Justin
>
> >
> > Thanks for your time,
> > Rui Rodrigues
> >
> >
>
> --
> ========================================
>
> Justin A. Lemkul
> Ph.D. Candidate
> ICTAS Doctoral Scholar
> MILES-IGERT Trainee
> Department of Biochemistry
> Virginia Tech
> Blacksburg, VA
> jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080
> http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin
>
> ========================================
> --
> gmx-users mailing list gmx-users at gromacs.org
> http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
> Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
> www interface or send it to gmx-users-request at gromacs.org.
> Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
--
Webmail ESTG de Leiria (http://webmail.estg.ipleiria.pt)
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list