[gmx-users] Compiling problems on MacOS X 10.6.4

[Patargias, George]

Hi 

I m trying to compile the gmx development version (from git) on MacOX (Darwin kernel)

The configure is successful but after I enter make and after lots of output I get the following:

ld: warning: in /opt/local/lib/libxml2.a, file was built for unsupported file format which is not the architecture being linked (i386)
ld: warning: in /opt/local/lib/libz.dylib, file was built for unsupported file format which is not the architecture being linked (i386)
ld: warning: in /opt/local/lib/libfftw3f.a, file was built for unsupported file format which is not the architecture being linked (i386)
ld: warning: in /opt/local/lib/libX11.dylib, file was built for unsupported file format which is not the architecture being linked (i386)
ld: warning: in /opt/local/lib/libXau.dylib, file was built for unsupported file format which is not the architecture being linked (i386)
ld: warning: in /opt/local/lib/libXdmcp.dylib, file was built for unsupported file format which is not the architecture being linked (i386)
Undefined symbols:
  "_fftwf_plan_many_dft_r2c", referenced from:
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_plan_dft_r2c_2d", referenced from:
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_plan_dft_r2c_3d", referenced from:
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_malloc", referenced from:
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_execute_dft_c2r", referenced from:
      _gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_free", referenced from:
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_execute_dft_r2c", referenced from:
      _gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_execute", referenced from:
      _fft5d_execute in libmd.a(fft5d.o)
  "_fftwf_plan_dft_c2r_2d", referenced from:
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_plan_dft_c2r_3d", referenced from:
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_destroy_plan", referenced from:
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_plan_many_dft", referenced from:
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_plan_guru_dft", referenced from:
      _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.o)
  "_fftwf_execute_dft", referenced from:
      _gmx_fft_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_plan_guru_dft_c2r", referenced from:
      _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.o)
  "_fftwf_plan_dft_2d", referenced from:
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_plan_dft_3d", referenced from:
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
  "_fftwf_plan_guru_dft_r2c", referenced from:
      _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.o)
  "_fftwf_plan_many_dft_c2r", referenced from:
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
ld: symbol(s) not found
collect2: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [grompp] Error 1
make[2]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: *** [all] Error 2
make: *** [all-recursive] Error 1

Any ideas what is going on? 
Thanks

George