[gmx-users] g_hbond / hbmap.xpm file

[shahab shariati]

Dear Erik and Justin

Thanks for your time and attention.

My xpm file is following state:

/* XPM
*/

/* Generated by g_hbond
*/

/* This file can be converted to EPS by the GROMACS program xpm2ps
*/
/* title:   "Hydrogen Bond Existence Map"
*/

/* legend:  "Hydrogen Bonds"
*/

/* x-label: "Time (ps)"
*/

/* y-label: "Hydrogen Bond Index"
*/

/* type:    "Discrete"
*/

static char *gromacs_xpm[] =
{

"126 40   4
1",

"   c #FFFFFF " /* "None"
*/,

"o  c #FF0000 " /* "Present"
*/,

"-  c #0000FF " /* "Inserted"
*/,

"*  c #FF00FF " /* "Present & Inserted"
*/,

/* x-axis:  19500 19504 19508 19512 19516 19520 19524 19528 19532 19536
19540 19544 19548 19552 19556 19560 19564 19568
/* y-axis:  0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24
25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 0 */
"                   o
o                                                                     ",
"ooooooooooooooo ooo ooooo ooooooooooooooooooooooooooooooooooooo
ooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo ooooooooooooo oooooo",
"ooo ooooooo oooooooooooo oooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooo
ooo oooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooo",
"oooooo oo ooo oooo  ooooooo oooo    ooo ooooooo ooo oooooo  ooo oo    oooo
o o   oooooooo o ooooo oo oooo o oo  oooooo oo oo o",
"                    o
o                                                           ",
"oooooo ooooooooooooooooo oooo oo oooooooo oo ooooooooooooooo
ooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo",
"  oo oooo oo ooo o oooo    oo oooooooo oooooo     ooooo ooooooooooo oooo
ooo  oo o oo ooo ooooooooo ooooooooo oo ooo oooooooo",
"
o   oo                         o  o         o    ",
" o       o  oooo                o    o
o                       o  o    o  o              o               ",
"                                                               o
o                                                  ",
"oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo",

"        o                     o                                  o
o          o                                             ",
"oooooooo   ooooooooooooooooooooo o  ooooooo ooo ooooo oooooooooooooo
oooooooooo o oooooooooooooooooo  o oo o  ooooooooo  ooooo",


and h-bond section of .ndx file is as follows:

[ hbonds_Protein -Ligand ]
   1019   1021   1640
   1019   1021   1643
   1019   1021   1656
   1013   1014   1643
    995    997   1580
    992    994   1580
    992    994   1581
    992    994   1582
    946    949   1135
    915    917   1580
    915    917   1581
    909    910   1580
    909    910   1581
    867    869   1212
    777    780   1517
    777    780   1518
    740    742   1198
    723    725   1231
    720    722   1231
    504    506   1516
    504    506   1517
    501    503   1516
    103    104   1166
    103    104   1168
     95     97   1198
     92     93   1174
     92     93   1196
     79     80   1166
     79     80   1168
     63     64   1835
     32     33   1752
     26     29   1784
     26     29   1787
   1791   1793     45
   1755   1757      9
   1627   1629    852
   1627   1629    853
   1597   1599    852
   1215   1217    866
   1215   1217    867

what is your mean of reading backward .xpm? above files or ps file obtained
from xpm2ps.
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/attachments/20101110/e5b100f4/attachment.html>