[gmx-users] reg lincs error and exploding problem during mdrun

vidhya sankar scvsankar_agr at yahoo.com
Mon May 2 06:33:16 CEST 2011


Thanks Justin,
                      now i have different problem when i run mdrun_d programme with the following command 
 ./mdrun_d -s 1HHO_md.tpr -o 1HHO_md.trr  -c 1HHO_md.gro -e md.edr -nt 1
i got error as follows
Step 0, time 0 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.348354, max 2.293388 (between atoms 27 and 28)
bonds that rotated more than 30 degrees:
 atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
     45     47   30.1    0.1250   0.0966      0.1250
     45     46   89.4    0.1250   0.1611      0.1250
     44     45   38.0    0.1530   0.1715      0.1530
     36     37   89.8    0.1090   0.1977      0.1090
     27     28   89.6    0.1090   0.3590      0.1090
     18     19   89.1    0.1090   0.1375      0.1090
     15     17   56.1    0.1250   0.1306      0.1250
      6      7   89.2    0.1090   0.1781      0.1090
Wrote pdb files with previous and current coordinates

Step 1, time 0.002 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 6.925181, max 29.122365 (between atoms 9 and 10)
bonds that rotated more than 30 degrees:
 atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
     45     47   95.4    0.0966   0.1734      0.1250
     36     37   90.1    0.1977   1.6174      0.1090
     27     28   90.1    0.3590   0.1991      0.1090
     18     20   61.3    0.1422   0.0426      0.1400
     18     19   91.3    0.1375   0.2554      0.1090
     15     17   89.4    0.1306   0.1306      0.1250
     11     18   86.8    0.1423   0.2272      0.1400
     10     12   90.0    0.1542   4.1927      0.1530
     10     11   89.4    0.1418   4.2147      0.1400
      9     13   36.9    0.1545   0.2135      0.1530
      9     10   89.3    0.1415   4.2171      0.1400
      8      9   39.6    0.1422   0.1957      0.1400
      6      7   89.3    0.1781   0.2107      0.1090
      2     11   87.7    0.1404   0.2813      0.1380
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Warning: 1-4 interaction between 10 and 14 at distance 4.309 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
or with user tables increase the table size

Step 2, time 0.004 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 1141861312104.288574, max 8387384410969.760742 (between atoms 36 and 37)
bonds that rotated more than 30 degrees:
 atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
      1      2  114.2    0.2088 307491611.7030      0.2000
     44     45   41.6    0.1457   0.1972      0.1530
     43     44  129.5    0.1536 16995520.2978      0.1530
     40     43  100.2    0.1544 526802811.8353      0.1530
     40     41  115.4    0.1427 1126735523.3763      0.1400
     39     42  110.6    0.1546 3296841333.8448      0.1530
     39     40   95.3    0.1427 3867105914.6031      0.1400
     38     39  103.0    0.1432 6773859895.7491      0.1400
     36     38   97.4    0.1419 20921022161.9095      0.1400
     36     37   89.9    1.6174 914224900795.8143      0.1090
     34     35  105.4    0.1340 772011346.9170      0.1340
     32     36   97.9    0.1434 21005542749.8526      0.1400
     31     34  103.2    0.1533 4047716956.2246      0.1530
     31     32  100.6    0.1407 6865225352.3692      0.1400
     30     33  108.3    0.1530 640798229.9764      0.1530
     30     31   99.0    0.1401 4174186935.5429      0.1400
     29     30  120.6    0.1399 992312479.3422      0.1400
     27     29  111.0    0.1429 1205532064.0067      0.1400
     27     28  121.7    0.1991 412296837.5467      0.1090
     25     26   78.4    0.1354   5.1420      0.1340
     23     27   97.8    0.1457 412296831.0029      0.1400
     22     25  106.1    0.1565  14.5779      0.1530
     22     23   81.6    0.1448  15.7238      0.1400
     21     24   98.1    0.1614   4.0101      0.1530
     21     22   88.5    0.1472  15.3081      0.1400
     20     21   95.2    0.1568  14.5247      0.1400
     18     20   84.5    0.0426  15.1546      0.1400
     18     19   90.3    0.2554   3.8535      0.1090
     15     17   89.9    0.1306   4.2160      0.1250
     15     16   90.0    0.1191  25.1978      0.1250
     14     15   88.7    0.1553   3.4423      0.1530
     13     14   97.9    0.1679   2.7244      0.1530
     11     18   76.7    0.2272  23.5748      0.1400
     10     12  170.5    4.1927  15.3594      0.1530
     10     11  126.4    4.2147  26.6521      0.1400
      9     13   51.9    0.2135   3.3106      0.1530
      9     10  165.5    4.2171  16.1115      0.1400
      8      9   76.6    0.1957   7.1674      0.1400
      6     41  109.4    0.1477 1166436972.1222      0.1400
      6      8  117.5    0.1602 406664611.1456      0.1400
      6      7  135.7    0.2107 406664648.5804      0.1090
      5     41  115.5    0.1408 3655729543.2299      0.1380
      5     38  106.1    0.1421 6636732910.3252      0.1380
      4     32  105.3    0.1409 6209428864.9749      0.1380
      4     29  114.0    0.1420 4072911915.0192      0.1380
      3     23  112.7    0.1483 125990964.2723      0.1380
      3     20  130.8    0.1584 125990986.2569      0.1380
      2     11   45.9    0.2813 96334844.6580      0.1380
      2      8  153.6    0.1399 96334840.9361      0.1380
      1      5  101.1    0.1999 3861844055.9208      0.2000
      1      4   99.4    0.2050 4350154899.2293      0.2000
      1      3  120.9    0.2049 276545143.5239      0.2000
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault

i am using the following .mdp files

title       = Umbrella pulling simulation 
define      = -DPOSRES
; Run parameters
integrator  = md
dt          = 0.002
tinit       = 0
nsteps      = 50000    ; 500 ps
nstcomm     = 10
; Output parameters
nstxout     = 5000      ; every 10 ps
nstvout     = 5000 
nstfout     = 500
nstxtcout   = 500       ; every 1 ps
nstenergy   = 500
; Bond parameters
constraint_algorithm    = lincs
constraints             = all-bonds
continuation            = no       ; continuing from NPT 
; Single-range cutoff scheme
nstlist     = 5
ns_type     = grid 
rlist       = 0.9
rcoulomb    = 0.9
rvdw        = 1.4
; PME electrostatics parameters
coulombtype     = PME
fourierspacing  = 0.12
fourier_nx      = 0
fourier_ny      = 0
fourier_nz      = 0
pme_order       = 3
ewald_rtol      = 1e-5
optimize_fft    = yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl      = V-rescale 
tc-grps     =  HEM   AL    OXY    ; two coupling groups - more accurate
tau_t       =  0.1  0.1    0.1    ; time constant, in ps
ref_t       =  310  310    310   
; Pressure coupling is on
;Pcoupl          = Parrinello-Rahman 
;pcoupltype      = isotropic
;tau_p           = 1.0       
;compressibility = 4.5e-5
;ref_p           = 1.0
; Generate velocities is off
gen_vel     = no 
; Periodic boundary conditions are on in all directions
pbc     = xyz
; Long-range dispersion correction
DispCorr    = EnerPres
; Pull code
pull            = umbrella
pull_geometry   = distance
pull_dim        = N Y N
pull_start      = yes       ; define initial COM distance > 0
pull_ngroups    = 1
pull_group0     = Fe 
pull_group1     = O1
pull_rate1      = 0.01      ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns
pull_k1         = 1000      ; kJ mol^-1 nm^-2

I am expecting your reply
thanks in advance

-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/attachments/20110502/639c7ad1/attachment.html>


More information about the gromacs.org_gmx-users mailing list