[gmx-users] Method insert ion

Saeid Akbarshahi saeidakbarshahi at yahoo.com
Wed Nov 2 12:06:53 CET 2011


If I do not use for insert ions into the water from genion and Ions put in the file pdb whether Gromacs no problem with it ?

Whether the behavior of ions such as ions that enter via genion ?


4.pdb :

ATOM      1  CL   CL   145      23.580  24.000  -0.020  1.00  0.00            
ATOM      2  CL   CL   343      10.530  15.620  16.980  1.00  0.00            
ATOM      3  CL   CL   344      16.530   6.620  25.980  1.00  0.00            
ATOM      4  CL   CL   345      16.530  20.620  35.980  1.00  0.00            
ATOM      5  CL   CL   346      22.530  10.620  13.980  1.00  0.00            
ATOM      6  CL   CL   347      22.530  20.620  28.980  1.00  0.00            
ATOM      7  CL   CL   348      20.530   8.020   9.980  1.00  0.00            
ATOM      8  Na   Na   349      20.530  30.620  31.980  1.00  0.00            
ATOM      9  Na   Na   350      20.530   4.620  29.980  1.00  0.00            
ATOM     10  Na   Na   351      15.530  40.620   7.980  1.00  0.00            
ATOM     11  Na   Na   352      15.530  10.620  19.980  1.00  0.00            
ATOM     12  Na   Na   353      30.530  16.620  24.980  1.00  0.00            
ATOM     13  Na   Na   354      40.530  15.620  19.980  1.00  0.00            
ATOM     14  Na   Na   355      10.530  22.620  34.980  1.00  0.00 

topol.top  :

;
;File 'topol.top' was generated
;By user: onbekend (0)
;On host: onbekend
;At date: Wed Nov  2 10:28:56 2011
;
;This is a standalone topology file
;
;It was generated using program:
;pdb2gmx - VERSION 4.5.5
;
;Command line was:
;pdb2gmx -f 4.pdb -posrefc 0 
;
;Force field was read from the standard Gromacs share directory.
;

; Include forcefield parameters
#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Ion                 1

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
; residue 145 CL  rtp CL   q -1.0
     1        CL-    145     CL     CL      1         -1     35.453   ; qtot -1
; residue 343 CL  rtp CL   q -1.0
     2        CL-    343     CL     CL      2         -1     35.453   ; qtot -2
; residue 344 CL  rtp CL   q -1.0
     3        CL-    344     CL     CL      3         -1     35.453   ; qtot -3
; residue 345 CL  rtp CL   q -1.0
     4        CL-    345     CL     CL      4         -1     35.453   ; qtot -4
; residue 346 CL  rtp CL   q -1.0
     5        CL-    346     CL     CL      5         -1     35.453   ; qtot -5
; residue 347 CL  rtp CL   q -1.0
     6        CL-    347     CL     CL      6         -1     35.453   ; qtot -6
; residue 348 CL  rtp CL   q -1.0
     7        CL-    348     CL     CL      7         -1     35.453   ; qtot -7
; residue 349 Na  rtp NA   q +1.0
     8        NA+    349     Na     Na      8          1    22.9898   ; qtot -6
; residue 350 Na  rtp NA   q +1.0
     9        NA+    350     Na     Na      9          1    22.9898   ; qtot -5
; residue 351 Na  rtp NA   q +1.0
    10        NA+    351     Na     Na     10          1    22.9898   ; qtot -4
; residue 352 Na  rtp NA   q +1.0
    11        NA+    352     Na     Na     11          1    22.9898   ; qtot -3
; residue 353 Na  rtp NA   q +1.0
    12        NA+    353     Na     Na     12          1    22.9898   ; qtot -2
; residue 354 Na  rtp NA   q +1.0
    13        NA+    354     Na     Na     13          1    22.9898   ; qtot -1
; residue 355 Na  rtp NA   q +1.0
    14        NA+    355     Na     Na     14          1    22.9898   ; qtot 0

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "gromos53a6.ff/spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "gromos53a6.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Ion                 1
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/attachments/20111102/98c7d90e/attachment.html>


More information about the gromacs.org_gmx-users mailing list