[gmx-users] g_x2top help

Milinda Samaraweera milinda49 at yahoo.com
Tue Dec 11 22:40:55 CET 2012



Hi Gromacs users

I have a problem Im trying to form a .top file using a g_x2top -f -o -ff command. I have defined .n2t .rtp .itp files. and wanted to construct a topology file. but the script does not identify any of the atoms from .gro file.

my .n2t file 

; clayff
; n2t
H    h*    0.4100     1.008  1    O  0.100             ;water hydrogen
H    ho    0.4250     1.008  1    O  0.100             ;hydrxyl hydrogen
O    o*   -0.8200    15.998  2    H  0.100    H  0.100 ;water oxygen
O    oh   -0.9500    15.998  1    H  0.100             ;hydroxyl oxygen
O    ob   -1.0500    15.998  0                     ;bridging oxygen
O  obos   -1.1808    15.998  0                     ;bridging oxygen with octahedral substitution
O  obts   -1.1688    15.998  0                     ;bridging oxygen with tetrahedral substitution
O  obss   -1.2996    15.998  0                     ;bridging oxygen with double substitution 
O   ohs   -1.0808    15.998  1      H  0.100       ;hydroxyl hydrogen with substitution
Si   st    2.1000    28.086  0                     ;tetrahedral silicon
Al   ao    1.5750    26.982  0                     ;octahedral aluminium
Al   at    1.5750    26.982  0                     ;tetrahedral aluminium
Mg  mgo    1.3600    24.305  0                     ; octahedral magnisium
Na   Na    1.0000    22.999  0                     ;sodium ion         

my.itp file 

; 
; 

[ defaults ]
; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ fudgeQQ
1               3               yes             0.5     0.5
; parameters are taken from the clay force field

[ atomtypes ]
; The charges here will be overwritten by those in the rtp file
; name       mass      charge    ptype      sigma      eps
  h*   1      1.00800     0.4100    A    0.00000e-01  0.00000e-01 ;clayFF_waterhydrogen
  ho   1      1.00800     0.4250    A    0.00000e-01  0.00000e-01 ;clayFF_hydroxylhydrogen
  o*   8     15.99800    -0.8200    A    3.16557e-01  6.50209e-01 ;ClayFF_wateroxygen
  oh   8     15.99800    -0.9500    A    3.16557e-01  6.50209e-01 ;ClayFF_hydroxyloxygen
  ob   8     15.99800    -1.0500    A    3.16557e-01  6.50209e-01 ;ClayFF_bridgingoxygen
  obos 8     15.99800    -1.1808    A    3.16557e-01  6.50209e-01 ;ClayFF_bridgingoxygenoctasub
  obts 8     15.99800    -1.1688    A    3.16557e-01  6.50209e-01 ;ClayFF_bridgingoxygentetrsub
  ohs  8     15.99800    -1.0808    A    3.16557e-01  6.50209e-01 ;ClayFF_hydroxyloxygensub
  st  14     28.08600     2.1000    A    3.30208e-01  8.0e-06        ;ClayFF_tetrahedralsilicon
  ao  13     26.98200     1.5750    A    4.27128e-01  6.0e-06     ;ClayFF_octahedalaluminium
  at  13     26.98200     1.5750    A    3.30206e-01  8.0e-06        ;ClayFF_tetrasubaluminium
  mgo 12     24.30500     1.3600    A    5.26437e-01  4.0e-06        ;ClayFF_octasubmagnisium
  Na  11     22.999       1.0000    A    1.89744e-01  6.72427e-01    ;ClayFF_Na
                          
[ bondtypes ]
; i    j func        b0          kb
  oh    ho      1    0.10000   463711.2         ; O-H
 ohs    ho      1    0.10000   463711.2         ; O-H
  o*    h*      1    0.10000   463711.2         ; O-H

[ angletypes ]
  ao     oh     ho      1   109.470    251.046   ; angle Al-O-H
  mgo    ohs    ho      1   109.470    251.046   ; angle Mg-O-H
  h*     o*     h*      1   109.470    383.009   ; angle H-O-H

[ dihedraltypes ]

my .gro file

1Created by VESTA
 2808
    Clay    ao    1   0.005   0.564  -0.021
    Clay    ao    2  -0.602   0.564   3.099
    Clay    ao    3   4.226   0.564  -0.021
    Clay    ao    4   3.620   0.564   3.099
    Clay    st    5   0.178   0.254   0.256
    Clay    ob    6   0.175   0.240   0.090
    Clay    ob    7   0.201   0.411   0.296
    Clay    ob    8   0.037   0.622   0.318
    Clay    oh    9   0.192  -0.046   0.090
    Clay    oh   10   0.192   3.610   0.090
    Clay    ho   11   0.099  -0.046   0.151
    Clay    ho   12   0.099   3.610   0.151
    Clay    st   13   0.058   0.254   1.263
    Clay    ob   14   0.061   0.240   1.429
    Clay    ob   15   0.035   0.411   1.222
    Clay    ob   16   0.199   0.622   1.200
    Clay    oh   17   0.044  -0.046   1.429
    Clay    oh   18   0.044   3.610   1.429
    Clay    ho   19   0.136  -0.046   1.368
    Clay    ho   20   0.136   3.610   1.368
    Clay    ao   21   0.005   0.259  -0.021
    Clay    ao   22  -0.602   0.259   3.099
    Clay    ao   23   4.226   0.259  -0.021
    Clay    ao   24   3.620   0.259   3.099
    Clay    st   25   0.058   0.568   1.263
    Clay    ob   26   0.061   0.582   1.429
    Clay    ob   27   0.199   0.200   1.200
    Clay    st   28   0.178   0.568   0.256
    Clay    ob   29   0.175   0.582   0.090
    Clay    ob   30   0.037   0.200   0.318
    Clay    ao   31   0.268   0.107  -0.021
    Clay    ao   32  -0.338   0.107   3.099

could any one please let me know what might be the problem

best


Milinda Samaraweera
University of Connecticut
Department of Chemistry
55 N Eagleville road
unit 3060
Storrs CT
USA


More information about the gromacs.org_gmx-users mailing list