[gmx-users] vacuum simulation problem with pdb file

[Paula Andrea Delgado Pinzon]

Hi all,
I am trying to do a vacuum simulation with distance restrain, first i did an EM without distance restrastraints, later i did 100 ps to stabilized the T at 300 K but i get this in the pdb file
ATOM      1  N   MET     1         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM      2  H1  MET     1         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM      3  H2  MET     1         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM      4  CA  MET     1         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM      5  CB  MET     1         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM      6  CG  MET     1         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM      7  SD  MET     1         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM      8  CE  MET     1         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM      9  C   MET     1         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM     10  O   MET     1         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM     11  N   THR     2         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM     12  H   THR     2         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM     13  CA  THR     2         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM     14  CB  THR     2         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM     15  OG1 THR     2         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM     16  HG1 THR     2         nan     nan     nan  1.00  0.00
ATOM     17  CG2 THR     2         nan     nan     nan  1.00  0.00

Besides it creates several pdb files call step#b_n#.pdb that seems to contain coordinates of some atoms in each file.

Thanks for your help

Paula