[gmx-users] Regarding error after equilibration of protein in membrane using g_membed
shalini.s at iitg.ernet.in
shalini.s at iitg.ernet.in
Thu Feb 20 13:44:41 CET 2014
---------------------------- Original Message ----------------------------
Hello everyone,
I was trying to simulate a protein with POPC membrane. Initially I
embedded the protein using InflateGro. But I found that the protein is
coming out of the membrane after energy minimization. Then I tried
embedding the protein using g_membed. I have successfully created the
membedded.gro file. But I am unable to perform the equilibration of
membedded.gro. The following error is coming:
3362 3363 177.6 79.3930 763.1334 0.1000
3315 3317 34.1 0.1473 0.1752 0.1470
3323 3325 30.4 0.1383 17.5395 0.1470
3323 3324 125.3 0.1025 3.2656 0.1000
3325 3338 151.8 0.0795 79.4458 0.1530
3325 3326 71.7 0.1390 15.3016 0.1530
3326 3327 156.2 0.1581 1.1020 0.1530
3327 3330 54.1 0.1391 0.2455 0.1390
3327 3328 52.1 0.1390 0.2461 0.1390
3328 3329 36.5 0.1095 0.1503 0.1090
3330 3331 36.7 0.1095 0.1503 0.1090
3317 3321 46.4 0.1534 0.4786 0.1530
3317 3318 33.7 0.1532 0.1795 0.1530
58 60 58.0 0.1538 0.2040 0.1530
58 59 64.0 0.1538 0.1839 0.1530
56 61 40.5 0.1830 6.3293 0.1530
57 58 133.9 0.1615 0.8789 0.1530
3367 3368 161.8 0.6755 12.2433 0.1470
3368 3370 68.0 0.1407 2.3025 0.1340
3368 3369 73.5 0.1046 2.2549 0.1000
3370 3374 109.9 0.1390 0.1579 0.1340
3370 3371 113.2 0.1390 0.1716 0.1340
3371 3373 32.7 0.1020 0.1239 0.1000
3371 3372 36.7 0.1019 0.1287 0.1000
3374 3376 36.9 0.1020 0.0890 0.1000
3374 3375 32.5 0.1020 0.1040 0.1000
3344 3346 145.2 1.4090 50.3186 0.1250
3344 3345 141.0 1.1783 49.6550 0.1250
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Step 8, time 0.016 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms nan, max 8994748.000000 (between atoms 3467 and 3473)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
Step 8, time 0.016 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms nan, max 9896299.000000 (between atoms 3473 and 3475)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
1027 1029 80.0 0.1628 0.4962 0.1530
1029 1031 91.6 0.1905 94.7225 0.1330
1029 1030 52.4 0.1287 0.5485 0.1230
1034 1035 145.5 0.3021 118.3949 0.1430
1035 1036 173.4 0.1196 20.7800 0.1000
1067 1068 176.7 6396.4849 70276.0625 0.1530
1097 1101 70.9 0.1558 0.1831 0.1530
1097 1098 50.7 0.1557 0.2183 0.1530
1098 1099 39.0 0.1435 0.1854 0.1430
1043 1045 158.4 11.4145 1041.2142 0.1530
1043 1044 150.0 11.9767 1018.3463 0.1530
1042 1043 157.3 81.1932 3922.5566 0.1530
1041 1042 163.9 500.7729 14738.6416 0.1530
1041 1046 171.8 1984.2490 40043.3125 0.1530
1046 1048 175.5 5699.0430 88511.3906 0.1330
1048 1050 178.5 12653.2900 165113.2812 0.1470
1048 1049 174.3 5127.7061 74541.0234 0.1000
1046 1047 169.5 1938.5477 35866.9961 0.1230
1039 1041 165.4 553.3626 15883.6680 0.1470
1039 1040 164.8 156.1187 5462.1333 0.1000
1037 1039 167.3 161.4083 6334.0361 0.1330
1037 1038 175.0 32.8745 2147.0396 0.1230
1033 1037 178.0 33.8587 2314.0547 0.1530
1059 1062 179.5 18192.7480 184929.7969 0.1530
1059 1060 179.5 19682.1738 199918.0312 0.1430
1058 1059 179.8 38061.2305 389832.3438 0.1530
1058 1063 179.9 41080.1953 421760.1250 0.1530
1063 1065 179.5 28743.8848 295256.3750 0.1330
1065 1067 178.4 15112.5137 157087.1250 0.1470
1067 1068 176.7 6396.4849 70275.3828 0.1530
1065 1066 178.6 13732.9023 141496.9062 0.1000
1063 1064 179.9 21944.2773 224613.9531 0.1230
1056 1058 179.6 42098.2578 438310.9688 0.1470
1056 1057 179.4 23186.8711 244949.2344 0.1000
1054 1056 179.5 32193.0605 348201.0625 0.1330
1054 1055 179.5 16681.6074 186207.7344 0.1230
1050 1054 179.8 21997.8457 255559.5781 0.1530
1050 1051 178.3 11284.8789 140964.5000 0.1530
1060 1061 179.2 6210.7412 62744.3984 0.1000
5 10 110.9 0.1174 17.8747 0.1530
5 6 43.4 0.1868 1.5629 0.1530
10 12 162.3 2.3017 103.0781 0.1330
10 11 56.2 0.1267 18.4563 0.1230
12 14 123.5 14.2793 574.0925 0.1470
12 13 157.6 2.5007 101.4966 0.1000
3462 3463 179.0 57976.3008 544596.3750 0.1530
3460 3462 179.5 29468.2363 289129.9375 0.1470
3460 3461 179.2 15515.4033 158484.0469 0.1000
3458 3460 179.1 20179.9004 216659.5312 0.1330
3458 3459 176.6 9710.3457 111865.1562 0.1230
3445 3458 177.3 12274.0576 149430.5625 0.1530
3445 3446 175.4 5986.4189 81868.4609 0.1530
3446 3447 175.6 1848.8452 32572.3730 0.1530
3443 3445 176.2 6665.1924 94347.3594 0.1470
3443 3444 175.1 2617.4136 42156.6680 0.1000
3441 3443 177.0 2632.1467 50245.8086 0.1330
3463 3465 179.2 100854.7891 947158.1875 0.1330
3465 3466 179.4 74501.7266 701170.6250 0.1000
3463 3464 178.9 50893.6914 475254.0938 0.1230
3467 3473 179.7 140408.7969 1376196.6250 0.1530
3473 3475 179.4 127823.6641 1316208.0000 0.1330
3475 3477 179.4 109150.6953 1209357.2500 0.1470
3477 3481 179.6 78461.1172 941650.9375 0.1530
3481 3483 177.9 41333.9180 557222.4375 0.1330
3481 3482 178.0 35605.7109 452049.5000 0.1230
3477 3478 178.6 76138.2812 894345.6875 0.1530
3478 3480 176.2 32675.0918 392159.9375 0.1530
3478 3479 176.2 32674.0645 392159.0312 0.1530
3475 3476 179.3 73778.1953 785029.7500 0.1000
3473 3474 179.5 84750.7969 846624.1250 0.1230
3467 3468 180.0 98420.0391 944666.1875 0.1530
3465 3467 179.7 132011.9062 1257875.7500 0.1470
3468 3469 179.4 36424.3828 347810.3438 0.1530
3469 3470 177.6 16064.8076 153743.5781 0.1530
3470 3472 175.5 7414.1357 70933.7031 0.1250
3452 3456 161.6 23.6013 2530.1206 0.1390
3470 3471 175.5 7414.1748 70933.7344 0.1250
3452 3453 159.5 25.5191 1941.0496 0.1090
1031 1033 160.1 3.9653 631.3775 0.1470
1031 1032 86.3 0.1729 94.8543 0.1000
1033 1037 178.0 33.8587 2314.4607 0.1530
1033 1034 157.1 4.4387 632.1960 0.1530
1037 1039 167.3 161.4083 6334.2974 0.1330
1037 1038 175.0 32.8745 2147.2664 0.1230
3487 3489 160.2 263.7160 7937.4644 0.1250
3487 3488 160.7 263.7553 7944.6855 0.1250
3501 3505 117.4 0.2163 29.6946 0.1530
3501 3502 147.6 0.2052 32.6676 0.1530
3502 3503 87.3 0.1781 4.8124 0.1530
1039 1041 165.4 553.3626 15883.7725 0.1470
1039 1040 164.8 156.1187 5462.2422 0.1000
1041 1046 171.8 1984.2490 40043.3555 0.1530
1041 1042 163.9 500.7729 14738.6748 0.1530
1042 1043 157.3 81.1932 3922.5630 0.1530
1043 1045 158.4 11.4145 1041.2142 0.1530
1043 1044 150.0 11.9767 1018.3463 0.1530
1046 1048 175.5 5699.0430 88511.4609 0.1330
1046 1047 169.5 1938.5477 35867.0195 0.1230
1048 1050 178.5 12653.2900 165113.4062 0.1470
1048 1049 174.3 5127.7061 74541.0781 0.1000
1050 1054 179.8 21997.8457 255559.7188 0.1530
1050 1051 178.3 11284.8789 140964.7188 0.1530
1051 1052 174.5 3351.2991 45856.9570 0.1430
1052 1053 164.1 746.5988 13207.4111 0.1000
1054 1056 179.5 32193.0605 348201.1562 0.1330
1054 1055 179.5 16681.6074 186207.8125 0.1230
1056 1058 179.6 42098.2578 438311.0312 0.1470
1056 1057 179.4 23186.8711 244949.2812 0.1000
1058 1063 179.9 41080.1953 421760.1875 0.1530
1058 1059 179.8 38061.2305 389832.3438 0.1530
1059 1060 179.5 19682.1738 199918.0312 0.1430
1060 1061 179.2 6210.7412 62744.3984 0.1000
1063 1065 179.5 28743.8848 295256.5000 0.1330
1063 1064 179.9 21944.2773 224613.9844 0.1230
1065 1067 178.4 15112.5137 157087.4219 0.1470
1065 1066 178.6 13732.9023 141497.0156 0.1000
1068 1070 175.2 3899.3704 46362.0312 0.1330
1068 1069 173.9 3041.7986 35047.2266 0.1230
1070 1072 176.7 2209.7039 29935.6465 0.1470
1070 1071 175.2 1805.4487 22837.9414 0.1000
1072 1076 179.2 922.0685 16932.0977 0.1530
1072 1073 178.6 913.7020 15066.3232 0.1530
1073 1074 173.2 182.1127 4437.1553 0.1430
1074 1075 132.7 24.2450 958.6939 0.1000
1076 1078 175.3 196.7536 7044.7427 0.1330
1076 1077 171.5 196.8930 6733.8765 0.1230
1078 1080 143.8 23.0839 1846.8142 0.1470
1078 1079 148.5 22.6830 1877.4191 0.1000
1080 1093 142.9 2.7365 363.2511 0.1530
1080 1081 138.2 3.1999 357.6469 0.1530
1081 1082 164.8 0.3845 62.1375 0.1530
1082 1085 143.8 0.1653 11.1776 0.1390
1082 1083 100.9 0.1656 10.2468 0.1390
1083 1084 67.5 0.1184 0.2686 0.1090
1093 1095 119.1 0.0851 51.1741 0.1330
1093 1094 80.1 0.0821 49.3375 0.1230
1095 1097 103.4 0.1581 4.6150 0.1470
1059 1062 179.5 18192.7480 184929.7969 0.1530
1085 1086 68.5 0.1189 1.4311 0.1090
1089 1091 109.5 0.1436 0.1671 0.1390
1089 1090 137.4 0.1127 0.2066 0.1090
1091 1092 30.4 0.1109 0.1406 0.1090
1 2 157.9 0.1045 0.3246 0.1000
1 4 88.0 0.1042 0.2268 0.1000
1 3 115.5 0.1042 0.2331 0.1000
14 18 172.4 92.4183 2767.2874 0.1530
14 15 122.5 13.9933 575.6103 0.1530
18 20 178.6 419.3188 6866.1240 0.1330
18 19 171.3 98.4866 2755.2510 0.1230
20 22 179.0 964.6424 12122.3223 0.1470
20 21 177.8 408.7984 5702.4966 0.1000
22 26 178.9 1536.1716 17321.9004 0.1530
22 23 179.1 836.6511 10026.1953 0.1530
23 24 179.3 254.7649 3362.1853 0.1430
24 25 174.0 52.1336 1016.7377 0.1000
26 28 179.4 2084.2344 22023.2852 0.1330
26 27 178.5 1120.8782 12176.0635 0.1230
28 30 179.5 2588.0381 26462.7246 0.1470
28 29 179.6 1465.2933 15128.7061 0.1000
30 34 178.9 2794.1572 28349.2109 0.1530
34 36 179.6 2646.0776 27351.9727 0.1330
36 40 179.0 1673.8123 17524.4531 0.1470
39 40 175.4 442.7062 4523.2490 0.1530
38 39 175.8 268.5752 3065.6282 0.1530
36 37 179.5 2280.8997 24410.9434 0.1470
37 41 179.7 1703.3684 19312.5781 0.1530
41 43 179.5 1104.6077 13765.5645 0.1330
41 42 179.5 852.7722 10117.8877 0.1230
37 38 179.5 1311.9948 14467.6621 0.1530
34 35 178.7 1714.1815 17439.5176 0.1230
30 31 178.9 1909.6912 19281.2168 0.1530
15 16 153.8 1.9236 77.6755 0.1430
16 17 86.5 0.1081 11.4437 0.1000
3353 3354 172.4 129.3383 1310.9741 0.1530
3352 3353 175.0 386.0269 3753.5488 0.1530
3351 3352 177.9 1113.5554 10680.0088 0.1530
3351 3360 178.9 1572.3097 15148.9863 0.1530
3360 3362 178.9 1364.4799 13459.5615 0.1330
3362 3364 178.6 1058.5470 11095.3564 0.1470
3362 3363 178.3 763.1334 7694.2603 0.1000
3360 3361 179.0 934.6445 9024.5508 0.1230
3349 3351 179.1 1552.0356 14997.7021 0.1470
3349 3350 179.0 911.5491 8850.9189 0.1000
3347 3349 179.1 1319.2100 13121.4463 0.1330
3347 3348 178.4 732.0328 7468.3926 0.1230
3342 3347 178.8 1015.0016 10807.9424 0.1530
3354 3355 173.4 40.0122 478.2587 0.1530
3355 3356 173.3 12.1603 252.2795 0.1470
3356 3359 172.8 2.3791 145.9443 0.1000
3356 3358 171.2 2.3763 145.7469 0.1000
3356 3357 173.7 2.6682 146.0062 0.1000
3403 3405 103.6 0.1378 1.2758 0.1330
3403 3404 153.1 0.1278 1.4976 0.1230
3419 3421 131.3 0.1372 0.8668 0.1330
3419 3420 59.4 0.1247 0.1176 0.1230
3421 3423 51.9 0.1703 10.4834 0.1470
3421 3422 122.8 0.1037 0.9254 0.1000
3436 3438 166.3 10.4744 1413.8136 0.1330
3436 3437 114.4 0.3693 237.5648 0.1230
3438 3440 146.1 67.4800 5238.9019 0.1470
3438 3439 166.4 10.5449 1416.5234 0.1000
3440 3441 172.5 531.2781 20227.8926 0.1530
3441 3443 177.0 2632.1467 50246.4805 0.1330
3441 3442 172.4 508.0948 19738.8613 0.1230
3443 3445 176.2 6665.1924 94347.8750 0.1470
3443 3444 175.1 2617.4136 42157.0195 0.1000
3445 3458 177.3 12274.0576 149430.8594 0.1530
3445 3446 175.4 5986.4189 81868.9766 0.1530
3446 3447 175.6 1848.8452 32573.3789 0.1530
3447 3450 174.4 552.9905 16398.2070 0.1390
3447 3448 174.5 521.7374 15794.0234 0.1390
3448 3452 165.5 117.3935 6163.6240 0.1390
3448 3449 164.5 114.2863 5485.2617 0.1090
3450 3454 170.3 149.6735 7179.2744 0.1390
3450 3451 170.3 146.7532 6152.4673 0.1090
3458 3460 179.1 20179.9004 216659.6094 0.1330
3458 3459 176.6 9710.3457 111865.2422 0.1230
3460 3462 179.5 29468.2363 289129.9375 0.1470
3462 3463 179.0 57976.3008 544596.3750 0.1530
3463 3464 178.9 50893.6914 475254.0938 0.1230
3460 3461 179.2 15515.4033 158484.0625 0.1000
3423 3436 104.6 0.4001 233.3529 0.1530
3423 3424 40.9 0.1755 11.1352 0.1530
3424 3425 157.5 0.1562 1.2625 0.1530
3425 3428 53.6 0.1398 0.2414 0.1390
3425 3426 58.3 0.1398 0.2431 0.1390
3426 3430 32.1 0.1392 0.1881 0.1390
3426 3427 39.7 0.1092 0.1600 0.1090
3428 3432 33.2 0.1392 0.1913 0.1390
3428 3429 40.8 0.1092 0.1635 0.1090
3454 3456 170.4 29.3483 2976.2119 0.1390
3454 3455 171.0 27.1603 2467.2502 0.1090
3456 3457 153.1 4.0565 1050.8282 0.1090
3389 3403 52.1 0.1444 12.1950 0.1530
3390 3391 133.1 0.1605 1.9391 0.1530
3391 3394 58.6 0.1399 0.2710 0.1390
3391 3392 54.0 0.1400 0.2720 0.1390
3392 3396 30.4 0.1393 0.1808 0.1390
3392 3393 37.7 0.1093 0.1521 0.1090
3465 3467 179.7 132011.9062 1257875.7500 0.1470
3467 3468 180.0 98420.0391 944666.1875 0.1530
3468 3469 179.4 36424.3828 347810.3438 0.1530
3469 3470 177.6 16064.8076 153743.5781 0.1530
3470 3472 175.5 7414.1357 70933.7031 0.1250
3470 3471 175.5 7414.1748 70933.7344 0.1250
3465 3466 179.4 74501.7266 701170.6250 0.1000
3463 3465 179.2 100854.7891 947158.1875 0.1330
3473 3475 179.4 127823.6641 1316208.0000 0.1330
3473 3474 179.5 84750.7969 846624.1250 0.1230
3467 3473 179.7 140408.7969 1376196.6250 0.1530
3475 3477 179.4 109150.6953 1209357.3750 0.1470
3475 3476 179.3 73778.1953 785029.7500 0.1000
3477 3481 179.6 78461.1172 941651.3750 0.1530
3477 3478 178.6 76138.2812 894345.8125 0.1530
3478 3480 176.2 32675.0918 392160.0000 0.1530
3478 3479 176.2 32674.0645 392159.0625 0.1530
3481 3483 177.9 41333.9180 557223.3125 0.1330
3481 3482 178.0 35605.7109 452049.9062 0.1230
3483 3485 174.7 16345.8555 272683.5625 0.1470
3483 3484 173.0 15823.4551 241226.0156 0.1000
3485 3490 165.9 4770.5640 108365.1797 0.1530
3485 3486 165.2 4518.4497 103572.5938 0.1530
3486 3487 153.2 980.2649 27058.5469 0.1530
3490 3492 162.2 1621.9301 42007.1523 0.1330
3490 3491 158.0 1432.9362 35743.0234 0.1230
3505 3507 96.8 0.1458 2.3278 0.1330
3507 3508 33.7 0.1034 0.1077 0.1000
3495 3496 168.0 104.8195 3996.6477 0.1530
3492 3496 174.1 519.5735 16371.8955 0.1470
3492 3493 174.5 567.5291 18394.0684 0.1470
3493 3497 176.1 167.2048 7566.0293 0.1530
3493 3494 175.3 169.2546 6737.7095 0.1530
3494 3495 171.7 22.7750 734.1775 0.1530
3497 3499 176.7 25.7030 2471.0254 0.1330
3497 3498 175.6 26.1585 2463.9937 0.1230
3499 3501 111.6 0.6449 420.6371 0.1470
3499 3500 102.4 0.7552 411.8347 0.1000
34 36 179.6 2646.0776 27352.0215 0.1330
34 35 178.7 1714.1815 17439.5254 0.1230
30 34 178.9 2794.1572 28349.2070 0.1530
30 31 178.9 1909.6912 19281.2051 0.1530
31 32 178.6 669.4272 6709.6001 0.1430
32 33 177.0 210.3252 2106.0405 0.1000
28 30 179.5 2588.0381 26462.6562 0.1470
28 29 179.6 1465.2933 15128.6387 0.1000
26 28 179.4 2084.2344 22023.0234 0.1330
26 27 178.5 1120.8782 12175.8223 0.1230
22 26 178.9 1536.1716 17321.2539 0.1530
22 23 179.1 836.6511 10025.5244 0.1530
20 22 179.0 964.6424 12121.2207 0.1470
36 40 179.0 1673.8123 17524.5020 0.1470
36 37 179.5 2280.8997 24411.1484 0.1470
37 41 179.7 1703.3684 19313.1484 0.1530
37 38 179.5 1311.9948 14467.8604 0.1530
38 39 175.8 268.5752 3065.6682 0.1530
39 40 175.4 442.7062 4523.2490 0.1530
41 43 179.5 1104.6077 13766.8037 0.1330
41 42 179.5 852.7722 10118.3906 0.1230
43 45 178.0 638.9901 9176.0869 0.1470
43 44 177.3 509.0827 6880.1655 0.1000
31 32 178.6 669.4272 6709.6001 0.1430
45 52 178.7 319.6538 5529.2925 0.1530
45 46 178.2 282.3339 4720.5020 0.1530
46 47 173.8 70.4505 1504.9238 0.1530
32 33 177.0 210.3252 2106.0405 0.1000
47 49 161.3 19.6105 541.3401 0.1330
47 48 156.5 17.9500 489.8326 0.1230
52 54 178.4 121.1273 2809.6111 0.1330
52 53 176.9 115.7046 2369.7856 0.1230
54 56 173.8 30.7841 1199.7819 0.1470
54 55 170.8 28.7333 1070.6758 0.1000
61 63 154.9 0.8056 113.5082 0.1330
61 62 152.6 0.9701 110.9714 0.1230
63 65 114.5 0.1635 18.9735 0.1470
63 64 44.5 0.1199 20.1058 0.1000
49 51 167.0 4.7028 179.1507 0.1000
49 50 166.3 4.1565 178.9935 0.1000
3360 3362 178.9 1364.4799 13460.2031 0.1330
3360 3361 179.0 934.6445 9024.7812 0.1230
3364 3377 179.0 681.2372 7991.8003 0.1530
3364 3365 179.3 592.1429 6585.6948 0.1530
3365 3366 177.1 186.7547 2220.7898 0.1530
3366 3367 167.3 49.4988 694.8265 0.1530
3377 3379 176.6 344.8001 4881.1123 0.1330
3377 3378 175.9 296.5232 3865.3970 0.1230
3379 3381 173.8 141.9351 2754.0537 0.1470
3379 3380 170.3 129.8175 2195.7815 0.1000
3387 3389 127.4 0.5756 92.3510 0.1470
3387 3388 125.7 0.4652 90.9280 0.1000
3405 3407 36.5 0.1484 0.1640 0.1470
3405 3406 51.0 0.1013 0.1236 0.1000
3415 3417 43.4 0.1472 0.2122 0.1470
3417 3419 50.8 0.1545 0.1089 0.1530
3417 3418 42.7 0.1532 0.2148 0.1530
65 78 63.1 0.1601 1.4500 0.1530
65 66 31.5 0.1599 1.6286 0.1530
66 67 79.5 0.1539 0.0396 0.1530
3381 3385 178.0 39.7059 1328.7585 0.1530
3381 3382 176.8 40.0948 1266.3851 0.1530
3382 3384 156.5 9.5596 382.9987 0.1530
3382 3383 155.7 9.5266 382.1747 0.1530
3385 3387 166.5 6.6590 461.6463 0.1330
3385 3386 167.1 6.8378 457.0848 0.1230
3321 3323 162.9 3.3125 321.9170 0.1330
3321 3322 148.4 0.4733 75.7302 0.1230
3338 3340 178.8 298.4420 4798.5874 0.1330
3338 3339 175.7 67.5963 2081.7659 0.1230
3340 3342 178.8 659.4686 7905.7197 0.1470
3340 3341 178.7 286.3703 3826.8704 0.1000
3342 3347 178.8 1015.0016 10809.3057 0.1530
3342 3343 178.6 567.7331 6502.3530 0.1530
3343 3344 178.1 181.9402 2496.5640 0.1530
3347 3349 179.1 1319.2100 13122.1016 0.1330
3347 3348 178.4 732.0328 7468.9658 0.1230
3349 3351 179.1 1552.0356 14997.9990 0.1470
3349 3350 179.0 911.5491 8851.1504 0.1000
3351 3360 178.9 1572.3097 15149.2822 0.1530
3351 3352 177.9 1113.5554 10680.1240 0.1530
3352 3353 175.0 386.0269 3753.5671 0.1530
3353 3354 172.4 129.3383 1310.9741 0.1530
3354 3355 173.4 40.0122 478.2587 0.1530
3355 3356 173.3 12.1603 252.2795 0.1470
3356 3359 172.8 2.3791 145.9443 0.1000
3356 3358 171.2 2.3763 145.7469 0.1000
3356 3357 173.7 2.6682 146.0062 0.1000
3362 3364 178.6 1058.5470 11096.6514 0.1470
3362 3363 178.3 763.1334 7694.8149 0.1000
3394 3395 37.3 0.1093 0.1508 0.1090
3313 3315 116.4 0.1392 0.5993 0.1330
3313 3314 37.3 0.1250 0.1475 0.1230
3315 3317 70.8 0.1752 12.2839 0.1470
3315 3316 136.3 0.1060 0.6688 0.1000
3323 3325 169.7 17.5395 1003.5385 0.1470
3323 3324 167.2 3.2656 313.7166 0.1000
3325 3338 177.2 79.4458 2416.8191 0.1530
3325 3326 164.7 15.3016 890.7102 0.1530
3326 3327 128.9 1.1020 179.7763 0.1530
3327 3330 172.4 0.2455 35.6724 0.1390
3327 3328 169.0 0.2461 35.4509 0.1390
3328 3329 64.5 0.1503 6.5250 0.1090
3330 3331 67.7 0.1503 6.5282 0.1090
3332 3336 99.4 0.1531 1.1767 0.1390
3332 3333 163.8 0.1220 1.3145 0.1090
3334 3336 99.2 0.1530 1.1729 0.1390
3334 3335 163.4 0.1218 1.3080 0.1090
3317 3321 156.6 0.4786 78.9164 0.1530
3317 3318 40.1 0.1795 13.4933 0.1530
3318 3320 88.8 0.1566 1.6192 0.1530
3318 3319 157.6 0.1566 1.8334 0.1530
58 60 118.9 0.2040 14.8632 0.1530
58 59 129.2 0.1839 15.2533 0.1530
56 61 167.7 6.3293 429.3639 0.1530
56 57 161.0 6.6174 401.0884 0.1530
57 58 157.7 0.8789 88.1074 0.1530
3367 3368 159.4 12.2433 217.5954 0.1470
3368 3370 169.3 2.3025 81.3744 0.1340
3368 3369 166.9 2.2549 80.3822 0.1000
3370 3374 116.5 0.1579 16.4463 0.1340
3370 3371 127.4 0.1716 16.9143 0.1340
3371 3373 140.3 0.1239 2.2868 0.1000
3371 3372 94.2 0.1287 2.1349 0.1000
3374 3376 129.5 0.0890 1.5141 0.1000
3374 3375 83.4 0.1040 1.4698 0.1000
3344 3346 167.4 50.3186 1002.2032 0.1250
3344 3345 167.3 49.6550 1002.0633 0.1250
-------------------------------------------------------
Program mdrun, VERSION 4.5.5
Source code file: constr.c, line: 189
Fatal error:
Too many LINCS warnings (1064)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold
in your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
I am attaching the mdp file used for the equilibration
Thanks
Shalini
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list