[gmx-users] Introducing DUMMY atom and top file modification

[Golshan Hejazi]

Hi everyone,

I wanna perform a TI using gromacs. For that I am modifying the top file in order to introduce dummy atoms and I am using charmm ff. I have already introduced a new molecule named PAR and I want to have another molecule in my simulation which is the PAR molecule turned to a DUMMY molecule.
In the top file, I have these lines for atom section:

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
; residue   617 PAR rtp PAR  q  0.0
 12321      CG331    617    PAR    CQ8  12321      -0.27     12.011   ; qtot -0.27
 12322       HGA3    617    PAR    HQ7  12322       0.09      1.008   ; qtot -0.18
 12323       HGA3    617    PAR    HQ8  12323       0.09      1.008   ; qtot -0.09
 12324       HGA3    617    PAR    HQ9  12324       0.09      1.008   ; qtot 0
 12325      CG2O1    617    PAR    CQ7  12325       0.52     12.011   ; qtot 0.52
 12326      OG2D1    617    PAR    OQ2  12326      -0.52    15.9994   ; qtot 0
 12327      NG2S1    617    PAR    NQ1  12327      -0.47     14.007   ; qtot -0.47
 12328       HGP1    617    PAR    HQ6  12328       0.33      1.008   ; qtot -0.14
 12329     CG2R61    617    PAR    CQ1  12329       0.14     12.011   ; qtot 0
 12330     CG2R61    617    PAR    CQ6  12330     -0.115     12.011   ; qtot -0.115
 12331      HGR61    617    PAR    HQ5  12331      0.115      1.008   ; qtot 0
 12332     CG2R61    617    PAR    CQ5  12332     -0.115     12.011   ; qtot -0.115
 12333      HGR61    617    PAR    HQ4  12333      0.115      1.008   ; qtot 0
 12334     CG2R61    617    PAR    CQ3  12334     -0.115     12.011   ; qtot -0.115
 12335      HGR61    617    PAR    HQ3  12335      0.115      1.008   ; qtot 0
 12336     CG2R61    617    PAR    CQ2  12336     -0.115     12.011   ; qtot -0.115
 12337      HGR61    617    PAR    HQ2  12337      0.115      1.008   ; qtot 0
 12338     CG2R61    617    PAR    CQ4  12338       0.11     12.011   ; qtot 0.11
 12339      OG311    617    PAR    OQ1  12339      -0.53    15.9994   ; qtot -0.42
 12340       HGP1    617    PAR    HQ1  12340       0.42      1.008   ; qtot 0
; residue 618 PAR rtp PAR  q  0.0 ;?????? Is this correct or I should change this line to  residue 618 DUM rtp DUM  q  0.0 ?????
 12341      CG331    618    PAR    CQ8  12341      -0.27     12.011    DUM          0     12.011
 12342       HGA3    618    PAR    HQ7  12342       0.09      1.008    DUM          0      1.008
 12343       HGA3    618    PAR    HQ8  12343       0.09      1.008    DUM          0      1.008
 12344       HGA3    618    PAR    HQ9  12344       0.09      1.008    DUM          0      1.008
 12345      CG2O1    618    PAR    CQ7  12345       0.52     12.011    DUM          0     12.011
 12346      OG2D1    618    PAR    OQ2  12346      -0.52    15.9994    DUM          0    15.9994
 12347      NG2S1    618    PAR    NQ1  12347      -0.47     14.007    DUM          0     14.007
 12348       HGP1    618    PAR    HQ6  12348       0.33      1.008    DUM          0      1.008
 12349     CG2R61    618    PAR    CQ1  12349       0.14     12.011    DUM          0     12.011
 12350     CG2R61    618    PAR    CQ6  12350     -0.115     12.011    DUM          0     12.011
 12351      HGR61    618    PAR    HQ5  12351      0.115      1.008    DUM          0      1.008
 12352     CG2R61    618    PAR    CQ5  12352     -0.115     12.011    DUM          0     12.011
 12353      HGR61    618    PAR    HQ4  12353      0.115      1.008    DUM          0      1.008
 12354     CG2R61    618    PAR    CQ3  12354     -0.115     12.011    DUM          0     12.011
 12355      HGR61    618    PAR    HQ3  12355      0.115      1.008    DUM          0      1.008
 12356     CG2R61    618    PAR    CQ2  12356     -0.115     12.011    DUM          0     12.011
 12357      HGR61    618    PAR    HQ2  12357      0.115      1.008    DUM          0      1.008
 12358     CG2R61    618    PAR    CQ4  12358       0.11     12.011    DUM          0     12.011
 12359      OG311    618    PAR    OQ1  12359      -0.53    15.9994    DUM          0    15.9994
 12360       HGP1    618    PAR    HQ1  12360       0.42      1.008    DUM          0      1.008

This is like introducing two type for the same residue, right? So I thought that I dont need to change the rtp file ...
I dont know how to modify the bonds, angles and dihedral section because I already have the bond between atoms of PAR molecule:

[ bonds ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
    1     2     1
    1     3     1
    1     4     1
    1     5     1
    5     6     1
    5     7     1
    7     8     1
    7     9     1
    9    10     1

And could you please tell me which other file, I need to modify?
residuetype.dat? aminoacid.rtp ? or other things?
 I read the manual but I still have problem to modify the top file.


Many thanks as always
G.