[gmx-users] Fwd: hydrogen bonds
James Lord
jjamesgreen110 at gmail.com
Mon Nov 2 06:01:46 CET 2015
Hi all,
I am trying to figure out the number of hydrogen bonds between a protein
and membrane and which residues from protein were involved in hydrogen
bonding. I made an index file and selected the protein and membrane,
g_hbond -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -num hbond.xvg -hbn hbond.ndx
the hbond.xvg is giving me the number of hydrogen bonds and as far as I
understood from manual hbond.ndx is should give me the atoms involved but I
am confused seeing the output of hbond.ndx. What are the three columns at
the end (atom numbers involved in hydrogen bonding)? Any comments?
[ hbonds_Protein-MEM ]
1 2 6407
1 2 7982
1 2 7988
161 162 4391
201 202 4391
201 202 4523
201 202 5153
201 202 5174
201 202 5676
201 202 5678
253 254 3137
266 267 3131
266 267 5903
275 276 3131
275 276 5903
279 280 3257
279 280 3258
279 280 3261
279 280 3263
279 280 5903
279 280 5909
279 280 8864
301 302 2375
310 311 3257
310 311 3258
310 311 3263
310 311 3284
316 317 3284
323 324 2375
323 324 2402
323 324 3257
323 324 3258
323 324 3261
323 324 3263
323 324 3282
323 324 3284
323 324 5909
323 324 6974
323 324 6975
323 324 6999
323 324 7001
323 324 8675
323 324 8676
323 324 8702
323 324 8864
323 324 8865
323 324 8868
323 324 8870
323 324 8889
323 324 8891
332 333 2402
332 333 8681
332 333 8702
332 333 8864
332 333 8865
332 333 8868
332 333 8870
332 333 8889
332 333 8891
336 337 2375
336 337 2402
364 365 2402
367 368 2400
367 368 2402
367 368 8702
370 371 2402
370 371 8702
606 607 8045
606 607 8681
606 607 8864
606 607 8865
606 607 8868
606 607 8870
606 607 8889
606 607 8891
630 631 8675
630 631 8681
630 631 8702
974 975 7043
987 988 6218
987 988 6219
987 988 6224
987 988 6245
1131 1132 1809
1131 1132 1833
1131 1132 3131
1131 1132 3132
1131 1132 3135
1131 1132 3137
1131 1132 3158
1131 1132 6407
1131 1132 6413
1226 1227 4418
1226 1227 4517
1226 1227 6218
1226 1227 6245
1238 1239 4418
1238 1239 4517
1248 1249 4517
1248 1249 6224
1265 1266 6219
1299 1300 4859
1339 1340 4859
1355 1356 3320
1355 1356 3509
1355 1356 3510
1355 1356 3513
1355 1356 3515
1355 1356 4017
1355 1356 4019
1355 1356 4040
1355 1356 4838
1355 1356 7799
1383 1384 2501
1383 1384 3137
1383 1384 3158
1383 1384 3515
1383 1384 3536
1383 1384 4019
1383 1384 7169
1383 1384 7799
1383 1384 7982
1389 1390 7982
1395 1396 4013
1411 1412 3132
1411 1412 4013
1411 1412 4019
1428 1429 1808
1428 1429 1835
1428 1429 3131
1428 1429 3132
1428 1429 3135
1428 1429 3137
1428 1429 3156
1428 1429 3158
1428 1429 5930
1441 1442 3257
1447 1448 3131
1447 1448 3132
1447 1448 4013
1447 1448 4017
1447 1448 4019
1447 1448 4859
1450 1451 3131
1450 1451 3132
1450 1451 3135
1450 1451 3137
1450 1451 4013
1450 1451 4014
1450 1451 4017
1450 1451 4019
1450 1451 4838
1450 1451 4859
1453 1454 3131
1453 1454 3132
1453 1454 3137
1453 1454 3156
1453 1454 4013
1453 1454 4014
1453 1454 4017
1453 1454 4019
1453 1454 4859
1467 1468 2375
1467 1468 2379
1467 1468 3257
1467 1468 3258
1467 1468 3284
1471 1472 2375
1471 1472 2379
1471 1472 3257
1471 1472 3282
1471 1472 3284
1498 1499 4518
1498 1499 4523
1498 1499 5090
1498 1499 6180
1498 1499 6182
1510 1511 6182
1514 1515 4523
1514 1515 5153
1514 1515 5174
1514 1515 6182
1514 1515 6281
1514 1515 6287
1526 1527 4523
1526 1527 5084
1526 1527 5085
1526 1527 5088
1526 1527 5090
1526 1527 5111
1526 1527 5147
1526 1527 5148
1526 1527 5151
1526 1527 5153
1526 1527 5172
1526 1527 5174
1526 1527 6156
1526 1527 6180
1526 1527 6182
1526 1527 6282
1526 1527 6285
1526 1527 6287
1526 1527 6306
1526 1527 6308
1531 1532 5147
1531 1532 5148
1531 1532 5153
1531 1532 5172
1531 1532 5174
1531 1532 5678
1550 1551 5147
1567 1568 4139
1567 1568 5084
1567 1568 5777
1567 1568 5778
1567 1568 5802
1567 1568 5804
1567 1568 8234
1567 1568 8238
1567 1568 8240
1567 1568 8259
1567 1568 8261
1567 1568 8675
1567 1568 8676
1567 1568 8679
1567 1568 8681
1567 1568 8700
1567 1568 8702
1591 1592 5111
Cheers,
James
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list