[gmx-users] GMX analysis (g_gyrate) cannot open just the md.trr file

[Sajjad Kavyani]

Dear all,
Recently, I simulated a system with gromacs 5.0.4. But now, when I am
trying to run a g_gyrate (or any other) a fatal error appear with:

Can not open file:
md.trr
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website...

This is also happened with the .xtc file.

The ls -l output :

-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad        780 Aug  2 11:03 em.edr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     412160 Aug  2 11:03 em.gro
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      15619 Aug  2 11:03 em.log
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad       3103 Aug  2 11:03 em.mdp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad       3104 Aug  2 11:03 em.mdp~
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     262120 Aug  2 11:03 em.tpr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     110016 Aug  2 11:03 em.trr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      17105 Aug  2 11:03 G5_box.gro
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     104065 Aug  2 11:03 G5_copy.itp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      17105 Aug  2 11:03 G5.gro
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     104065 Aug  2 11:07 G5.itp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     104065 Aug  2 11:03 G5.itp~
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     636064 Aug  2 11:07 G5.ods
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     412160 Aug  2 11:03 G5_water.gro
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     886305 Aug  2 11:03 gyrate2.xvg
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     653382 Aug  2 11:03 gyrate2.xvg~
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     141214 Aug  2 11:03 index.ndx
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad        153 Aug  2 11:03 ion.itp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad        940 Aug  2 11:03 ions.mdp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      50981 Aug  2 11:03 martini_v2.2.itp~
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      50994 Aug  2 11:03 martini_v2.2_P1P5mod.itp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      50917 Aug  2 11:03 martini_v2.2_P1P5mod.itp~
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     221556 Aug  2 11:03 md.cpt
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad   38727904 Aug  2 11:07 md.edr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     631991 Aug  2 11:03 md_extract.gro
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     631952 Aug  2 11:03 md.gro
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad   33962116 Aug  2 11:03 md.log
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad       4021 Aug  2 11:03 md.mdp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad       4021 Aug  2 11:07 md.mdp~
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      11575 Aug  2 11:03 mdout.mdp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     221556 Aug  2 11:03 md_prev.cpt
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     262036 Aug  2 11:03 md.tpr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad 3301099032 Aug  2 11:07 md.trr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad 3540368244 Aug  2 11:07 md.xtc
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     221556 Aug  2 11:03 npt.cpt
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     414904 Aug  2 11:03 npt.edr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     631952 Aug  2 11:03 npt.gro
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     379243 Aug  2 11:07 npt.log
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad       4058 Aug  2 11:07 npt.mdp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad       4057 Aug  2 11:03 npt.mdp~
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     221556 Aug  2 11:03 npt_prev.cpt
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     262120 Aug  2 11:03 npt.tpr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad   35405832 Aug  2 11:03 npt.trr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad   37885780 Aug  2 11:03 npt.xtc
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     221300 Aug  2 11:03 nvt.cpt
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      44960 Aug  2 11:07 nvt.edr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     631952 Aug  2 11:03 nvt.gro
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      63990 Aug  2 11:03 nvt.log
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad       4053 Aug  2 11:03 nvt.mdp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad       4053 Aug  2 11:03 nvt.mdp~
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     221300 Aug  2 11:03 nvt_prev.cpt
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad     262120 Aug  2 11:03 nvt.tpr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad    4618152 Aug  2 11:03 nvt.trr
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad    4856648 Aug  2 11:07 nvt.xtc
-rw-rw-r-- 1 sajjad sajjad        696 Nov 29 15:03 PI_G3rg.xvg
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad        188 Aug  2 11:03 posre_com.itp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      16412 Aug  2 11:03 posre.itp
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      15275 Aug  2 11:07 posre.itp~
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad        229 Aug  2 11:03 topol.top
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad        229 Aug  2 11:03 topol.top~
-rw-r--r-- 1 sajjad sajjad      27643 Aug  2 11:03 water.gro

I would be very grateful if you can help me.

With regards
Sajjad