[gmx-users] Fatal error during mdrun

Samayaditya Singh ssamayaditya at yahoo.com
Tue Nov 19 14:52:21 CET 2019


Hi ,I am having an error during running the mdrun for  homo-dimer of a protein-ligand complex of Ribokinase on server, I used Charmm36 FF parameters for both ligands and protein. can u please give some advice.
Changing nstlist from 10 to 20, rlist from 1 to 1.028
Input Parameters:   integrator                     = md   tinit                          = 0   dt                             = 0.002   nsteps                         = 10000000   init-step                      = 0   simulation-part                = 1   comm-mode                      = Linear   nstcomm                        = 100   bd-fric                        = 0   ld-seed                        = 1535035550   emtol                          = 10   emstep                         = 0.01   niter                          = 20   fcstep                         = 0   nstcgsteep                     = 1000   nbfgscorr                      = 10   rtpi                           = 0.05   nstxout                        = 5000   nstvout                        = 5000   nstfout                        = 0   nstlog                         = 5000   nstcalcenergy                  = 100   nstenergy                      = 5000   nstxout-compressed             = 5000   compressed-x-precision         = 5000   cutoff-scheme                  = Verlet   nstlist                        = 20   ns-type                        = Grid   pbc                            = xyz   periodic-molecules             = FALSE   verlet-buffer-tolerance        = 0.005   rlist                          = 1.028   rlistlong                      = 1.028   nstcalclr                      = 10   coulombtype                    = PME   coulomb-modifier               = Potential-shift   rcoulomb-switch                = 0   rcoulomb                       = 1   epsilon-r                      = 1   epsilon-rf                     = inf   vdw-type                       = Cut-off   vdw-modifier                   = Potential-shift   rvdw-switch                    = 0   rvdw                           = 1   DispCorr                       = EnerPres   table-extension                = 1   fourierspacing                 = 0.16   fourier-nx                     = 72   fourier-ny                     = 72   fourier-nz                     = 72   pme-order                      = 4   ewald-rtol                     = 1e-05   ewald-rtol-lj                  = 0.001   lj-pme-comb-rule               = Geometric   ewald-geometry                 = 0   epsilon-surface                = 0   implicit-solvent               = No   gb-algorithm                   = Still   nstgbradii                     = 1   rgbradii                       = 1   gb-epsilon-solvent             = 80   gb-saltconc                    = 0   gb-obc-alpha                   = 1   gb-obc-beta                    = 0.8   gb-obc-gamma                   = 4.85   gb-dielectric-offset           = 0.009   sa-algorithm                   = Ace-approximation   sa-surface-tension             = 2.05016   tcoupl                         = V-rescale   nsttcouple                     = 10   nh-chain-length                = 0   print-nose-hoover-chain-variables = FALSE   pcoupl                         = Parrinello-Rahman   pcoupltype                     = Isotropic   nstpcouple                     = 10   tau-p                          = 2   compressibility (3x3):      compressibility[    0]={ 4.50000e-05,  0.00000e+00,  0.00000e+00}      compressibility[    1]={ 0.00000e+00,  4.50000e-05,  0.00000e+00}      compressibility[    2]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  4.50000e-05}   ref-p (3x3):      ref-p[    0]={ 1.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}      ref-p[    1]={ 0.00000e+00,  1.00000e+00,  0.00000e+00}      ref-p[    2]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  1.00000e+00}   refcoord-scaling               = No   posres-com (3):      posres-com[0]= 0.00000e+00      posres-com[1]= 0.00000e+00      posres-com[2]= 0.00000e+00   posres-comB (3):      posres-comB[0]= 0.00000e+00      posres-comB[1]= 0.00000e+00      posres-comB[2]= 0.00000e+00   QMMM                           = FALSE   QMconstraints                  = 0   QMMMscheme                     = 0   MMChargeScaleFactor            = 1qm-opts:   ngQM                           = 0   constraint-algorithm           = Lincs   continuation                   = TRUE   Shake-SOR                      = FALSE   shake-tol                      = 0.0001   lincs-order                    = 4   lincs-iter                     = 1   lincs-warnangle                = 30   nwall                          = 0   wall-type                      = 9-3   wall-r-linpot                  = -1   wall-atomtype[0]               = -1   wall-atomtype[1]               = -1   wall-density[0]                = 0   wall-density[1]                = 0   wall-ewald-zfac                = 3   pull                           = FALSE   rotation                       = FALSE   interactiveMD                  = FALSE   disre                          = No   disre-weighting                = Conservative   disre-mixed                    = FALSE   dr-fc                          = 1000   dr-tau                         = 0   nstdisreout                    = 100   orire-fc                       = 0   orire-tau                      = 0   nstorireout                    = 100   free-energy                    = no   cos-acceleration               = 0   deform (3x3):      deform[    0]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}      deform[    1]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}      deform[    2]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}   simulated-tempering            = FALSE   E-x:      n = 0   E-xt:      n = 0   E-y:      n = 0   E-yt:      n = 0   E-z:      n = 0   E-zt:      n = 0   swapcoords                     = no   adress                         = FALSE   userint1                       = 0   userint2                       = 0   userint3                       = 0   userint4                       = 0   userreal1                      = 0   userreal2                      = 0   userreal3                      = 0   userreal4                      = 0grpopts:   nrdf:     18215.8      282921   ref-t:         300         300   tau-t:         0.1         0.1annealing:          No          Noannealing-npoints:           0           0   acc:            0           0           0   nfreeze:           N           N           N   energygrp-flags[  0]: 0 0 0 0   energygrp-flags[  1]: 0 0 0 0   energygrp-flags[  2]: 0 0 0 0   energygrp-flags[  3]: 0 0 0 0

Initializing Domain Decomposition on 40 ranksDynamic load balancing: autoWill sort the charge groups at every domain (re)decompositionInitial maximum inter charge-group distances:    two-body bonded interactions: 6.348 nm, Exclusion, atoms 4566 4574  multi-body bonded interactions: 6.348 nm, U-B, atoms 4566 4574Minimum cell size due to bonded interactions: 6.983 nmMaximum distance for 5 constraints, at 120 deg. angles, all-trans: 0.819 nmEstimated maximum distance required for P-LINCS: 0.819 nmGuess for relative PME load: 0.21Will use 32 particle-particle and 8 PME only ranksThis is a guess, check the performance at the end of the log fileUsing 8 separate PME ranks, as guessed by mdrunScaling the initial minimum size with 1/0.8 (option -dds) = 1.25Optimizing the DD grid for 32 cells with a minimum initial size of 8.728 nmThe maximum allowed number of cells is: X 1 Y 1 Z 1
-------------------------------------------------------Program gmx mdrun, VERSION 5.1.4Source code file: /home/hpc/tar/gromacs-5.1.4/src/gromacs/domdec/domdec.cpp, line: 6987
Fatal error:There is no domain decomposition for 32 ranks that is compatible with the given box and a minimum cell size of 8.72839 nmChange the number of ranks or mdrun option -rdd or -ddsLook in the log file for details on the domain decomposition Thanks in advance


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