<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">
<META content="MSHTML 6.00.2712.300" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hallo all GROMACS people</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I would like to ask about some tool to perform 
an&nbsp;</FONT><FONT face=Arial size=2>analysis of</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>protein motions by fourier transform to get power 
spectra</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>(intensity of motion vs. frequency)&nbsp;possibly 
</FONT><FONT face=Arial size=2>for each atom,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>residue or owerall spectra for protein. I would 
like also ask</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>about compatibility of such analysis with LINC, 
SHAKE,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>temperature coupling and other&nbsp;MD 
details.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Cheers</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Vojtech Spiwok</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Biochemistry and Microbiology@</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ICT Prague</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Czech Republic</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>