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<TITLE>dimension</TITLE>
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<P><FONT SIZE=2>Dear Gromacs Users,<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp; From the manual eq 4.46, I understand that the dimension of the harmonic bending force constant, V = (1/2)*k(theta,harm)*[(delta theta)}**2] is kJ/mol/(deg**2), thus the energy change is 1/2*k by changing the bond angle by 1 deg.<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; What is the meaning of the cosine based bending constant (eq. 4.48)? The manual also says that<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; k(theta)[sin(theta0)**2] = k(theta, harm)<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp; Since sin(theta) (and also cos(theta) is a dimensionless number,<BR>
the dimension of k(theta) should be equal to the dimension of k(theta, harm),<BR>
which is kJ/[mol*(deg**2)]. But from 4.48 the physical meaning of k(theta)<BR>
would be the double of the potential energy change by changing the bond angle characterized by [cos(theta) -cos(theta0)] = +1 or -1<BR>
<BR>
Thanks for the help.<BR>
<BR>
Peter Nagy<BR>
The University of Toledo<BR>
pnagy@utnet.utoledo.edu</FONT>
</P>

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