<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">
<html>
<tt>Did you try using PME with a net charge in Gromacs?</tt><tt></tt>
<p><tt>As far as I know, the unit cell should be neutral according to Darden
et al. This was mentioned also by Ibragimova and Wade&nbsp; and by Bogusz
et al. in the context of macromolecular simulations (Biophys. J. 74:2906;
J. Phys. Chem. 108: 7070). As discussed in the latter reference, the implicit
neutralisation can lead to artefacts.</tt><tt></tt>
<p><tt>Ran.</tt><tt></tt>
<p>Michael Brunsteiner wrote:
<blockquote TYPE=CITE>--- Ran Friedman &lt;ran@hemi.tau.ac.il> wrote:
<br>> No. You should neutralise the net charge.
<p>not necessarily ... if you use PME (or any other form
<br>of Ewald summation) the neutralization of any netcharge
<br>present in the system is done IMPLICITELY.
<br>(for a good discussion of this point see the manual
<br>of Keith Refsons moldy program)
<br>The effect of this implicit neutraliztion is exactly
<br>the same as the effect a homogeneous "background" charge density
<br>(of the opposite sign as the net-charge and with the same
<br>magnitude when integrated)
<br>For some specific problems (e.g. calculation of free energy
<br>differences between charged and neutral system) corrections
<br>need to be applied, but generally and for a normal MD at constant
<br>volume the artifacts introduced by adding neutralizing counter
<br>ions are certainly not preferable to those obatained from
<br>the homogeneous background charge.
<p>></blockquote>

<pre>--&nbsp;
------------------------------------------------------
Ran Friedman
Laser laboratory for fast reactions in biology
Department of biochemistry
Faculty of life sciences
Tel-Aviv university
972-3-6409824
------------------------------------------------------</pre>
&nbsp;</html>