<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
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<META content="MSHTML 6.00.2900.2668" name=GENERATOR>
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<P class=MsoNormal><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black">Dear Colleague:<?xml:namespace prefix = o 
ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">When I try 
to run <SPAN class=SpellE>Gromacs</SPAN> 3.2.1 on supercomputer with 
multiprocessor, <SPAN class=GramE><SPAN 
style="mso-bidi-font-style: italic">After</SPAN></SPAN><SPAN 
style="mso-bidi-font-style: italic"> I launch the simulation using 6 processors 
or more it doesn't work. The odd thing is that it doesn't exit with errors, but 
it waits for data which never arrive. Finally report the error about <SPAN 
class=GramE>Timeout<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN 
class=SpellE>ect</SPAN></SPAN>.<o:p></o:p></SPAN></SPAN></FONT></P><PRE><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-style: italic"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">/opt/<SPAN class=SpellE>mpich/gnu/bin/mpirun</SPAN> -<SPAN class=SpellE>np</SPAN> 6 -<SPAN class=SpellE>nolocal</SPAN> -<SPAN class=SpellE>machinefile</SPAN> machines <SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN>/<SPAN class=SpellE>usr/local/bin/mdrun_mpi</SPAN> -<SPAN class=SpellE>np</SPAN> 6 -v<o:p></o:p></SPAN></FONT></I></PRE><PRE><SPAN class=GramE><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">and</SPAN></FONT></I></SPAN><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"> the output is something like<o:p></o:p></SPAN></FONT></I></PRE><PRE><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT></I><SPAN class=GramE><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">starting</SPAN></FONT></I></SPAN><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"> <SPAN class=SpellE>mdrun</SPAN> 'Generated by <SPAN class=SpellE>genbox</SPAN>'<o:p></o:p></SPAN></FONT></I></PRE><PRE><SPAN class=GramE><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">100 steps,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.2 <SPAN class=SpellE>ps</SPAN>.</SPAN></FONT></I></SPAN><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"><o:p></o:p></SPAN></FONT></I></PRE><PRE><SPAN class=GramE><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">and</SPAN></FONT></I></SPAN><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">, after some time, it writes out<o:p></o:p></SPAN></FONT></I></PRE>
<P class=MsoNormal><I><FONT face="Times New Roman" color=black size=3><SPAN 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-STYLE: italic">p4_1636:<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>p4_error: Timeout in establishing 
connection to remote process:</SPAN></FONT></I><FONT color=black><SPAN 
style="COLOR: black"><o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN 
style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">I search the mailing 
list, the same issue that has been reported on mailing list on 2004-10-18 by 
<SPAN class=SpellE>gianluca</SPAN> <SPAN class=SpellE>santarossa</SPAN> titled 
as: <SPAN class=SpellE>md</SPAN> using <SPAN 
class=SpellE>mpich</SPAN>.<o:p></o:p></SPAN></FONT></P><PRE><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"><o:p></o:p></SPAN></FONT></PRE><PRE><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-bidi-font-weight: bold">David van <SPAN class=SpellE>der</SPAN> <SPAN class=SpellE><SPAN class=GramE>Spoel</SPAN></SPAN><SPAN class=GramE> s</SPAN> reply indicate that<B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold"> </SPAN></B></SPAN></FONT><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">there is a problem in <SPAN class=SpellE>mpich</SPAN> that makes that jobs never end, it has to do with interaction between MPI and grid software. </SPAN></FONT></PRE><PRE><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">There is a workaround in the CVS code that will shortly be released in beta. </SPAN></FONT></PRE><PRE><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">I am wondering whether current public <SPAN class=GramE>version of 3.2.1 have</SPAN> solved this problem, the error comes from the MPI installation.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>Or need to download special patch for this.</SPAN></FONT></PRE><PRE><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"><o:p>I appreciate any input and suggestions.</o:p></SPAN></FONT></PRE><PRE><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">Thank you very much,<o:p></o:p></SPAN></FONT></PRE><PRE><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"><o:p></o:p></SPAN></FONT></PRE><PRE><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"><o:p></o:p></SPAN></FONT></PRE><PRE><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">Yuhua<o:p></o:p></SPAN></FONT></PRE><PRE><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT></PRE></DIV></DIV></BODY></HTML>