<DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>Dear gromacs users,</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>I have to run a 1ns simulation with a protein in hexane environment. I am using a Linux system for my run. Itís a monomer protein. When I run in water I havenít get any problem with my run. It ended successfully. But when I try to run a hexane run with the same protein it showing following error.</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">mdrun -v -s full -o full -e full -c after_full -g full &gt;&amp; full.job &amp;<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">[1] 2606<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">tail -f full.job<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29959<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29960<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>89.9<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>48144.9766 66764.4141<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1530<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29960<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29961<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>89.9<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>48144.5781 63069.4609<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1530<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29961<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29962<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>89.9<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>48144.9688 33113.0078<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1530<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29963<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29964<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>89.9<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>48144.9883 31983.7520<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1530<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29964<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29965<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>89.9<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>48144.8906 61253.6016<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1530<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29965<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29966<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>89.9<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>48144.9414 66282.4375<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1530<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29966<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29967<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>89.9<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>48144.8633 61631.7461<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1530<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29967<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>29968<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>89.9<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>48144.7812 32032.5273<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1530<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN><o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Back Off! I just backed up step1.pdb to ./#step1.pdb.1#<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Wrote pdb files with previous and current coordinates<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN><o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Step 2<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 11704.7 11704.7 11704.7<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and t<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">he second vector in the xy-plane are supported.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box (3x3):<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><?xml:namespace prefix = st1 ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" /><st1:address w:st="on"><st1:Street w:st="on">Box</st1:Street>[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1]</st1:address>={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Can not fix pbc.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and t<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">he second vector in the xy-plane are supported.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box (3x3):<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><st1:address w:st="on"><st1:Street w:st="on">Box</st1:Street>[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1]</st1:address>={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;</SPAN>Can not fix pbc.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and t<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">he second vector in the xy-plane are supported.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box (3x3):<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><st1:address w:st="on"><st1:Street w:st="on">Box</st1:Street>[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1]</st1:address>={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Can not fix pbc.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and t<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">he second vector in the xy-plane are supported.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box (3x3):<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><st1:address w:st="on"><st1:Street w:st="on">Box</st1:Street>[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1]</st1:address>={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Can not fix pbc.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and t<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">he second vector in the xy-plane are supported.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box (3x3):<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><st1:address w:st="on"><st1:Street w:st="on">Box</st1:Street>[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1]</st1:address>={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Can not fix pbc.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and t<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">he second vector in the xy-plane are supported.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box (3x3):<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><st1:address w:st="on"><st1:Street w:st="on">Box</st1:Street>[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1]</st1:address>={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Can not fix pbc.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and t<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">he second vector in the xy-plane are supported.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box (3x3):<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><st1:address w:st="on"><st1:Street w:st="on">Box</st1:Street>[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1]</st1:address>={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Box[<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2]={<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>nan}<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Can not fix pbc.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">Fatal error: ci = -1 should be in 0 .. -1 [FILE nsgrid.c, LINE 210]<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN><o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">[1]+<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>Exit 255<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>mdrun -v -s full -o full -e full -c after_fu<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><FONT face="Courier New">ll -g full 1&gt;&amp;full.job<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-fareast-font-family: 'MS Mincho'"><o:p><FONT face="Courier New">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P></DIV><BR><BR><DIV>
<DIV><FONT color=#8b8b8b><STRONG><EM><BR></EM></STRONG></FONT><FONT color=#bf005f>G. POORNIMA,&nbsp;<BR>Studentship Trainee,&nbsp;</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#bf005f>Bioinformatics Center,</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#bf005f>School of biotechnology,</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#bf005f>Madurai Kamaraj University,</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#bf005f>Madurai.&nbsp;<BR></FONT><FONT color=#007f40><STRONG>E.MAIL:</STRONG></FONT>&nbsp;<FONT color=#00bf60><STRONG><A href="mailto:poornings@yahoo.co.in">poornings@yahoo.co.in</A>. </STRONG></FONT></DIV></DIV><p>
                <hr size=1> 
Yahoo! India Matrimony: Find your partner online.<br>Go to http://yahoo.shaadi.com