<HTML><HEAD><TITLE>Mail</TITLE>
<META content="KsDHTMLEDLib.ocx, FreeWare HTML Editor 1.159.7, ?Kurt Senfer" 
name=GENERATOR>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=GB2312"></HEAD>
<BODY style="FONT-SIZE: 9pt; FONT-FAMILY: " leftMargin=5 topMargin=5>
<DIV><FONT size=4>Hi David:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>I am sure there is no constraints. 
<%--AID_SENDTO_BEGIN--%>David van der Spoel<%--AID_SENDTO_END--%></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>In the mdp file:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4>; OPTIONS FOR BONDS&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= none<BR>; Type of constraint 
algorithm<BR>constraint-algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<BR>; Do not 
constrain the start 
configuration<BR>unconstrained-start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 
yes</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>and i use the pull code to simulate the same process. 
</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT 
size=4>runtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= afm</FONT></DIV>
<DIV><FONT 
size=4>group_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= a_1</FONT></DIV>
<DIV><FONT 
size=4>reference_group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 
a_2</FONT></DIV>
<DIV><FONT 
size=4>afm_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= 0.0001</FONT></DIV>
<DIV><FONT 
size=4>afm_dir1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= 0.0 0.0 1.0</FONT></DIV>
<DIV><FONT 
size=4>afm_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= 10000</FONT></DIV>
<DIV><FONT 
size=4>afm_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= 0.0 0.0 0.142</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>The initial gro:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>1CNT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp; 1.500&nbsp;&nbsp; 1.500&nbsp;&nbsp; <FONT 
color=#ff0000>1.571</FONT> -0.0488&nbsp; 0.2871&nbsp; 
0.0382<BR>1CNT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 
1.500&nbsp;&nbsp; 1.500&nbsp;&nbsp; 1.429&nbsp; 0.2162&nbsp; 0.1612&nbsp; 
0.0378</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>The result gro:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>1CNT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp; 1.500&nbsp;&nbsp; 1.501&nbsp;&nbsp; <FONT 
color=#ff0000>2.561</FONT>&nbsp; 0.0000&nbsp; 0.0000&nbsp; 
0.0001<BR>1CNT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 
1.500&nbsp;&nbsp; 1.500&nbsp;&nbsp; 1.429&nbsp; 0.0000&nbsp; 0.0000 
-0.0001</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>Then I calculate the pull force F(add)= k1*(rate*T-Rij) =10000 
*(0.0001*10000-(2.561-1.571))=100pN. Is it right?</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4>The bond force 
F(bon)=kb*(Rij)=100*(2.561-1.571)=99pN</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4>But at this moment the a_1 atom is still moving!! 
</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>why?</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>Thank you .</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=4>Qi Wenpeng</FONT></DIV></BODY></HTML>