<DIV>&nbsp;i wanna know the viscosity of the water molecules in<BR>the protein in water and elasticity of protein also. I<BR>used g_energy -vis , the result looked like the<BR>following. I searched literature of viscosity and<BR>elasticity, however it is still hard to understand the<BR>values i get from gromacs. I'd like to know the site<BR>that describe how to calculate viscosity more simple<BR>than i searched. how to calculate elasticity also. <BR>the following is what i get from gromacs.<BR>1.<BR>&nbsp;&nbsp; @&nbsp;&nbsp;&nbsp; title "Bulk Viscosity"<BR>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; xaxis&nbsp; label "Time (ps)"<BR>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; yaxis&nbsp; label "\8h\4 (cp)"<BR>@ s0 legend "Shear"<BR>@ s1 legend "Bulk"<BR>&nbsp;&nbsp; 19.6078&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 141.175&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.7458<BR>&nbsp;&nbsp; 39.2157&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 155.547&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47.1863<BR>&nbsp;&nbsp; 58.8235&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 179.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45.0737<BR>&nbsp;&nbsp;
 78.4314&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 188.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.2445<BR>&nbsp;&nbsp; 98.0392&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 199.355&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.7009<BR>2.<BR>&nbsp; @&nbsp;&nbsp;&nbsp; title "Shear viscosity using Einstein relation"<BR>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; xaxis&nbsp; label "Time (ps)"<BR>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; yaxis&nbsp; label "(kg m\S-1\N s\S-1\N)"<BR>@TYPE xy<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; 0.00162696&nbsp; 0.00143204&nbsp; 0.00113582 <BR>0.00139827<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; 0.00184312&nbsp; 0.00160504&nbsp; 0.00134872 <BR>0.00159896<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp; 0.00154051&nbsp; 0.00212251&nbsp; 0.000928209 <BR>0.00153041<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 70&nbsp; 0.00151729&nbsp; 0.00170263&nbsp; 0.000904012 <BR>0.00137464<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90&nbsp; 0.00172047&nbsp; 0.00149091&nbsp; 0.000669996 <BR>0.00129379<BR>3.<BR> @&nbsp;&nbsp;&nbsp; title
 "Shear viscosity integral"<BR>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; xaxis&nbsp; label "Time (ps)"<BR>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; yaxis&nbsp; label "(kg m\S-1\N s\S-1\N ps)"<BR>@TYPE xy<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 0.0325392&nbsp;&nbsp; 0.0286408&nbsp;&nbsp; 0.0227164&nbsp; <BR>0.0279655<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp; 0.0694017&nbsp;&nbsp; 0.0607415&nbsp;&nbsp; 0.0496908&nbsp; <BR>0.0599447<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.100212&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.103192&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.068255&nbsp; <BR>0.0905529<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 80&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.130558&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.137244&nbsp;&nbsp; 0.0863352&nbsp;&nbsp; <BR>0.118046<BR>&gt; what is the number of&nbsp; vicosity and&nbsp; that value is<BR>calculated from water molecules only?<BR>appreciate your help, <BR>leona taba <BR><BR></DIV><p>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail
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