<html><div style='background-color:'><P>Hi Eric,</P>
<P>many thanks for your reply.</P>
<P>I have&nbsp;followed your suggestions and I've frozen hte RNA fragment, but when I run the annealing I obtain:</P>
<P>Step 1&nbsp; Warning: Pressure scaling more than 1%.</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>t = 0.002 ps: Water molecule starting at atom 27699 can not be settled.</P>
<P>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with previous and current coordinates</P>
<P>Correcting invalid box:</P>
<P>.</P>
<P>.</P>
<P>.<BR>and so on untill I stop the process.</P>
<P>I 've tried to change pressure coupling (Berendsen/Parrinello-Rahman) and tau_p (varing it in the range 0.5-3) but the results were almost the same.</P>
<P>Have you any suggestion?</P>
<P>Thanks in advance,</P>
<DIV><FONT face="Lucida Handwriting, Cursive">Sara Pistolesi</FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #a0c6e5 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px"><FONT style="FONT-SIZE: 11px; FONT-FAMILY: tahoma,sans-serif">
<HR color=#a0c6e5 SIZE=1>
From: <I>"Eric J. Sorin" &lt;esorin@stanford.edu&gt;</I><BR>Reply-To: <I>Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</I><BR>To: <I>"Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</I><BR>Subject: <I>Re: [gmx-users] ffamber port and RNA</I><BR>Date: <I>Wed, 2 Nov 2005 15:20:03 -0800</I><BR>&gt;Hi Sara,<BR>&gt;<BR>&gt;First, do you have "cpp = /lib/cpp -traditional" in your mdp file?<BR>&gt;Also, to anneal the solvent you can use freezegrps options to <BR>&gt;restrain the RNA.<BR>&gt;<BR>&gt;Eric J. Sorin<BR>&gt;Pande Group<BR>&gt;Stanford University<BR>&gt;http://folding.stanford.edu/ffamber/<BR>&gt;<BR>&gt;_______________________________________________<BR>&gt;gmx-users mailing list<BR>&gt;gmx-users@gromacs.org<BR>&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www <BR>&gt;interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR></FONT></BLOCKQUOTE></div></html>