Thanks David:)<br>
<br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">On 12/1/05, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
kun jiao wrote:<br>&gt; Thanks, David. I look into this file, and I know I need to set vdwtype =<br>&gt; user in *.mdp file.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;But I still don't know how to set [ nonbond_parms ] in force field file,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;which relate this 
table.xvg with two atoms type.<br>&gt; This is my force field file. Could you tell me how to modify it to<br>&gt; specify CH3 CH3 interaction as vdw potential in table.xvg<br>&gt;<br>&gt; -----------------------------------------------------------------------
<br>&gt; [ defaults ]<br>&gt; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt; [ atomtypes ]<br>&gt;
;name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge
ptype&nbsp;&nbsp;c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c12<br>&gt; ;<br>&gt;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;14.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;A 2.36400e-03 1.59000e-06<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; [ nonbond_params ]<br>&gt;&nbsp;&nbsp;
;
i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c12<br>&gt;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 2.36400e-03&nbsp;&nbsp;1.59000e-06<br><br>This is fine with the normal table6_12<br><br>&gt; ----------------------------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; On 12/1/05, *David van der Spoel* &lt; 
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; kun jiao wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Dear, Gromacs Community,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
I am a new user of Gromacs. In my project I need to implement a<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; very complicate vdw potential. I read the gromacs manual which said I<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; need to prepare a table.xvg file.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; But I have no idea how this file looks like, and how to relate it
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; with<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; top file ( how to specify nonbond_params ). Could anyone give me an<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; example, such as table.xvg, *.top,&nbsp;&nbsp;*.itp ?.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in share/top you will find 6-12 etc. tables.
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Basically you need<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; x fc(x) fc&quot;(x) fd(x) fd&quot;(x) fr(x) fr&quot;(x)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fc(x) will be multiplied by charges<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fd(x) by dispersion constant (C6)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fr(x) by repulsion constant (C12)
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Any suggestion is appreciate:)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Regards,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Kun<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;_______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;gmx-users mailing list<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ________________________________________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Husargatan 3, Box
596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124
Uppsala, Sweden<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phone:&nbsp;&nbsp;46 18
471
4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46
18 511 755<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&gt;&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
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&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se
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