Mark,<br>
<br>
It may well be the case that implicit water constraints are the
problem, as the follow-up response seems to indicate (I haven't tried
it myself). I guess I'd suggest that this be stated explicitly in the
manual (and perhaps even in the section on input files which discusses
options for minimizers, under the CG section, there should be a note
saying that CG won't work with rigid water...).<br>
<br>
Also, perhaps this is naive, but CG works fine in AMBER without doing
anything special. It might be worth checking there to see how AMBER
handles this. Perhaps it is &quot;properly&quot; handling the water, and if so,
GROMACS could do the same thing? Or perhaps it lets the water be
flexible? I'm not sure, but it seems like the issue must already be one
people have dealt with in these other packages. <br>
<br>
David<br>
<br><br>
<div><span class="gmail_quote"></span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>As another poster suggested, perhaps include=-DFLEXIBLE to turn off
<br>water geometry constraints is what is needed to make CG work. Whether<br>the subsequent minimized structure is suitable for starting an MD<br>simulation is another question, of course. If normal mode analysis or<br>similar is the objective, then this may not be a problem.
<br><br>If this is the problem, it's clearly affecting more than one person. How<br>can the fact that these implicit water constraints will break CG be made<br>more explicit to the user?<br><br>Mark<br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br>