<span style="font-style: italic;">Well,</span><br style="font-style: italic;"><span style="font-style: italic;">this was my command line:</span><br style="font-style: italic;"><br>g_hbond -f ../../traj_c.trr -s ../../topol.tpr -g -num -dist -ang -hbn
<br><br><span style="font-style: italic;">and this was my screen output </span><br><br>No option -da<br>Reading file ../../topol.tpr, VERSION 3.2.1 (single precision)<br>Specify 2 groups to analyze:<br>Opening library file /usr/local/share/gromacs/top/aminoacids.dat
<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has 25707 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein) has&nbsp; 2462 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp; Protein-H) has&nbsp; 1975 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C-alpha) has&nbsp;&nbsp; 247 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp; Backbone) has&nbsp;&nbsp; 741 elements
<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp; MainChain) has&nbsp;&nbsp; 989 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (MainChain+Cb) has&nbsp; 1226 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 ( MainChain+H) has&nbsp; 1230 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 (&nbsp;&nbsp; SideChain) has&nbsp; 1232 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 ( SideChain-H) has&nbsp;&nbsp; 986 elements
<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 ( Prot-Masses) has&nbsp; 2462 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11 ( Non-Protein) has 23245 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; EST) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has 23220 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Other) has 23245 elements
<br>Select a group: 1<br>Selected 1: 'Protein'<br>Select a group: 12<br>Selected 12: 'EST'<br>Checking for overlap...<br>Calculating hydrogen bonds between two groups of 2462 and 25 atoms<br>Found 349 donors and 692 acceptors in group 'Protein'
<br>Found 2 donors and 2 acceptors in group 'EST'<br>Going to allocate 5709 kb of memory,&nbsp; and that's only the beginning<br>trn version: GMX_trn_file (single precision)<br>Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000<br>Will do grid-seach on 16x15x14 grid, rcut=
0.35<br>Last frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100 time 3000.000<br>Found 5 different hydrogen bonds in trajectory<br>Merging hbonds with Acceptor and Donor swapped<br>Reduced number of hbonds from 5 to 5<br>tested 1394 pairs<br>Average number of hbonds per timeframe 
1.218 out of 1041 possible<br><br><span style="font-style: italic;">Any idea? The screen output seems correct to me, but for the fact that it always says &quot;no -da option&quot; whether I use this option or not, why this?. Thanks for any help.
</span><br style="font-style: italic;"><br><span style="font-style: italic;">MGi˛</span><br><br><br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/28/06, <b class="gmail_sendername">Anton Feenstra</b> &lt;<a href="mailto:feenstra@few.vu.nl">
feenstra@few.vu.nl</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">MGi˛ wrote:<br><br>&gt; Thanks, Kia,<br>&gt; actually I have used an 
index.ndx file, but the output is the same. I'll try<br>&gt; anyway with the automated procedure by the shell script. Thank you anyway<br><br>The script does exactly the same as what you do manually. SO that won't<br>help...
<br><br>Can you send the screen output of g_hbond?<br><br><br>--<br>Groetjes,<br><br>Anton<br><br>* NOTE: New Affiliation, Phone &amp; Fax numbers (below) *<br>&nbsp;&nbsp;_____________ _______________________________________________________
<br>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>|&nbsp;&nbsp;_&nbsp;&nbsp; _&nbsp;&nbsp;___,| K. Anton Feenstra&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>| / \ / \'| | | IBIVU/Bioinformatics - Vrije Universiteit Amsterdam&nbsp;&nbsp; |
<br>|(&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; )| | | De Boelelaan 1083 - 1081A HV Amsterdam - Netherlands&nbsp;&nbsp;|<br>| \_/ \_/ | | | Tel +31 20 59 87783 - Fax +31 20 59 87653 - Room P440 |<br>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | <a href="mailto:Feenstra@few.vu.nl">Feenstra@few.vu.nl
</a> - <a href="http://www.few.vu.nl/~feenstra/">www.few.vu.nl/~feenstra/</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | &quot;If You See Me Getting High, Knock Me Down&quot; (RHCP)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|<br>|_____________|_______________________________________________________|
<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>