PAUL NEWMAN wrote:<br>
&gt; Dear all:<br>
&gt; I made a simulation about a polyelectrolyte with some ions, it runs ok<br>
&gt; when I use cut-off for both Wdv and Coulomb. However I get the following<br>
&gt; error when I change it to PME. I attache my mdp file . Could someone<br>
&gt; help me to find what it's wrong in my file?. Thanks in advance.<br>
&gt; -------------------------------------------------------<br>
<div id="mb_0">&gt; Program mdrun, VERSION 3.3.1<br>&gt; Source code file: fftgrid.c, line: 75<br>&gt;<br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Failed to allocated u bytes of aligned memory.<br>&gt; -------------------------------------------------------
<br><br>
&nbsp;CARSTEN wrote:<br>
&gt;How big is your system (number of atoms)? Seems there is not enough<br>&gt;memory to initialise the pme grid. On how many CPUs and on how many<br>&gt;nodes do you run?<br>&gt;Carsten</div>
<br>
Thanks Carsten for replying so fast. In my simulation I consider a
single polyelectrolyte chain consisting of 50 charged beads of valency
-1&nbsp; with 50 oppositely charged counterions of same valency so my
system is 100 atoms. My box simulation is 400 nm x 400 nm x 400
nm&nbsp; and the polyelectrolyte length is 100 nm. I'm runnig in a
single processor. I think my system is small, isn't it? <br>
&nbsp;I can send you all my files if you want. A<font size="-1">ny suggestion&nbsp; would be&nbsp; highly&nbsp; appreciated and thanks in advance.<br>
<br>
</font>Cheers,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>Paul <br>National Tsing Hua University (AW)<br><br>xxĎæ<br>I appreciate your help. Thanks!<br>Os agradezco la ayuda. Gracias!<br><br>