<meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title></title><meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.0  (Linux)"><meta name="CREATED" content="20060801;14594700"><meta name="CHANGED" content="20060802;10492700">

        
        
        
        
        <style>
        &lt;!--
                @page { margin: 2cm }
                P { margin-bottom: 0.21cm }
        --&gt;
        </style>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">H<span style="font-weight: bold;">i
all</span></font></font></p>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">I
need help for QM/MM </font></font>
</p>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">I
believ that my problem is interface between QMatoms Mmatoms...</font></font></p>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">I
try simulate a metalloprotease </font></font>
</p>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">I
use  gromos96 53a6 forcefield </font></font>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">and
make distance restraint for Zn  3x (NE2) HIS for simulate ZN 3 x
HIS interaction</font></font></p>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">and
try make o hybrid QM/MM method for this simulation</font></font></p>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">I
define the atoms for QM</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">HIS
141 HIS 145 HIS 151</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">ZN
201</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i><span style="font-weight: bold;">HOH
221 HOH 269 HOH 270</span> </i></font></font></font>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">&nbsp;QMatoms are<br>
</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>1466
1467 1468 1469 1470 1471 1472 1473 1474 1475 1476 1477 1478 1479 1504
</i></font></font></font>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>1505
1506 1507 1508 1509 1510 1511 1512 1513 1514 1515 1516 1517 1562 1563
</i></font></font></font>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>1564
1565 1566 1567 1568 1569 1570 1571 1572 1573 1574 1575 2063 2121 2122
</i></font></font></font>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>2123
2265 2266 2267 2268 2269 2270</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><br>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">this
is good size region for QM ? Its big ? ... or small ?</font></font></p>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">I
believ that my problem is interface between QMatoms Mmatoms</font></font></p>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">I
insert in .top files this parameters :<br>
<br>
</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"></p><p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">
<i>[
virtual_sites2 ]</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>LA
  1466   1464   1 0.65</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>LA
  1478   1480   1 0.65</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>LA
  1504   1502   1 0.65</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>LA
  1516   1518   1 0.65</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>LA
  1562   1560   1 0.65</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>LA
  1574   1576   1 0.65<br>
<br>
</i></font></font></font></p>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>[
constraints ]</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>1466
  1464   2 0.135</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>1478
  1480   2 0.135</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>1504
  1502   2 0.135</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>1516
  1518   2 0.135</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>1562
  1560   2 0.135</i></font></font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font color="#000000"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><i>1574
  1576   2 0.135</i></font></font></font></p>

<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><br>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch" size="6"><font style="font-size: 8pt;">and
in [ bonds ] I replace the numeric values ob QMatoms bonds for 5 ...</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch" size="6"><font style="font-size: 8pt;">exemple :</font></font><span style="font-weight: bold;"></span></p>
<font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><font size="4"></font></font></font><p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">
<br>
</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">[
bonds ]</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">...</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1504
 1505     5    gb_2</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1504
 1506     5    gb_21</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1506
 1507     5    gb_27</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1506
 1516     5    gb_27</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1507
 1508     5    gb_27</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1508
 1509     5    gb_10</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1508
 1511     5    gb_10</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1509
 1510     5    gb_2</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1509
 1513     5    gb_10</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1511
 1512     5    gb_3</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1511
 1515     5    gb_10</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1513
 1514     5    gb_3</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1513
 1515     5    gb_10</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"> <font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">1516
 1517     5    gb_5</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">...</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><br>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font size="4"><br>
</font>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch" size="4"><font style="font-size: 8pt;">and
replace name of HISA (in HIS 141 HIS 145 and HIS 151) for CYX em top
an gro file</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font size="4"><br>
</font>
</p>


<p class="western" style="margin-bottom: 0cm; font-weight: bold;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch" size="4"><font style="font-size: 8pt;">I
create to index.ndx for QMatoms&nbsp;
</font></font>
</p>


<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch" size="4"><font style="font-size: 8pt;"><br>thank
you very much</font></font></p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><br>
</p>
<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;" align="justify"><font face="Courier 10 Pitch"><font style="font-size: 8pt;" size="1">Antonio
Sergio Kimus Braz</font></font></p>
<br>
<br>