Dear David, <br><br>I tried to use x2top, but it ended up with the following error:<br><br>&nbsp;0: GROMOS96 43a1 force field <br>&nbsp;1: GROMOS96 43b1 vacuum force field<br>&nbsp;2: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)<br>&nbsp;3: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)<br>&nbsp;4: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) <br>&nbsp;5: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) <br>&nbsp;6: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<br>&nbsp;7: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual)<br>&nbsp;8: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR<br>&nbsp;9: Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges<br>10: Encad all-atom force field, using full solvent charges&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>0<br>Looking whether force field file ffG43a1.rtp exists<br>Opening library file /share/apps/gromacs-3.3/share/gromacs/top/ffG43a1.rtp<br>Generating bonds from distances...<br>Opening library file
 /share/apps/gromacs-3.3/share/gromacs/top/ffG43a1.atp<br>There are 49 type to mass translations<br>atom 438<br>-------------------------------------------------------<br>Program x2top, VERSION 3.3<br>Source code file: futil.c, line: 537<br><br>Fatal error:<br>Library file ffG43a1.n2t not found in current dir nor in default directories.<br>(You can set the directories to search with the GMXLIB path variable)<br><br>Could you tell me what is wrong? Many thanks!!!<br><br>Cherry<br><br><br><b><i>David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> Cherry Y. Yates wrote:<br>&gt; Dear gromacs developers and users,<br>&gt; <br>&gt; I am calculating a nanotube which has periodic boundary condition along <br>&gt; one direction. I wonder how to make an itp file for this system. The <br>&gt; difficulty lies in describing the bond between two end atoms, e.g., two
 <br>&gt; atoms are bonded in an infinite length system, but are located on the <br>&gt; bottom and top of a unit cell.<br>use x2top<br>and in your mdp file use pbc=full<br><br>&gt; <br>&gt; Thanks,<br>&gt; <br>&gt; Cherry<br>&gt; <br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; Get your email and more, right on the new Yahoo.com <br>&gt; <http: //us.rd.yahoo.com/evt="42973/*http://www.yahoo.com/preview"><br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br><br>--
 <br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,   75124 Uppsala, Sweden<br>phone: 46 18 471 4205  fax: 46 18 511 755<br>spoel@xray.bmc.uu.se spoel@gromacs.org   http://folding.bmc.uu.se<br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br></http:></blockquote><br><p>&#32;
                <hr size=1>Yahoo! Messenger with Voice. <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/postman1/*http://us.rd.yahoo.com/evt=39663/*http://voice.yahoo.com">Make PC-to-Phone Calls</a> to the US (and 30+ countries) for 2/min or less.