Thank you for your advise!<BR><BR><B><I>raja &lt;raja_28@fastmail.us&gt;</I></B> д  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">HI Zhao,<BR>To compute RMSIP, you have to compute eigenvector using gromacs utility<BR>program then from that trajectory you can compute RMSIP using a script<BR>which I got from Tsjerk Wassenaar from this list. You can appraoch him.<BR><BR>Regards,<BR>B.Nataraj<BR><BR><BR>On Mon, 18 Sep 2006 16:15:43 +0800 (CST), "xi zhao"<BR><ZHAOXIITC2002@YAHOO.COM.CN>said:<BR>&gt; Based on the essential dynamics analysis, the similar of the internal<BR>&gt; fluctuations in may simulation systems was evaluated by comparing<BR>&gt; principal subspace first 10 eigenvectors) of each structural trajectory<BR>&gt; by using the root mean square inner product(RMSIP). Amadei, A.,<BR>&gt; de groot, B. L., Ceruso, M. A., Paci, M., Di Nola, A. &amp; Berendsen, H. J.<BR>&gt; A kinetic model for the internal
 motions of proteins: diffusion between<BR>&gt; multiple harmonic wells. Proteins. 1999. 35, 283-292.<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; Mark Abraham <MARK.ABRAHAM@ANU.EDU.AU>д xi zhao wrote:<BR>&gt; &gt; Dear Gromacs users:<BR>&gt; &gt; I am a new gromacs user, I want ro calculate r.m.s.i.p<BR>&gt; &gt; for exploring similar in motions of two different<BR>&gt; &gt; proteins, I need a script or tools to calculate it. I<BR>&gt; &gt; need your help!<BR>&gt; <BR>&gt; I don't know what r.m.s.i.p is. If you want to get help, please define<BR>&gt; carefully what you are trying to do - even a link to a journal article<BR>&gt; might work. Please read carefully the gromacs manual section that<BR>&gt; describes what the utility programs do, in case one of them does it.<BR>&gt; <BR>&gt; Mark<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please don't post
 (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; ---------------------------------<BR>&gt; Ż-3.5G20M<BR>-- <BR>raja<BR>raja_28@fastmail.us<BR><BR>-- <BR>http://www.fastmail.fm - I mean, what is it about a decent email service?<BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></BLOCKQUOTE><BR><p>&#32;
                <hr size=1><a href="http://cn.mail.yahoo.com" target=blank>עŻ-3.5G20M</a>