<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=ks_c_5601-1987">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:;
        panose-1:2 3 6 0 0 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:;
        panose-1:2 11 6 0 0 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:ü;
        panose-1:2 11 6 9 0 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:"\@";
        panose-1:2 11 6 0 0 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:"\@ü";
        panose-1:2 11 6 9 0 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:"\@";
        panose-1:2 3 6 0 0 1 1 1 1 1;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        text-align:justify;
        text-justify:inter-ideograph;
        text-autospace:none;
        word-break:break-hangul;
        font-size:10.0pt;
        font-family:;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        text-align:justify;
        text-justify:inter-ideograph;
        text-autospace:none;
        word-break:break-hangul;
        font-size:10.0pt;
        font-family:;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:;
        color:windowtext;}
 /* Page Definitions */
 @page Section1
        {size:595.3pt 841.9pt;
        margin:99.25pt 3.0cm 3.0cm 3.0cm;
        layout-grid:18.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=KO link=blue vlink=purple>

<div class=Section1 style='layout-grid:18.0pt'>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:'>Dear gromacs users,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:'>I am running MD for a
protein with 212 amino acid residues.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:'>When I run grompp (</span></font><font
face=ü><span lang=EN-US style='font-family:ü'>grompp -f pn_md.mdp -c
pn_md.pdb -r pn_md.pdb -p pn.top -o pn_md.tpr</span></font><font face=><span
lang=EN-US style='font-family:'> ) for the final product MD, I receive the
following error message.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:'>I properly included sol and
ion in the temperature control part of pn_md.mdp.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><i><font size=2 face=><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:;font-style:italic'>If I
include </span></font></i><i><font face=Arial><span lang=EN-US
style='font-family:Arial;font-style:italic'></span></font></i><i><font
face=><span lang=EN-US style='font-family:;font-style:italic'>define = </span></font></i><i><font
face=Arial><span lang=EN-US style='font-family:Arial;font-style:italic'>&#8211;</span></font></i><i><font
face=><span lang=EN-US style='font-family:;font-style:italic'>DPORRES</span></font></i><i><font
face=Arial><span lang=EN-US style='font-family:Arial;font-style:italic'></span></font></i><i><font
face=><span lang=EN-US style='font-family:;font-style:italic'> in
pn_md.mdp, both grompp and mdrun work fine.<o:p></o:p></span></font></i></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:'>The topolofy file pn.top
worked well in the previous steps (em.mdp and pr.mdp).<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:'>Any suggestions would be
appreciated.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:'>Sanghwa Han<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=ü><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:ü'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><b><font size=2 face=ü><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:ü;font-weight:bold'>[Error
Message]<o:p></o:p></span></font></b></p>

<p class=MsoNormal style='layout-grid-mode:char'><font size=2 face=ü><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:ü'>creating statusfile for 1
node...<br>
' for variable integrator, using 'md'<br>
Next time use one of: 'md' 'steep' 'cg' 'bd' 'sd' 'nm' 'l-bfgs' 'tpi'<br>
' for variable ns-type, using 'Grid'<br>
Next time use one of: 'Grid' 'Simple'<br>
' for variable coulombtype, using 'Cut-off'<br>
Next time use one of: 'Cut-off' 'Reaction-Field' 'Generalized-Reaction-Field'
'PME' 'Ewald' 'PPPM' 'Poisson' 'Switch' 'Shift' 'User' 'Generalized-Born'
'Reaction-Field-nec' 'Encad-shift' 'PME-User'<br>
' for variable optimize_fft, using 'no'<br>
Next time use one of: 'no' 'yes'<br>
' for variable tcoupl, using 'No'<br>
Next time use one of: 'No' 'Berendsen' 'Nose-Hoover' 'yes' 'Andersen'
'Andersen-interval'<br>
' for variable Pcoupl, using 'No'<br>
Next time use one of: 'No' 'Berendsen' 'Parrinello-Rahman' 'Isotropic'<br>
' for variable gen-vel, using 'no'<br>
Next time use one of: 'no' 'yes'<br>
' for variable constraints, using 'none'<br>
Next time use one of: 'none' 'h-bonds' 'all-bonds' 'h-angles' 'all-angles'<br>
<br>
Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.4#<br>
checking input for internal consistency...<br>
....ling /usr/bin/cpp <br>
: no such file or directory<br>
cpp: warning: '-x c' after last input file has no effect<br>
cpp: no input files<br>
cpp exit code: 256<br>
&nbsp; -I/usr/local/gromacs/share/gromacs/top&nbsp; pn.top &gt; gromppcHKNXc'<br>
' command is defined in the .mdp file<br>
processing topology...<br>
processing coordinates...<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program grompp, VERSION 3.3.1<br>
Source code file: grompp.c, line: 448<br>
<br>
Fatal error:<br>
number of coordinates in coordinate file (pn_md.pdb, 34158)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does
not match topology (pn.top, 0)<br>
-------------------------------------------------------</span></font><font
face=><span lang=EN-US style='font-family:'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;
font-family:'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

</body>

</html>