<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><BR><DIV><DIV>30 mar 2007 kl. 22.00 skrev zge kl:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV>Hi,</DIV>  <DIV></DIV>  <DIV>Thank you for your advices.<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: TR; mso-fareast-language: TR; mso-bidi-language: AR-SA">The A-chain is topologically similar to the activation peptide of chymotrypsin(ogen) and connected in a similar manner through the Cys1Cys122 disulfide bridge to the B-chain. Most of the A-B chain interactions involve charged side chains; six are buried salt bridges, and 10 are involved in interchain hydrogen bonds .In VMD I saw the two chains split up at atime and then get together.I only know that I should write -merge in pdb2gmx line.According to the informations above how can you help me?</SPAN></DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV>I'd start by reading Tsjerk's and Andrea's answers again, and, more importantly, read up on the basics of MD. The latter piece of advice is motivated by the fact that covalent bonds CAN'T break in a classical MD simulation (with a few exceptions). Just as Andrea said, the topology needs to be checked to find out whether the disulfide-bonds are there or not.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Good luck.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>/Erik</DIV><DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: TR; mso-fareast-language: TR; mso-bidi-language: AR-SA">  <DIV class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt; TEXT-INDENT: -18pt"><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="COLOR: fuchsia"><SPAN><FONT size="3">1.</FONT><SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN></SPAN><SPAN style="COLOR: fuchsia"><FONT size="3">pdb2gmx_mpi -f 1ppbfree.pdb -p 1ppbfree.top -o<SPAN> </SPAN>1ppbfree.gro<SPAN> -merge</SPAN></FONT></SPAN></FONT></DIV>  <DIV class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: fuchsia; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">2.editconf_mpi -f 1ppbfree.gro -o -d 0.8 -bt octahedron</SPAN></SPAN></DIV>  <DIV class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt; TEXT-INDENT: -18pt"><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="COLOR: fuchsia"><SPAN><FONT size="3">3.</FONT><SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN></SPAN><SPAN style="COLOR: fuchsia"><FONT size="3">genbox_mpi -cp out.gro -cs -p 1ppbfree.top -o 1ppbfree-gen.gro</FONT></SPAN></FONT></DIV><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="COLOR: fuchsia"><FONT size="3">  <DIV class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt; TEXT-INDENT: -18pt"><SPAN style="COLOR: fuchsia"><SPAN>4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN></SPAN><SPAN style="COLOR: fuchsia">grompp_mpi -v -f 1ppbfree-en.mdp -c 1ppbfree-gen.gro -o 1ppbfree-en.tpr -p 1ppbfree.top</SPAN></DIV>  <DIV class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt; TEXT-INDENT: -18pt"><SPAN style="COLOR: fuchsia"><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: fuchsia; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">5.mdrun_mpi -v -s 1ppbfree-en.tpr -o 1ppbfree-en.trr -c 1ppbfree-aftermin.gro -g 1ppbfree-en.log -e 1ppbfree-en.edr</SPAN></SPAN></DIV></FONT></SPAN></FONT>  <DIV></DIV></SPAN>  <DIV><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: TR; mso-fareast-language: TR; mso-bidi-language: AR-SA"></SPAN></DIV><DIV> <BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><HR size="1"><A href="http://us.rd.yahoo.com/evt=49935/*http://games.yahoo.com">Bored stiff?</A> Loosen up...<BR><A href="http://us.rd.yahoo.com/evt=49935/*http://games.yahoo.com">Download and play hundreds of games for free</A> on Yahoo! Games.<DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">gmx-users mailing list<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN><A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</A> before posting!</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<SPAN class="Apple-converted-space"></SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A></DIV> </BLOCKQUOTE></DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><BLOCKQUOTE type="cite"></BLOCKQUOTE><DIV>_______________________________________________</DIV><DIV>Erik Marklund,PhD student</DIV><DIV>Laboratory of Molecular Biophysics,</DIV><DIV>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.</DIV><DIV>Husargatan 3, Box 596,<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ">        </SPAN></SPAN></SPAN></SPAN>75124 Uppsala, Sweden</DIV><DIV>phone:<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ">        </SPAN></SPAN></SPAN></SPAN>+46 18 471 4537<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ">                </SPAN></SPAN></SPAN></SPAN>fax: +46 18 511 755</DIV><DIV><A href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</A><SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ">        </SPAN></SPAN></SPAN></SPAN>http://xray.bmc.uu.se/molbiophys</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN> </DIV><BR></BODY></HTML>