<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML xmlns:o = "urn:schemas-microsoft-com:office:office"><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=big5">
<META content="MSHTML 6.00.2900.3059" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT size=2></FONT><BR>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><FONT 
size=3><SPAN lang=EN-US><FONT face="Times New Roman">Dear all</FONT></SPAN><SPAN 
style="FONT-FAMILY: sө; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman'">G</SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>In order to make sure that 
my procedure for applying electric field using Gromacs is correct, I applied 
electric fields to sodium chloride solvent (SPC216.pdb with NA+ and CL-) in the 
x direction. After 2 ns running, the trajectories of ions and water molecules 
showed that both types of ions moved in the same direction, which is obviously 
wrong because Na<SUP>+</SUP> and Cl<SUP>-</SUP> are not discriminated by the 
electric field. I tried several electric field strengths, ranged from 1 to 
0.0001, and the observed phenomena are just the same. </FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>In order to delineate the 
problem, I changed the charge term of NA+ into zero while keeping CL- as -1, in 
the ions.itp file, and I found that both ions will then move in the opposite 
direction of the NA+=1 CL-= -1 configuration. </FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><o:p><FONT face="Times New Roman" 
size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-INDENT: 18pt; TEXT-ALIGN: justify; mso-char-indent-count: 1.5"><SPAN 
lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">In summary, for all the 
cases I tried, Na<SUP>+</SUP> and Cl<SUP>-</SUP> moved in the same 
direction.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; 
</SPAN></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><SPAN style="mso-spacerun: yes"><FONT face="Times New Roman" 
size=3></FONT></SPAN></SPAN>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>The essential settings for 
.mdp file are listed below.</FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><o:p><FONT face="Times New Roman" 
size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT face="Times New Roman" size=3>Comm_mode<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>None</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT face="Times New Roman" size=3>Coulombtype<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>PME</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT face="Times New Roman" size=3>Optimize_fft<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>yes</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT face="Times New Roman" size=3>tcoupl<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN>berendsen</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT face="Times New Roman" size=3>tc_grps<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;</SPAN>= <SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;</SPAN>SOL<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>NA+<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>CL-</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT face="Times New Roman" size=3>tau_t<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;</SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.1<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN>0.1</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT face="Times New Roman" size=3>ref_t<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>300<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>300<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>300</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT face="Times New Roman" size=3>constraints<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>none</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><FONT face="Times New Roman" size=3>E_x<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;</SPAN>1<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN>0.1<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2.0</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><o:p><FONT face="Times New Roman" 
size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
lang=EN-US><o:p><FONT face="Times New Roman" 
size=3>&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="TEXT-JUSTIFY: inter-ideograph; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-INDENT: 18pt; TEXT-ALIGN: justify; mso-char-indent-count: 1.5"><FONT 
size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN lang=EN-US>Can anyone give me some 
clue on this? </SPAN><SPAN lang=EN-US style="mso-font-kerning: 0pt">Ill 
appreciate for any hints on this 
question.</SPAN></FONT></FONT></P></FONT></DIV></BODY></HTML>