<br clear="all">Hi everybody,<br>
i am a new user of gromacs, i had run simulation for 10,00000
iterations with the protein 1f9b and have obtained all the required
output files.<br>
after comparing and analysing the potential energy.xvg file and
rms(root mean square deviation).xvg file i have found out that there is
most minimal fluctuation between 1870 to 1926 ps region in both cases .
now i want to know how to find out the average running structure
between these regions. please suggest me how to obtain an average
running structure between 1870 and 1926.<br>