<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2900.3199" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT size=2>
<DIV><FONT size=2>Thanks very much for your patient explaination.It really is a 
question confusing me much. What I am interested in is inserting some organic 
molecules into lipid bilayers. Tieleman's lipid parameters have given out the 
interactive LJ parameters with ffgmx forcefield. So if I want to simulate lipid 
with tileman's force field I should use ffgmx for organic molecules. However I 
have to prove the ffgmx forcefield for organic molecules is correct too. 
Somebody prove this by calculating the new molecules' melting point or their 
structures in&nbsp; solutions to compare with X-ray results. I found <BR>Monika 
Holtje's BBA article(Biochimica et Biophysica Acta 1511 (2001) 156^167), they 
simulated cholesterol and stearic acid and palmitic acid, constructing topology 
files using Gromos 87 forcefield , and put the Cholesterol topology on Gromacs 
website.They said " The geometries, conformations and configurations as they 
occur instandard GROMACS dynamics in vacuo and in water using the parameter set 
in this file, compared well with crystal structures". In their topology , they 
set the partial charge like this:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; 
resnr&nbsp; residu&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ; total 
charge<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14 ; charges adopted<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
O6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.54 ; from 
Retinol in<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.40 ; ffgmx.rtp<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CR61&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CHOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>However when I use B3lyp/6-31G(d,p) to calculate mulliken 
distribution&nbsp;of cholesterol the charge distribution is rather different. 
How did they decide their partial charge? Is it&nbsp;customed to let alkane 
groups zero charged? Many articles didn't give out the validation procedure of 
their topologies in detail, are there some classic articles explaining 
how&nbsp;the forcefield we used today, such as OPLS, GROMOS, AMBER and CHARMM , 
developed? I want to know how they were deduced from the very 
beginning.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>Any suggestion will be appreciated , thanks very much in 
advance.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;</DIV></FONT></FONT></DIV></BODY></HTML>